Первые репрессии обрушились на ПЛСР в апреле 1918г. 6 апреля по обвинению в сепаратизме и провоцировании войны с немцами был арестован один из виднейших членов партии В. Б. Спиро. По поручению ВЦИК и по договоренности между Лениным, Спиридоновой и Камковым Спиро тремя неделями раньше был командирован в Севастополь и по прибытии туда, 20 марта, назначен главным комиссаром Черноморского флота. По решению Совнаркома Спиро должен был настоять на затоплении части судов Черноморского флота и передаче Турции Батума, Ардагана и Карса, как было предусмотрено Брестским соглашением. Однако в Севастополе отказались подчиниться центральной директиве, и Спиро, нашедший поддержку у советской власти Крыма, изменил свои намерения. Отказавшись от планов выполнения ленинской директивы, он на заседании Севастопольского совета и Центрфлота предложил «отвернуться от гнилого Севера и продолжать войну с Германией» и был поддержан подавляющим большинством.

В Крыму по указанию Спиро был образован так называемый «Южный комитет защиты революции», который запретил вывоз хлеба за пределы Крымского полуострова, объявил мобилизацию и начал конфискацию лошадей для артиллерии. Крымская советская власть издала также приказ об аресте германских военнопленных первой мировой войны и высылке их эшелонами в Сибирь. Наконец, 23 марта Центрофлот принял резолюцию о защите Батума от турок и оказании помощи Закавказскому правительству.

В ответ на это Совнарком потребовал ареста Спиро за нарушение директив центра и предания его суду революционного трибунала. Спиро был арестован, судим и казнен. Его действия, на первый взгляд кажущиеся провокационными, следует, тем не менее, рассматривать в контексте событий тех дней. Идея потопления Черноморского флота встретила неслыханное сопротивление матросов. С директивами потопить Черноморский флот из Москвы в Крым посылались Н. П. Глебов-Авилов, И. И. Вахрамеев, Шляпников и, наконец, наркомфлот Раскольников. Все они, в результате, собрались в Исполкоме Кубанско-Черноморской республики и в бессилии опустили руки. Вахрамеев, прибывший в Новороссийск для замены Спиро, нашел ситуацию столь для себя невыгодной, что долго скрывал от правительства Кубанско-Черноморской республики привезенную им директиву СНК, а когда сообщил о приказе Москвы, получил отказ Крымского правительства, настроенного «в пользу вооруженного сопротивления Черноморского флота немецкому наступлению».

Против потопления флота высказывался Шляпников. Когда же в Новороссийск по личному приказу отчаявшегося уже потопить флот Ленина поехал Раскольников, Сталин в Царицыне предупредил его, что руководители Кубанско-Черноморской республики категорически против ленинского приказа. В Исполкоме Кубанско-Черноморской республики мнения разделились. Вахрамеев считал, что Раскольникова расстреляют на вокзале (самого Вахромеева ловили по всему городу, чтоб расстрелять, но тот сумел скрыться); Шляпников предположил, что Раскольникова сбросят за борт корабля...

Расстрелом Спиро не ограничились репрессии против левых эсеров. 14 мая в Самаре была закрыта большевиками левоэсеровская газета «Знамя труда»; 30 июня у здания ВЦИК чекисты-большевики арестовали секретаря Крестьянской секции ВЦИК левого эсера Турбина. «Нам приходилось отражать крайне жестокие нападки с разных сторон, — заявил в один из тех дней Свердлов. — За последнее время эти нападки имели место не только со стороны безусловно враждебных советской власти партий и групп, но и со стороны советской партии, левых эсеров. Нам пришлось выдерживать с ними упорную борьбу по целому ряду вопросов» [7] . Это было не просто предостережение. Это было сообщение о разрыве блока с ПЛСР.

После разгона Учредительного собрания и Третьего съезда Советов у большевиков и левых эсеров практически не было расхождений [8] . На местах содружество оказывалось часто прочнее, чем в центрах, а местные левоэсеровские организации в ряде случаев шли вместе с большевиками, даже когда это противоречило линии ЦК ПЛСР. Так было и после выхода левых эсеров из Совнаркома [9] . Январь — февраль 1918 года был периодом наиболее тесного сотрудничества [10] . Но и мартовские расхождения левых эсеров и большевиков, вызванные прежде всего заключением Брест-Литовского мирного договора, носили тактический, а не принципиальный характер. Член ЦК ПЛСР Колегаев был совершенно прав, когда писал 19 апреля 1918 года, что левые эсеры могут расходиться с большевиками «лишь тактически», идя вместе «во всех вопросах социальной революции, хотя бы и подчиняясь их большинству» [11] .

Выход из советского правительства большинство ЦК левоэсеровской партии считало ошибкой. Впрочем, неуверенность и колебания были присущи главным образом членам ЦК, а не активу ПЛСР в ее среднем звене, левоэсеровским делегатам Четвертого съезда Советов. Большинство их голосовало на заседании фракции против ратификации Брестского мира. Это и предопределило позицию ЦК и выход левых эсеров из Совнаркома. ЦК ПЛСР попробовал переубедить свою партию, но потерпел неудачу. Собравшаяся после съезда Советов Третья городская конференция левых эсеров Петрограда вновь высказалась против ратификации Брестского договора и заявила, что «петроградская организация всемерно будет противодействовать проведению грабительского мира» [12] . Это еще больше насторожило руководство ПЛСР. Все надежды ЦК возлагал теперь на Второй партийный съезд, намеченный на 17-25 апреля.

На съезде присутствовало 59 делегатов от 29 губернских партийных организаций, представлявших 62561 члена ПЛСР. Именно на этом съезде ЦК попытался в последний раз переубедить делегатов. Спиридонова, Колегаев и Трутовский резко выступили против разрыва с большевиками и выхода из состава правительства. Колегаев сказал, что «выйти из состава правительства — значит поставить перед крестьянством вопрос: отойти от власти или отойти от нас». Конечно «трудовое крестьянство предпочитает отой-ги от нас», — заключил Колегаев и предложил «войти в центральную советскую власть», высказав опасение, что в противном случае «революция пройдет мимо» [13] .

Колегаева поддержала Спиридонова, указавшая, что уход от власти есть предательство крестьянства и что антибрестская позиция ПЛСР не привела к росту популярности левых эсеров (что было неверно). Большинство, утверждала Спиридонова, все равно осталось за большевиками, которые, «не изменяют социальной революции, а только временно пригнулись вместе с народом, не имея в руках никаких сил и возможностей защищать целиком все наши завоевания». Трутовский продолжил ту же тему, сказав, что из создавшейся ситуации может быть только один выход: «либо совместная работа с большевиками в центральной власти — для осуществления социальной революции», либо «свергать большевиков», т. е. стать «во главе контрреволюции» [14] .