Под этим собором нашли упокоение обе игумений монастыря — и Евпраксия, и Магдалина, о которой известно, что родом она была, из мологских мещан Новотельновых, долгое время служила казначеей в монастыре, а по смерти матушки Евпраксии в 1833 году произведена в игумений и управляла обителью до самой своей кончины 26 декабря 1844 года. При ней «монастырь приведен в цветущее состояние». После игумений Магдалины Афанасьевской обителью пятнадцать лет управляла Августа (Петровская), тоже из бывших монастырских казначей, она умерла 24 августа 1861 года и погребена на монастырском кладбище. Далее, следуя рукописи отца Павла, «порядковый перечень игумений» такой:

4. «Игуменья Феофания, из благородного сословия, управ ляла обителью недолгое время, была переведена в Ярослав ский Казанский монастырь, где и преставилась с миром»

5. «Благоустроительница и украсительница святой обители игуменья Антония. При ней на три корпуса келий надстроен второй этаж, выстроена гостиница для богомольцев, а также прекрасная церковно-приходская школа для деревенских школьников, приобретен в городе Мологе земельный участок, на нем выстроена каменная часовня с жилым домом для обслуживающих инокинь обители, а также приобретен в городе Рыбинске на Стоялой улице земельный участок, на коем и выстроено подворие с часовней и жилыми и хозяйственными постройками, коим управляла монахиня Зинаида. Неумения Антония похоронена на монастырском кладбище с левой стороны алтаря кладбищенской церкви, на могиле ее был воздвигнут величественный черного гранита памятник»

6. Игумения Августа, которая управляла обителью с 1895 по 1901 год. «Она наладила прекрасно животноводство и устроила прекрасную пасеку, — пишет о. Па вел. — Выстроила мельницу и приобрела в 12-ти верстах от монастыря значительный земельный участок, на котором построила филиал и несколько жилых деревянных домов, скотные дворы и толчею, а купец города Мологи М. Боровков выстроил однопрестолъную церковь во имя, честь и славу святого Архангела Михаила. Управляла да чей престарелая монахиня Нлария, а в церкви служил иеромонах Силивестр»

7. Далее по списку о. Павла идет игуменья Кира: «Она завела в монастыре рукодельное ремесло, как-то — золотошвейную, белошвейную, которыми управляли опытные мастерицы — монахини Ионафана и Досифея: под их руководством инокини шили золотом. В театре города Мологи па сцене был бархатный занавес, на коем монастырскими мастерицами было вышито золотом «Дерзай»

8. И вот впервые о. Павел описывает внешность игумений, а это значит, что при настоятельнице Иннокентии маленький Павёлко пришёл в монастырь: «Это была величественная, стройная монахиня, но управляла обителью недолго, похоронена на монастырском кладбище под скромным деревянным крестом»

При игумений Иннокентии произошли в Мологе революционные события, которые круто изменили и жизнь монастыря, переименованного в Афанасьевскую женскую трудовую артель. На документах 1919 года настоятельница Иннокентия вынуждена подписываться совершенно несуразно — «игумения Афанасьевской трудовой общины». В этом же 1919 году обрывается и след игумений Иннокентии — неизвестна дата, когда она умерла, но 9 декабря 1919 года должность настоятельницы исполняет уже Августа Неустроева, о которой о. Павел сообщает, что родом она «из крестьян деревни Назаровское, при ней обитель прекратила свое существование 30 марта 1929 года».

Сохранились фотографии Мологского Афанасьевского монастыря начала века. Как торжественно-красива эта белокаменная обитель на берегу реки Мологи, спокойно струящей свои воды изо дня в день, из столетия в столетие! Кто бы мог подумать, что однажды всё это будет разрушено, уничтожено, сокрыто на дне искусственного водохранилища, которое и до сего времени является источником экологической опасности для окрестных селений, подмывая почву, на которой они стоят. На снимках отчетливо видны два главных храма обители — древний Троицкий с высокой стройной колокольней и огромный XIX столетия постройки пятиглавый собор Святаго Духа. Попробуем войти под затопленные своды обители, увидеть внутреннее убранство церквей, устроение монастыря, его насельников и саму монастырскую жизнь — так, как это было при отроке Павле Груздеве.

Главный вход — Святые ворота — находился в западном одноэтажном корпусе монастыря. Над Святыми воротами было больших размеров изображение святителей Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских, а над ними в облаках икона Тихвинской Божией Матери, которую держали два ангела. «Верх ворот венчала башня, — вспоминает отец Павел, — над которой был флюгер в виде ангела с трубой и во время ветра издавался звук, как говорили: Трубный Глас. Привратницей была монахиня Лариса Кузнецова». Такими же круглыми каменными башнями с высокими шпилями, увенчанными флюгером в виде ангелов с трубой, были украшены углы трех монастырских корпусов, а в четвертом, северо-западном, находилась Успенская церковь со входом вне монастыря.

«У Святых ворот обители была часовня, — продолжает описание отец Павел, — в ней находилось резное изображение во весь рост святителя и чудотворца Николая в серебряной ризе с мечом в руке, эту икону носили по приходу четыре раза в году. Еще в часовне находилось резное изображение во весь рост Спасителя, сидящего в темнице, это изображение было у верующих в большом почете, впоследствии я его видел в краеведческом музее города Мологи»

С левой стороны при входе в монастырь, почти посреди двора возвышался величественный белокаменный собор Святаго Духа, а с правой стороны, ближе к административному корпусу, находился Троицкий храм с прилегающей к нему четырехэтажной колокольней.