С 1901 года по 8 января 1903 года иеромонах Фаддей состоял членом Уфимского епархиального училищного совета; с 13 июня по 15 июля 1901 года он преподавал учительницам церковно-приходских школ общую дидактику и методику Закона Божия и церковнославянский язык на летних учительских курсах.

Открывая курсы, иеромонах Фаддей сказал: «Озирая лицо земли Русской, со скорбью мы видим, что из высших, иногда лишь по имени только, интеллигентных классов общества волна разнузданности мысли и воли всё более идет в народ и грозит опустошить любимое достояние его – веру Христову. Еще по преданию и привычке он крепко держится этой веры, но холод страстей может корень и его жизни погубить, сделав его маложизненным, как подточен он уже сомнениями в большей части так называемого интеллигентного общества. И может случиться с ним то же, что с одной из древних христианских церквей: „ты носишь имя, будто жив, но ты мертв“ (Апок. 3: 1). Не за то ли постигают его и постоянные бедствия: то голод, то засуха, то град, то землетрясения, что он оставляет веру отцов и не держится ее всем сердцем. Не оттого ли высшие классы общества озираются в недоумении, где найти исход из современного печального порядка вещей, и нигде не видят помощи человеческой, ибо бессильной оказывается эта помощь там, где необходима высшая помощь Божественная…

И вот ныне все мы, призванные быть просветителями народа, что должны положить в основание этого просвещения, как не веру Христову?.. Сохраним в себе этот свет Христова учения, глубоко внедренный в сердца наши еще при самом вступлении в мир сей, и взыщем его как драгоценное сокровище, ради которого мы готовы были бы оставить всё, лишь бы его приобрести прежде всего! И весь разнородный материал просвещения, из которого духовно созидается человек, постараемся приспособить к единой высшей цели человеческого существования! Цель же сия – приготовить в душе каждого внутреннюю храмину для обитания Христа, Который бы был светом вечным и истинным, просвещающим „всякого человека грядущего в мир!“ (Ин. 1: 9)».

Основывая свое видение окружающего на Священном Писании, педагог-подвижник не мог не замечать глубокого нравственного неблагополучия в обществе, грозящего всем большими бедствиями. «Но если исполнились слова Господа об Израиле, то должны исполниться и о нас, – писал иеромонах Фаддей. – Мы один из тех народов, которому отдано Царствие Божие, вместо Израиля, дабы принести плоды в назначенное время. Уже девять веков прошло с того времени, когда русский народ призван к деланию в винограднике Царствия Христова. С тех пор он возрос в мужа силы. Обладая богатыми духовными дарованиями, он превзошел другие народы: обессилевшими и умаленными являются они пред этим народом, далеко распространившим свои пределы в Европе и Азии и занявшим шестую часть всей земли. Велико должно быть и назначение такого народа для Царствия Божия. <…> Но вот уже издавна начались и продолжают совершаться в жизни этого великого и прекрасного народа болезненные расстройства и потрясения. Они всё более сильно и глубоко начинают колебать те основы, на которых зиждется прочное здание, им воздвигнутое. Всё более усиливается неверие во Христа, бывшего от начала истинным краеугольным Камнем этого здания. <…> Быть может, некогда и в России произойдет столь же общее отступление от Бога, какое наблюдается во многих странах Запада, и тогда настанет конец тем более ужасный, чем более вверено было нашему великому народу. Хотелось бы всем нам, любящим Россию, воскликнуть: „да не будет!“».

Видение этого ужасного конца не приводило иеромонаха Фаддея в состояние уныния. Он понимал, что таковы судьбы Божии, которых Господь не скрыл от любящих Его. Он писал: «Оставим тщетные надежды и мечты лжеименных мудрецов века сего о том, будто жизнь на земле никогда не может истощиться, но бесконечно будет обновляться, изменяться, развиваться и совершенствоваться. <…> Сохранившиеся в наше время скудные остатки веры разве немногих христиан побуждают еще жить по духу Богом внушенной любви, по которой только и могут быть отличены истинные последователи Христовы от прочих людей мира. <…> Однако в столь печальные времена, когда для Церкви Христовой как бы не будет уже места на земле по причине гонений и притеснений её со стороны неверующих во Христа „сынов противления“ (Еф. 2: 2), должно ли приходить в смущение и уныние „малое стадо Христово“ (Лк. 12: 32)? О, нет!»

Ставшее для иеромонаха Фаддея постоянным преподавание на курсах подвигло его написать для учителей церковно-приходских школ практическое пособие: «Записки по дидактике (общей и методике Закона Божия и славянского языка)», которое он опубликовал в 1902 году, чтобы каждый преподаватель мог им воспользоваться вне курсов. Эта книга стала основой преподавания в школе – в ней было заявлено определенно, что фундаментом обучения и подлинного просвещения является христианство, что любая форма воспитания и передачи знаний вне этого фундамента может человека развратить, убить его душу и сердце.

Преподавая на педагогических курсах учителям земских школ, иеромонах Фаддей внимательно присматривался к своим ученикам, призванным разносить знания по городам и весям России. Они могли бы оказать некоторое религиозное влияние на воспитание народа, так как земские школы понемногу замещали церковно-приходские, руководясь часто неверующими чиновниками. Печалило отца Фаддея и то, что учителя земских школ, не отрицая православной веры явно, сами на практике не исповедовали ее, не посещали богослужений даже в двунадесятые праздники, относясь к этому вполне легкомысленно, не видя в отсутствии в их жизни церковного, а значит и христианского начала ничего дурного.

Прощаясь с преподавателями земских школ при закрытии курсов, иеромонах Фаддей обратился к ним с назидательным словом. «Может быть, скажут многие в ответ, что взамен того приобрели они такие сокровища умственные, ради которых следует признать извинительным и стеснение религиозных требований духа? – с некоторой укоризной сказал он им. – В подобном-то ответе и сказывается неискоренимая привычка к тому иностранному, западноевропейскому порабощению свободной русской мысли и жизни, на которое столь давно еще начали указывать наши русские писатели. Доселе русский народ не чувствует потребности освободиться от нигилистического ига Запада, которое всё сильнее и сильнее ложится на высшие потребности духа, вытравливая в сердце его потребность веры в Бога и правды в жизни. Ибо какие приобретения ума могут заменить ту „душу живую“, которая столь необходима в деле обучения, особенно же воспитания? Пусть на уроках русского чтения дети постигнут всё совершающееся во внешней природе, строение растений, жизнь животных и так далее, – неужели к знанию этого более всего стремится их душа? Что сделается с нею, если, постигши всё это, она останется в неизвестности относительно величайших сторон собственной жизни и ее жизнь не приобщится к жизни „Лозы истинной“ (Ин. 15: 1), к которой она привилась бы, как одна из ветвей? Что будет с детской душой, когда взор ее будет всецело устремлен вне себя и не будет совсем различать совершающегося внутри?»

С иным по содержанию словом иеромонах Фаддей обратился к учителям церковно-приходских школ: «Ныне, в день вашего разъезда, должен сказать вам, возлюбленные братья, словами апостола, что проповедь наша к вам была не тщетна и вход наш к вам был не бездейственным (1 Кор. 15: 14; 1 Фес. 2: 1). Поистине пришлось нам видеть, что „проторжеся вода в пустыни и дебрь в земли жаждущей“ (Ис. 35: 6), призыв к жаждущим идти на воды (55: 1) нашел отклик в сердцах многих, если не всех вас. С каким усердием и охотою занимались вы всем, касающимся близкого вашему сердцу дела воспитания и обучения детей! Как много и безропотно переносили вы труды и как мало при этом дозволяли себе развлечений! С какою любовью и доверием относились вы к тем, кто призван был передать вам необходимые знания и наставления, хотя бы и сам он не чужд был многих недостатков! Пусть в ваших собственных занятиях с детьми не было заметно особенно какой-либо обработанности приемов преподавания и воспитания, но зато как заметна была в них душа живая! Пусть в вашем пении также было, может быть, немало недостатков, которые неприятны для изящного слуха, но зато какое одушевление слышалось в словах молитв, которые вы пели в церкви, или во время учебных занятий, или утром и вечером!»