Декретом ВЦИК и СНК от 8 апреля 1918 г. «О введении в армии института военных комиссаров для контроля над военными специалистами» институт военных комиссаров был введен как в местных органах – волостных, уездных, губернских, окружных комиссариатах, различных управлениях, учреждениях, так и в частях и соединениях Красной Армии, кораблях Красного Флота.

С помощью института военных комиссаров труднейшая проблема привлечения военспецов к военному строительству была решена. Старые военные специалисты были широко привлечены к организации новой армии. Особенно широко они использовались на штабных должностях, в тыловых частях, в военно-учебных заведениях. В 1918 г. они составляли 76 % командного состава Красной Армии. По мере подготовки советских офицеров этот процент снижался. Но и к концу военной интервенции и Гражданской войны более одной трети всего командного состава Красной Армии составляли военные специалисты старой армии.

Роль и значение военных комиссаров в создании дееспособной и дисциплинированной Красной Армии трудно переоценить. Созданная в невероятно сложной обстановке Красная Армия сумела одержать победу над многочисленными воинскими формированиями иностранных интервентов и армиями внутренней контрреволюции (Деникина, Колчака, Юденича, Краснова и других «освободителей»), которые стремились задушить молодую Советскую Республику изнутри страны.

На военных комиссаров возлагались следующие основные функции: руководство всей партийной и политико-просветительной работой; непосредственная работа по строительству и организации воинских частей; политический контроль над командиром, очень часто бывшим офицером; борьба за суровую дисциплину; личное участие в боях, примерность в исполнении воинского и партийного долга.

Комиссары обладали огромными полномочиями: они непосредственно участвовали в разработке, обсуждении, принятии и выполнении планов боевых действий. При подозрении в нелояльности беспартийного командира комиссар мог, отстранив его от должности, а в случае необходимости и арестовав, принять командование на себя.

Другой важной функцией комиссаров была воспитательная и агитационная работа с целью убедить командиров и красноармейцев в правильности общего политического курса и необходимости безусловного выполнения поставленных перед войсками задач. Кроме этого, комиссары предоставляли в Реввоенсовет информацию о положении дел в их частях и морально-политическом состоянии личного состава.

На практике круг дел, которым приходилось заниматься комиссарам, был намного шире, особенно в период становления этого института. Недаром начальник Политуправления Красной Армии в начале 1920-х гг., член Реввоенсовета Республики С.И. Гусев, имея в виду период Гражданской войны, признавал: «Функции комиссара всеобъемлющи, полномочия огромны, права почти не ограничены…»

Для руководства деятельностью военных комиссаров 8 апреля 1918 г. был создан специальный политический орган – Всероссийское бюро военных комиссаров во главе со старым большевиком К.К. Юреневым. В положении, определявшем его функции, говорилось: «Всероссийское бюро военных комиссаров есть орган, руководящий политической жизнью армии и контролирующий всю служебную деятельность командного состава, а также организации и учреждения, подведомственные Народному комиссариату по военным делам».

Оно направляло работу военных комиссаров, будучи единым органом по руководству политработой в действующей армии, тыловых управлениях и воинских частях. В соответствии с решением 8-го съезда РКП(б) приказом РВСР № 674 от 18 апреля 1919 г. Всероссийское бюро военных комиссаров упразднялось. Одновременно для руководства партийно-политической работой в армии и в тылу вместо него был учреждён Политотдел РВСР, преобразованный приказом Реввоенсовета Республики № 912 от 26 мая того же года в Политуправление РВСР. Политуправление Реввоенсовета Республики получило права военного отдела ЦК партии. Во главе его назначался член ЦК партии, которому предоставлялись и права члена Реввоенсовета Республики. Первым начальником Политического управления был назначен член ЦК партии И.Т. Смилга.

Среди военных комиссаров в годы Гражданской войны были Р.И. Берзин, А.С. Бубнов, К.Е. Ворошилов, Я.Б. Гамарник, В.П. Затонский, С.М. Киров, В.В. Куйбышев, В.И. Межлаук, К.А. Мехоношин, А.И. Микоян, Г.К. Орджоникидзе, И.В. Сталин, И.С. Уншлихт и многие другие деятели партии.

Многие из военных комиссаров отличились в боевых действиях против белогвардейцев и интервентов. За время Гражданской войны 39 членов РВС фронтов и армий и 499 военных комиссаров были награждены орденом Красного Знамени и Почетным революционным оружием.

Создание института комиссаров в годы Гражданской войны явилось вынужденной, но необходимой мерой, которая в целом себя оправдала. Более того, оно сыграло важнейшую роль в укреплении боеспособности Красной Армии и ее дисциплины, достижении победы над внутренними и внешними врагами. Этот институт явился основным, цементирующим стержнем партийно-политического аппарата в Красной Армии.

Проведение военной реформы в СССР в 1924–1925 гг. и переход вооруженных сил на новый территориально-милиционный принцип комплектования поставили перед военно-политическим руководством государства сложные задачи по реорганизации армии и флота. 2 марта 1925 г. М. Фрунзе подписал приказ Реввоенсовета СССР «О введении единоначалия в РККА». Оно вводилось в двух формах: полное единоначалие устанавливалось там, где командир был членом партии и отвечал ее требованиям. При нем назначался помощник по политической части; неполное единоначалие предполагало наличие комиссара, который отвечал за партийную и политическую работу и помогал командиру в боевой подготовке.

6 марта 1925 г. было опубликовано постановление ЦК РКП(б) «Об единоначалии в Красной Армии», в котором отмечалось, что в настоящее время создались вполне благоприятные условия для проведения в жизнь принципа единоначалия. В постановлении также указывалось, что единоначалие в воинских частях будет проводиться в двух формах. Во-первых, в руках начальника и строевого командира полностью сосредоточиваются функции оперативно-строевые, административные и хозяйственные. Комиссар при этом, освобождаясь от обязанностей повседневного контроля строевой, административной и хозяйственной деятельности командира, сохраняет руководство политической и партийной работой в части и несет ответственность за ее морально-политическое состояние.