«Преклонясь перед неисповедимой волею Божией, поспешил я оставить мир и взять свой крест и приобщиться к миру иноческому», — сказал владыка в своей пронзительно-откровенной речи перед иркутской паствой, когда его рукополагали в епископский сан (1889 год).

Томск, Иркутск, Тобольск, Рига — «из одного места в другое, из одного края отечества нашего в другой, в течение шестнадцатилетнего служения своего уже седьмой раз переселяюсь я… Пресельник аз у Тебе, Господи, и пришлец…» — это из речи епископа Агафангела при прощании с тобольской паствой (1897 год). До преклонных лет (почти до 60-ти) скитаясь по окраинам России, служа у инородцев и иноверцев, как, должно быть, хотел владыка Агафангел найти покой «в сердце России, в центре Православия» — в Ярославль его назначили на архиерейскую кафедру в 1913 году. «Но увы, вместо покоя он неожиданно для себя нашел здесь свою Голгофу», — это уже говорилось у гроба митрополита Агафангела.

Владыка жил в Спасском монастыре, а когда в 1918 году красноармейские орудия бомбили центр Ярославля, и монастырь оказался в руинах, митрополит Агафангел переехал на Толгу. «Спасибо тебе за соболезнование о гибели Спасского монастыря, — пишет он в письме к племяннице Але 28 июля 1918 года. — Да, можно сказать, его уже не существует, он в развалинах. Слава Богу, чудотворная Печерская икона и святые мощи благоверных князей сохранились невредимыми. Всё остальное разрушено и погибло в огне…»

«Я теперь живу на Толге, — пишет владыка в другом письме 14 октября 1920 года. — Здоровье мое, по милости Божией, хорошо. Все необходимое для жизни имею и особенно ни в чем не нуждаюсь. А жизнь в Ярославле очень тяжелая, и холодно, и голодно, и все страшно дорого…»

Из Толги владыка продолжает управлять епархией, сюда приезжают к нему викарные епископы — тот же Вениамин (Воскресенский) из Тутаева, где обновленчество захватило уже некоторые приходы. Священник из обновленцев Андрей Немиров сочетался второй раз гражданским браком, нарушив тем самым церковные каноны. Владыка Агафангел через епископа Вениамина запрещает его в священнослужении. Поступок владыки удивительно смелый — в то время, когда головы архипастырей летели с плеч — и последствия его не замедлили сказаться.

В то время как под угрозой ареста Патриарх Тихон 3(16) мая 1922 г. шлет депешу в Ярославль с распоряжением митрополиту Агафангелу «прибыть в Москву без промедления», так как «вследствие привлечения меня к гражданскому суду почитаю полезным для блага Церкви поставить Ваше Высокопреосвященство во главе Церковного Управления до созыва Собора», в Толгу прибывает протоиерей из обновленцев Красницкий с уговорами подписать воззвание против Святейшего Патриарха Тихона. После отказа владыки в его келиях проводится обыск, у дверей выставляется охрана.

«Из найденной переписки, — докладывают обыскивавшие своему начальству, — удалось определить, что действительно Тихон и Агафангел есть неразлучные друзья, ибо частных писем у Агафангела больше всего от Патриарха Тихона, с содержанием частной жизни».

На допросах владыку Агафангела принуждали признать обновленчество и его аппарат — Высшее Церковное Управление, но он непоколебимо ответил: «Власть Патриарха передана мне, распоряжения ВЦУ считаю незаконными».

5(18) июня 1922 г. владыка Агафангел обратился к «архипастырям и всем чадам Православной Русской Церкви» с Посланием, разоблачающим «новую», или «живую церковь» и призывом управлять своими епархиями самостоятельно, «сообразуясь с Писанием и священными канонами». Через 10 дней владыку арестовали.

Нужен был компрометирующий материал. Тут-то (7 июля 1922 г.) и поступил в Ярославское ГПУ донос от тутаевского священника Андрея Немирова, лишенного сана митрополитом Агафангелом и епископом Вениамином. Он и восемь его единомышленников просили предать суду обоих иерархов, писали, что епископ Вениамин — «это не архиерей, а палач», который «в речах своих явно и косвенно давал понять всем, что советская власть — безбожная власть».

Система осведомления или доносительства, внедряемая в «массы» большевиками с первых дней Советской власти, действовала и в Церкви, как то явственно следует из доклада начальника 6-го отделения секретного отдела ГПУ Е. А. Тучкова от 27 февраля 1924 года: «Осведомление, которое создано за этот прошлый год по церковникам, вполне отвечает тому, чтобы сохранить негласное руководство церковью в наших руках, конечно, при условии, если будут даны соответствующие средства для их содержания».

Политика карательных органов в отношении Церкви всегда носила двоякий характер: во-первых, физического уничтожения всех твердо стоящих в старом православии (расстрелы, пытки, по своей жестокости превосходящие средневековые, тюрьмы, ссылки, лагеря); во-вторых, духовного ослабления Церкви изнутри путем обновленчества, раскола и создания системы «осведомления», с тем, чтобы Русская Церковь оставалась православной как бы внешне, где всё есть: епископы, митрополиты, церковные обряды, но «негласное руководство церковью в наших руках…»

В 20-е годы средоточием этой карательной политики стала фигура Ярославского митрополита Агафангела, претерпевшего и тюрьмы, и ссылки, и льстивое обольщение к союзу с обновленцами — «живцами», к признанию новой церковной власти. В одном из доносов на митрополита Агафангела (Толга, весна 1922 г.) осведомитель пишет:

«Доношу до Вашего сведения слова епископа Иова, который приехал к Агафангелу. <…> Иов сказал: какие бы пытки ни были, но я не пойду по новому пути, а останусь твердо на старом. Потом он передал Агафангелу, что епископ Симбирский отстранен, Саратов и Казань держатся твердо, и также епископ Уральский стоит твердо.