Заветы монаха Филофея заключены в трех живых посланиях: к псковскому дьяку Мисюрю Мунехину, «к некоему вельможе, в миру живущему», и, наконец, к самому государю Василию Ивановичу на престоле русском.

В своих посланиях монах Филофей в качестве главного своего завета впервые в русской истории обстоятельно развил легендарную теорию о Москве как о Третьем Риме, хранителе правой христианской веры. Прежде чем написать письмо в Москву Василию, только что покончившего с вечевой вольницей Пскова, Филофей советовался с ученым дьяком Мисюрь-Мунехиным, ответственным за поддержание порядка в Пскове и в то же время совестившегося беспричинной безжалостной политики нового режима: «Уймитесь, псковитяне, вы просили в жалобах на лучших людей города своей охранной грамоты государя, и вы ее получили!».

Возможно, у ученого жалостливого дьяка были свои далекие планы по улучшению положения несчастных угнетаемых псковитян, и мысли монаха Филофея упали на благодатную почву собственных размышлений Мисюрь-Минухина о исторической судьбе Руси и русского народа. Вряд ли письмо монаха псковского Елизарова монастыря попало бы в руки государя, если бы ученый дьяк не взял на себя нелегкую миссию доставить послание Филофея в кремлевский дворец, сопроводив его собственным докладом по освещаемым в письме вопросам.

Собственно, мудрый псковский монах, из локальных тактических соображений свое главное представление о покорившей Псков Москве, как о Третьем Риме, сложившемся среди духовенства и просвещенных русских людей начала XVI века, сразу после победы младшей византийской династической ветви над старшей тверской, представил в обертке трех конкретных вопросов текущей духовной и мирской жизни псковитян.

А именно, во-первых, «вдовства» пустующих новгородской кафедры и епископского престола, во-вторых, неправильного ритуала совершения многими православными из московитов и новгородцев крестного знамения (крещения) и, в-третьих, греховной содомии многих московских чиновников, притеснявших псковитян. Отдельным вопросом, более значимым для Москвы и государева двора, чем для Пскова, был вопрос о необходимости борьбы в православном государстве с лжеучением – астрологией.

И только потом, после просьбы о прощении его, черного монаха за то, что тот осмелился писать государю, шла главная подсказка Василию, что после падения Рима и Константинополя с их венценосными монархами-императорами именно великий князь Московский является законным престолонаследником двух исчезнувших царств и единственным оставшимся православным христианским правителем на грешной земле, и потому у него особые права и обязанности по отношению к православию и православному народу и духовенству.

Монах Филофей не высасывал из пальца представление о Москве как о Третьем. Риме; такие мысли уже давно сложились среди русских людей после прорыва и становления могучего Русского государства во времена славного правления Ивана Великого на почве политических и религиозных воззрений. Главенствующая мысль Филофея – преемственность наследования московскими государями христианской православной империи от византийских государей, в свою очередь унаследовавших ее от римских императоров. Такие идеи давно витали на Руси в воздухе. Только, видать, идея подхватывается и не забывается, если она изложена к месту и вовремя и тому, кому надо.

Вот сразу после присоединения Пскова (принявшего ранее власть Ивана Младого и Дмитрия-внука и отказавшему в признании власти Василия) к Москве, после установления жестокого нового режима правления московского государя Василия из победившей византийской династической ветви, и написал о Москве-Третьем Риме черный монах Филофей. Оказался вовремя и на нужном месте, чтобы его услышал русский государь Василий, обрекший перед присоединением Пскова на смерть своего династического соперника Дмитрия из старшей тверской ветви.

В своем докладе государю Василию ученый дьяк Мисюрь-Мунехин развил идею монаха Филофея, применительно к истории мировой цивилизации. Величие Римской империи, огромные размеры ее территории, вместившей многие покоренные страны и народы, высокая степень культуры и успехи романизации породили в современниках убеждение в совершенстве и незыблемости созданного порядка. Недаром образно говорилось, что Рим – это «вечный город». Христианство, восприняв от древнего языческого Рима идею единой вечной империи, дало ей дальнейшее религиозное развитие.

Новая христианская империя, как отражение царства небесного на земле, поставила себе новые религиозные задачи. Кроме того, вместо одного государя в христианской империи появились естественным образом два – светский и духовный. Причем тот и другой существовали в неразрывной связи, взаимно дополняли друг друга, будучи двумя половинами одного неделимого целого. В обновленной форме Священной Римской империи остро был поставлен вопрос – кому принадлежит право быть носителем светской и духовной власти.