Когда в Туркестане построили железные дороги, по каждой их ветке были пущены "вагоны-церкви". Они останавливались на станциях и полустанках, и окрестные жители, заранее оповещенные о времени их прибытия, собирались к "вагону-церкви" для участия в Богослужении. Священники этих "храмов на колесах" совершали и требы: крещение младенцев, венчание, отпевание. Перед Пасхой снаряжались экстренные поезда, состоявшие из паровоза и "вагона-церкви": для освящения куличей. Особым благолепием отличался "вагон-церковь" во имя святых равноапостольных царя Константина и царицы Елены: украшенный позолотой снаружи и внутри, с иконостасом и иконами работы санкт-петербургских мастеров. Для организации деятельности привокзальных храмов и "вагонов-церквей" учреждались особые "железнодорожные благочиния".

Первоначально приходы Туркестана находились в ведении частью Оренбургских, частью - Томских архиереев; Закаспий (Туркестан) был в церковном отношении произвольно причислен к Грузинскому Экзархату. Наконец, когда стало очевидно, что для окормления этого необъятного края требуется отдельная архиерейская кафедра, в 1871 году была учреждена Ташкентская и Туркестанская епархия Русской Православной Церкви.

Появление в Туркестане православных приходов и храмов в большинстве случаев не было бы возможно, не будь горячей любви к Матери-Церкви у русских крестьян, купечества и казачества. Очевидец создания епархии священник Евстафий Малаховский свидетельствует: "Переселенец-хлебороб был счастлив, когда после долгих прошений и скитаний ему, наконец, удавалось получить надел земли. Первой заботой его после этого было построить хотя бы маленький храм, и своими жертвами и трудами он вскоре воздвигал его". Когда у христианской общины не хватало средств, они избирали из своей среды благочестивых сборщиков и посылали их по городам Туркестана. Русские предприниматели и купцы, развивавшие торговлю и промышленность края, не только созидали храмы в городах, но и охотно откликались на просьбы сельчан о помощи в святом деле храмоздательства.

В 80-х годах ХIХ века начали создаваться первые постоянные - из камня или дерева - православные храмы на территории Туркменистана: в Теджене (1883), Асхабаде (Ашхабаде), станице Николаевской, Кызыл-Арвате, Чикишляре, Серахсе, Каракале (1885), Красноводске (ныне город Туркменбаши), Мерве (ныне город Мары), Ак-Тепе, поселках Ванновский (ныне город Безмейин), Алексиевский и Казанджик (1886), Тахтабазаре и поселке Фирюза под Асхабадом (1888), Кушке (1889).

Хотя приходы Закаспия были произвольно включены в состав Грузинского Экзархата, однако церковная ситуация в самой Грузии была сложна и требовала постоянного присутствия архиереев, так что ни экзархи Грузии, ни их викарии за двадцать лет ни разу не сумели посетить свою закаспийскую паству, ограничиваясь перепиской и присылкой по почте антиминсов для новосозданных храмов. В 1900 году Закаспийские благочиния были включены в состав Ташкентской и Туркестанской епархии.

Когда Закаспий ещё не входил в Туркестанскую епархию, оттуда была оказана здешней пастве братская помощь: был пущен "вагон-церковь" по маршруту "Асхабад - Самарканд". Впоследствии в Асхабаде появился свой "вагон-церковь", курсировавший по Мургабской железнодорожной ветке.

Нужно сказать, что закаспийские православные проявили особую ревностность. Перед катастрофой 1917 года Асхабад являлся "самым церковным городом" во всей епархии: здесь имелось 22 храма, среди которых красотой и величественностью выделялись Воскресенский и Александро-Невский соборы, храм во имя святителя Алексия при техническом училище. Михаил-Архангельский, Свято-Никольский и Свято-Георгиевский (гимназический) храмы. Из них при большевиках уцелело только одно здание Александро-Невского храма (отреставрированного и вновь открытого в 1993 году).

В Красноводске имелось три храма. Один из них, во имя святого Архистратига Михаила, в 1995 году при разливе Каспия оказался под угрозой затопления. Русские моряки перенесли его с затопляемого места полуострова и поставили вновь на безопасном месте. (Это - единственный сохранившийся храм Красноводска, ныне действующий.) В Кушке были созданы казачий собор и приходской храм. В Мерве был построен прекрасный храм в стиле русского "барокко". Один из первых храмов Закаспия, в станице Николаевской Мангышлакского уезда, был построен в 1884 году, когда там жило всего 25 казачьих семей. Строил этот храм во имя святой равноапостольной Нины (деревянный на каменном фундаменте) казак Захария Дубский с помощью других станичников. В 1895 году жители села Михайловское Асхабадского уезда воздвигли храм из горного камня в честь Преображения Господня. На острове Малом Долгом, где размещался поселок русских рыбаков, в 1895 году был построен красивый храм во имя святителя Николая Мирликийского, из сосновых брусьев на фундаменте из тесаного камня. Рыбаки острова Долгого происходили из Астрахани, за помощью в храмоздательстве обратились к своим землякам астраханским купцам, и те прислали доброхотные пожертвования. В этом же году был построен большой "каменный" храм с колокольней во имя святителя Алексия Московского, в селе Ванновском (ныне Безмейин).

В условиях, когда Закаспий пребывал без полноценного архиерейского возглавления, успехи церковного строительства в этом краю явились во многом заслугой благочинных его приходов - протоиереев Алексия Танашевича, Василия Покровского, Михаила Колобова.

Особой является история возникновения в Туркменистане города Байрам-Али и его храма. Император Александр III Миротворец, знавший о славе древнего Мерва, решил возродить знаменитый Мервский оазис - область, сделавшуюся засушливой полупустыней после того, как Бухарский эмир Хайдер в 1799 году разрушил Султан-Бентскую плотину. Расходы по превращению пустыни вновь в цветущий край Александр III решил принять на свой личный счет и в 1887 году издал указ: "Все, впусте лежащие земли по течению реки Мургаба, на которые по сооружению плотины известной под названием Султан-Бентской, возможно будет распространить орошение без ущерба, однако же, для прочих орошаемых уже водами этой реки частей Мервского оазиса, - признать собственностью царствующего императора, с наименованием Мургабским Государевым Имением".

За безводные и бесплодные земли туркменские старейшины получили огромную компенсацию - сто пятьдесят тысяч червонцев; после этого туркмены прозвали русского царя "хозяином песка". Центром управления работ по сооружению плотины стала железнодорожная станция Байрам-Али, расположенная неподалеку от развалин древнего Мерва. Первый инженерный проект плотины оказался неудачен; только в 1895 году план орошения оазиса осуществился, было создано Гиндукушское водохранилище и от него проведен "царский канал". На возрожденные земли, также за счет императора, были переведены пожелавшие там расселиться 250 туркменских семейств. У железнодорожной станции был выстроен город Байрам-Али: из белокаменных зданий, стилизованных под туркменское и персидское зодчество. В городе были посажены рощи миндальных деревьев, сады и парки, растения для которых доставлялись из Китая, Индии, Мексики. Работы по возрождению Мервского оазиса стоили Александру III около полутора миллионов золотых рублей. В 1902 году благочинный церквей Закаспия протоиерей Михаил Колобов возбудил ходатайство о создании в Байрам-Али храма. Мургабское Имение было не простое, а Государево, поэтому храм в нем создавали лучшие мастера русского искусства - архитектор В. Щусев и художник М. Нестеров.

Туркестан, прежде неизведанный край, привлек внимание выдающихся русских ученых и деятелей культуры. Здесь трудились Н. М. Пржевальский, Потанин, Северцов, Федченко и многие другие. Порой им удавалось делать открытия, обогащающие историческую память народов Центральной Азии, - так, например, археологом А. Вяткиным была обнаружена обсерватория Улугбека. Среди последующих исследователей необходимо назвать В. В. Бартольда, С. П. Толстова, М. Е. Массона, Г. А. Пугаченкову, Л. Н. Гумилева - ученых, которых без всяких оговорок следует назвать великими.