Выслушав слово старшего преподавателя семинарии, в котором тот охарактеризовал его человеком науки и проповедником, архимандрит Фаддей сказал: «Та удивительная для меня самого устойчивость в труде, какую проявлял я в академии и в бытность преподавателем, объясняется любовью моей к юношеству духовному. Когда я был в Смоленске, то, живя в архиерейском доме, постоянно стремился в семинарию, как бы возводя очи свои в горы. Моя частая проповедь объясняется неудержимой потребностью души сказать слово, вызываемое непосредственными требованиями жизни: я чувствовал как бы огонь, горящий в сердце моем, заключенный в костях моих, который истомился, удерживая, и не мог удержать (Иер. 20: 9)».

На другой день состоялся отъезд архимандрита Фаддея из Уфы. По окончании занятий в семинарском храме был отслужен напутственный молебен, на котором присутствовали преподаватели и семинаристы. После молебна архимандрит Фаддей, обращаясь ко всем присутствовавшим в храме, сказал: «Оставляю вас с печалью и потому, что жизнь моя тесно связалась с жизнью вашей, и потому, что в здешней стране чувствовалось тепло и приятно; теперь же иду в северную страну, не зная, что встретит меня там, но заранее уготовляю себя на скорби, ибо на скорби всегда я и уготовлял себя прежде. Однако иду туда с верой во Христа, Который есть истинный путь и живот (Ин. 14: 6). Надеюсь, что с отъездом моим туда не прекратится совершенно мое единение с вами. Если кто получил через меня что-либо доброе, что дано было мне сделать по благодати Божией, то прошу воздать мне за это своими молитвами. Прочих же и всех вообще прошу простить меня».

И архимандрит Фаддей всем поклонился земным поклоном. Поклонились и ему все предстоящие, а затем стали подходить к нему под благословение и дружески прощаться. Но расставаться не хотелось. И вечером семинаристы и преподаватели собрались еще раз проститься с ним на вокзале.

В Олонецкой семинарии, находившейся в городе Петрозаводске, в обязанности архимандрита Фаддея входило административное управление учебным заведением с разрешением всех вопросов, возникавших как у корпорации преподавателей, так и у учащихся, и преподавание порученных ему предметов. 31 марта он был назначен редактором неофициальной части «Олонецких епархиальных ведомостей», в которых публиковались тогда исторические и богословские материалы, а также местная хроника значимых епархиальных событий.

Архимандрит Фаддей служил часто и всегда проповедовал. 22 февраля 1903 года, в субботу, после поздней литургии в петрозаводском Святодуховском кафедральном соборе он в сослужении соборного духовенства отслужил благодарственный молебен Господу в память освобождения крестьян от крепостной зависимости. 23 февраля, в Неделю 1-ю Великого поста, богослужение в кафедральном соборе отличалось особой торжественностью. Божественную литургию служил епископ Олонецкий Анастасий (Опоцкий) в сослужении архимандрита Фаддея и соборного духовенства. Вместительный Святодуховский собор был полон молящихся. После литургии было совершено Последование Недели Православия. «Возглашавшаяся диаконом и исполненная певчими „Анафема“ переносила мысли молящихся ко временам отдаленной христианской древности, когда могучий голос Церкви служил авторитетным выразителем суда над лжемыслящими и когда суд этот чувствовался и сознавался всеми…» – писал очевидец.

В Петрозаводске в Братском Назарьевском доме в то время были заведены на регулярной основе воскресные религиозно-нравственные чтения; в этих чтениях архимандрит Фаддей стал принимать деятельное участие. 2 марта в Братском доме проходило, казалось бы, рядовое религиозно-нравственное чтение, но оно привлекло в этот раз большое число слушателей. «Не только громадный зал здания, но и левая от входа боковая комната и вестибюль были переполнены народом. Причиной такого скопления публики было желание послушать в первый раз выступавшего с чтением нового ректора семинарии отца архимандрита Фаддея. Отец ректор… прочитал „О начале христианской жизни“ (по Феофану Затворнику)».

В следующее воскресенье вечером в Братском доме состоялись религиозно-нравственные чтения на темы, предложенные архимандритом Фаддеем: «Как начинается в нас христианская жизнь (по преосвященному Феофану Затворнику)», «Состояние грешника и действие благодати», «Торжественное шествие Господа Иисуса Христа на крестные страдания (объяснение 12-й главы Евангелия от Иоанна)». «Житие сорока мучеников» прочитал кафедральный протоиерей А. П. Надежин. Все чтения были прослушаны с большим вниманием.

«Очевидно, подвижнические писания святых отцов, – писал архимандрит Фаддей, – издавна любимые русским народом, как непосредственно касающиеся духовной жизни, и изъяснение Священного Писания, этого первоисточника последней в его непосредственном виде, могут при более или менее умелом выборе предметов для чтения и объяснения и ныне увлекать наш народ».

Через неделю архимандрит Фаддей предложил чтение на тему: «Что требуется от человека для того, чтобы вселилась благодать в его сердце».

Ежедневное ведение дневников и беспристрастная оценка своей внутренней жизни и поступков выработали у него навык писать о себе как о постороннем человеке, не закрывая глаза на отрицательное в себе и не смущаясь неожиданным успехом. О состоявшемся религиозно-нравственном чтении архимандрит Фаддей написал: «Вечером в Назарьевском доме была предложена ректором семинарии архимандритом Фаддеем беседа о событии Благовещения Пресвятой Богородицы по Евангелию, относящемся к событию ветхозаветных пророчеств, и отчасти по песнопениям праздника. Стечение народа было большое, и, благодаря живой речи, возможно было поддерживать внимание слушателей в течение довольно продолжительного времени. Заинтересовало слушателей также чтение канона на Благовещение, написанного в виде разговора между Богородицей и ангелом, на русском языке в переводе профессора Ловягина. Это чтение высокопоэтического канона в понятном русском переводе и без обычных при церковном чтении перерывов дало возможность показать, какие сокровища хранятся под спудом (для большинства, может быть, присутствующих в церкви) в богослужебных наших книгах».