Занятия, проведенные иеромонахом Фаддеем, оказали большое влияние на слушателей курсов; при их закрытии один из курсистов, обращаясь к нему, сказал: «Примите нашу посильную благодарность за то светлое нравственное влияние, которое Вы оказывали на всех нас во время пребывания нашего на курсах через Ваши полные христианской любви и правды поучения в храме, через Ваши чтения по общей дидактике, осветившие нам много в нашей учительской деятельности и научившие нас любить Христа и Его Святую Церковь, через Ваши образцовые уроки по славянскому языку, показавшие нам, как нужно вести преподавание последнего, чтобы оно оказывало действительно благотворное влияние на детскую душу, а не ограничивалось лишь механическою стороною дела, как это ведется в некоторых школах; наконец, через Ваше сердечное, простое обращение с нами, позволявшее нам откровенно беседовать с Вами и пользоваться Вашими добрыми советами.

Спасибо Вам и за драгоценный подарок – общую дидактику, составленную Вами для учителей церковно-приходских школ, которой мы и будем руководствоваться в нашей педагогической деятельности».

В Уфе иеромонах Фаддей закончил работу над диссертацией «Единство книги пророка Исаии», за которую ему была впоследствии присвоена степень магистра богословия и дана премия. Рецензенты писали о ней как об исследовании, отличавшемся обстоятельностью и полнотой, составившем ценный вклад в русскую богословскую науку. Для того чтобы состоялась защита диссертации, ее текст нужно было отдать в типографию для напечатания, а для этого требовалось около 500 рублей, что значительно превышало имеющиеся у иеромонаха Фаддея средства, и ему пришлось занять недостающую сумму у сослуживцев. По существовавшим на тот момент правилам, академия могла выдать готовившимся к защите денежное пособие, если они обратились за ним в период, не превышающий двух лет со дня подачи документов на соискание научной степени. Иеромонах Фаддей написал ректору академии епископу Арсению, чтобы тот походатайствовал о выдаче такого пособия. Епископ откликнулся на просьбу, и иеромонаху Фаддею были присланы из академии 347 рублей.

«Весьма благодарю Ваше Преосвященство за содействие в оказании мне этой денежной помощи. Она освободит меня от многих долгов, в которые пришлось впасть мне, благодаря печатанию сочинения, – писал он епископу Арсению. – Приехав в Уфу после магистерского коллоквиума, я по-прежнему принялся с ревностью за свое богословие. Хотя вообще мне приходится готовиться, и остается пока время для постороннего чтения, но зато присоединились трудности другого рода – нынешний год труднее заинтересовать воспитанников после того, как они в прошлом году уже испытали сладость и горечь моих речей. Шестой класс ленивее сделался, чем он был в прошлом году. Вообще же своим положением доволен и всецело занят своим здешним делом, которого весьма много».

27 августа 1901 года под председательством ректора Московской духовной академии епископа Волоколамского Арсения состоялось заседание Совета академии, посвященное защите диссертации иеромонаха Фаддея «Единство книги пророка Исаии» на соискание степени магистра богословия. Официальными оппонентами выступили экстраординарные профессора академии – по кафедре пастырского богословия и педагогики Александр Павлович Шостьин и по кафедре Священного Писания Ветхого Завета Василий Никанорович Мышцын.

Профессор Шостьин писал о работе иеромонаха Фаддея: «Печать серьезного и добросовестного изучения предмета лежит на всем труде отца Фаддея. Очень внимательно и всесторонне исследована самая книга Исаии, что особенно ценно; почти также тщательно изучена и обширная немецкая литература (не говорим о русской) по избранному вопросу. Язык отличается точностью и ясностью. Даже и в полемических частях он дышит тоном спокойствия и ученого беспристрастия». Совет академии единогласно признал эту работу заслуживающей присвоения ученой степени. 19 октября Святейший Синод утвердил иеромонаха Фаддея в степени магистра богословия.

Иеромонах Фаддей жил в то время, когда наука в глазах людей имела большой успех, за ней мыслилось едва ли не будущее всего человечества, на нее смотрели как на спасительницу и почти мессию. Он отлично понимал, что роль, которую приписывают люди науке, ей не соответствует и превращает ее в идола. Живя в Уфе, где в благоприятной духовной атмосфере с наибольшей полнотой стали раскрываться его способности, а сердце наполняться христианской любовью ко всем, иеромонах Фаддей в одной из проповедей сказал: «Посмотрите, говорят они, какие тайны природы открыла наука, какие победы над природой совершила, как усовершенствовала жизнь, – и это ли не свидетельствует о могуществе человеческого разума? И зачем после этого стеснять его непонятными и невосприемлемыми для него церковными догматами? Посмотрите, как проникла наука в тайны жизни, и не настанет ли скоро время, когда она не только успешно будет бороться с разными неизлечимыми болезнями, но даже с самой смертью? Зачем же говорят, что не может наука дать счастья человечеству, и зачем заставляют человека отказывать в требованиях своей природы, обещая какое-то невероятное блаженство в будущей жизни?

Таковы глаголы современных людей. Мнимым блеском земной мудрости хотят они затмить свет Божественной истины, хранимой в основанной Господом Иисусом Христом Церкви. Но тщетны эти их усилия. Ибо какое постижение тайн природы может дать то, что составляет основу всякого земного счастья – мир совести? Пусть наука исследовала не только то, что находится на земле, но и рассмотрела всё, что находится на высотах неба, пусть от нее не сокрылось то, что находится во внутренностях земли, – но исследовала ли она все сокровенные движения души, из которых слагается жизнь ее? Пусть наука исследовала все тончайшие нити тела и рассмотрела всё, что находится внутри его, – но открыла ли она в душе то, что составляет основу счастья или несчастий жизни? Пусть она почти проникла в самую тайну жизни, но какое уяснение тайны телесной жизни может предотвратить страх смерти? И какие успехи науки могут тогда водворить мир в душе человека, если он не нашел мира совести? Пусть люди науки считают этот мир благом мнимым и мечтательным, но многовековой опыт жизни человечества показал, что без него все поиски счастья напрасны.

Посему с более полным сердцем и душой ныне прибегаем к Церкви, в которой одной можем найти мир и которая одна есть на земле столп и утверждение истины! Возлюбим ее поклоны, которыми смиряется ум, ее посты, через которые получает дух власть и силу побеждать страсти, ее молитвы, которыми дух возносится к Богу и от земли восторгается к Небу, покаяние, которым омываются скверны души, причащение Святых Таин, которыми питается душа от самого Источника жизни. Ныне, в день торжества веры Церкви, воззрим на тех, которые были свидетельствованы в сей вере, которые, по слову апостола, побеждали царства, творили правду, получали обетования (Евр. 11: 33). Жизнь многих из них была исполнена лишений, скорбей и озлоблений, но они многих обогащали, исполняли утешением и радостью духовной. Многие из них жили в вертепах и пропастях земных, но были известны миру. Многих из них современники считали невежественными мечтателями, но на них с удивлением смотрел мир, и они заграждали уста львов, рыкавших на Церковь. Итак, возлюбим эту веру Церкви, которая одна может возвести на Небо, куда Предтечей за нас взошел Иисус и все жившие верой праведники!»