При этом советская власть отказалась вести диалог с церковью, не признала права церквей на внутреннюю автономию, создавая тем самым предпосылки для вмешательства в их внутреннюю жизнь. Декрет и последовавшие за ним документы свидетельствовали о начале системной борьбы с влиянием религиозных институтов. Политика в отношении религии показывает стабильное расхождение теоретических марксистских концепций и практических большевистских мер. Одновременно в этой сфере на протяжении всего советского периода особенно четко видна разница между пропагандистскими установками, спускаемыми сверху, и их пониманием и реализацией на местах. Если теоретические постулаты предполагали терпимое отношение к проявлениям религиозности и акцент в борьбе с ними делали на атеистическом просвещении, то на практике преобладала тенденция к насильственному вытеснению религиозных символов и их носителей. Формирующаяся политическая религия утверждала свое превосходство над старыми религиозными традициями через их унижение, противопоставляя их ритуалам и практикам собственные культы, ритуальные действия, своих жрецов и свои святые места. Коммунистическая агитация использовала многие формы, сложившиеся в христианском культе, меняя при этом их содержание. В работах исследователей общим местом стали сопоставления демонстраций с крестными ходами, посещение мавзолея — с паломничествами к святым местам, портретов и бюстов вождей — с иконами, революционных песен — с молитвами и т. п. Формирование культа В. И. Ленина началось еще при его жизни; его личность стала обрастать типичными чертами сверхчеловека–божества.

В начальный период острие борьбы было направлено против Православной церкви, которая осознавалась советской властью как опасный политический противник и конкурент в борьбе за сознание православного населения России. К концу Гражданской войны большевистское руководство воспринимало Церковь как враждебную контрреволюционную организацию, которую необходимо обезвредить в ближайшее время. Систематический характер антицерковные акции приобрели с марта 1922 г., когда в ходе развернувшейся кампании по изъятию церковных ценностей советское руководство поставило задачу уничтожения Православной церкви как сколько–нибудь значимого общественного института. В ходе этого наступления с небывалым до этого размахом стали использоваться такие рычаги давления на церковь и верующих, как репрессии, поощрение внутрицерковных разделений (в частности, так называемого обновленческого раскола — движения, возникшего после Февральской революции 1917 г., вставшего в оппозицию к патриарху Тихону; просуществовало до середины 1940-х годов) и массированная антирелигиозная пропаганда. Фактически эти цели и методы претворения их в жизнь сохраняли свою актуальность до конца 1930-х годов. Современными исследователями обнаружены и в значительной степени опубликованы документы, свидетельствующие о том, как партийными и карательными органами обсуждались и реализовывались соответствующие мероприятия.

В 1929 г. было принято новое законодательство — постановление ВЦИК и СНК РСФСР и других союзных республик «О религиозных объединениях», которое жестко ограничивало их жизнь сферой «отправления культа» и прямо запрещало любую хозяйственную, благотворительную и образовательную деятельность. Это постановление с некоторыми поправками оставалось в силе до 1990 г. Принятие постановления «О религиозных объединениях» означало начало нового витка преследования духовенства и верующих. К этому моменту Российская церковь подошла ослабленной предшествовавшей антирелигиозной политикой: в ней существовало несколько расколов, появление которых было во многом инспирировано тайной политикой власти, около 60% ее епископов было репрессировано или удалено со своих кафедр в административном порядке, власти препятствовали созыву Поместного собора и выборам нового Патриарха, поэтому с 1925 г. Церковью управляли местоблюстители Патриаршего престола. Начиная с 1929 г. репрессивная политика касалась уже не только православных и католиков — как в основном было в 1920-е годы, — но всех религиозных объединений страны: теперь массированно преследовались мусульмане, протестанты, иудеи, т. е. те религиозные традиции, которые ранее были терпимы как проявления национальных особенностей соответствующих народов.

В 1929-1931 гг. наступление на Православную церковь и другие религиозные организации страны шло в рамках коллективизации сельского хозяйства. Поскольку насильственно «коллективизированное» крестьянство автоматически считалось местными властями «неверующим», сельские церкви и молитвенные здания закрывались в массовом порядке без соблюдения даже минимальных формальностей. В этот период в разных частях страны были закрыты от 40% до 90% действовавших ранее православных церквей. Одновременно в течение 1930-х годов на Церковь обрушились несколько волн репрессий, наиболее разрушительной из которых была волна, совпавшая с годами большого террора. Только по самым общим подсчетам, к концу 1930-х годов было репрессировано более 300 тыс. представителей православного духовенства и верующих, из которых не менее трети были расстреляны. Параллельно в 1937 г. местные власти начали массированную кампанию закрытия еще существовавших церквей.

Вместе с политикой прямого террора и административных притеснений и в 1920-е, и в 1930-е годы в СССР проводилась политика социальной сегрегации духовенства и верующих. Согласно нормам уже первой советской Конституции 1918 г., духовенство было лишено как активного, так и пассивного избирательного права, т. е. попадало в категорию «лишенцев». Помимо ущемления политических прав это означало ограничение в праве на образование детей (прежде всего на высшее образование), повышенное налогообложение (до 75% заработка священнослужителя) и повышенные ставки коммунальных платежей, ограничение прав на социальное обеспечение, часто — выселение семей из крупных городов. С введением в стране в начале 1930-х годов карточной системы лишенцы не получали продовольственных и промтоварных карточек, что для многих грозило голодной смертью. Верующие не могли свободно посещать даже немногие оставшиеся храмы, в том числе потому, что с началом индустриализации была введена 5-дневная (в других случаях 10-дневная) рабочая неделя с плавающим графиком выходных, и воскресенье перестало быть постоянным выходным днем.

Однако чисто административные меры против религии и насильственное закрытие церквей не могли покончить с верой многих миллионов граждан СССР. Это со всей отчетливостью проявилось уже в середине 1930-х годов. В 1936 г. в ходе обсуждения новой Конституции страны, провозгласившей построение в СССР социализма и в связи с этим отменившей ряд дискриминационных положений предыдущего советского законодательства, заметно возросла активность духовенства и верующих, которые теперь в обоснование своих прав ссылались на новые положения Основного закона страны. В ходе подготовки к выборам в Верховный Совет СССР, которые по новой Конституции были прямыми и всеобщими и должны были впервые состояться в декабре 1937 г., верующие во многих местах попытались выдвинуть своих кандидатов для участия в выборах или же просто во всеуслышание заявляли о своих попранных правах, требовали открытия церквей и т. д. Проведенная в январе 1937 г. всесоюзная перепись населения дала скандальные, с точки зрения власти, результаты: более 50% жителей Советского Союза, участвовавших в переписи, назвали себя верующими, и 75% из них — православными.

Сама церковная жизнь после закрытия церквей ни в коей мере не прекращалась, хотя и претерпевала ощутимые изменения. Изгнанные из обителей монахи и монахини в большинстве продолжали вести монашескую жизнь, рассеявшись по деревням и маленьким городам. Члены приходов, лишившихся своего храма, часто продолжали собираться вместе и в доступной им форме совершать богослужения (в частных домах, в лесах, у почитаемых природных объектов, например, родников). Часто происходили категорически запрещенные советским законодательством крестные ходы по полям, продолжали совершаться паломничества к почитаемым святыням — как правило, закрытым монастырям и церквам, где когда–то хранились чудотворные иконы и мощи святых. По подсчетам, сделанным в 1940-е годы, число участников крупнейших из таких ежегодных паломничеств (к бывшей Курской Коренной пустыни, в с. Великорецкое в Кировской области, к Светлому озеру в Горьковской области и др.) достигало нескольких тысяч человек в каждом случае.

Преследования верующих, развернувшиеся в Советском Союзе, были беспрецедентны по своему размаху. Однако и в других частях света в XX столетии происходили столкновения между различными политическими режимами и религиозными объединениями, которые порой принимали форму настоящих гонений. Жесткие преследования в отношении Католической церкви развернулись в Мексике, где в 1917 г. была принята новая антиклерикальная конституция, лишавшая ее собственности и — что было особенно болезненно — права преподавания вероучительных дисциплин в школе. Радикализм мексиканских правительств левой ориентации привел к вооруженному восстанию «кристерос» (от испанского произношения имени Христа; 1926-1929), фактически — к религиозной гражданской войне. Однако преследования духовенства и верующих продолжались и по ее окончании, вплоть до 1940 г. В послевоенный период преследования как против христиан, так и против мусульман развернулись в коммунистической Албании. Особенно активные гонения развернулись в 1967-1969 гг. Религиозное имущество национализировалось, церкви, монастыри и мечети разрушались. Запрещалось давать христианские и мусульманские имена детям. В ноябре 1969 г. Албания была официально провозглашена первой в мире атеистической страной. В конце 1970-х годов было объявлено об окончательном искоренении всех религиозных предрассудков. Православная церковь Албании была фактически уничтожена. В живых осталось около 15 священников.