Потом Иов спросил Агафангела: «Правда ли, что вы тоже отстранены?» Он сказал ему, Иову: «Ну да еще…» Потом замялся и больше ничего не сказал. В заключение Агафангел одобрил Иова, что он твердо стоит за старый церковный порядок и при прощании благословил на дальнейшую твердость».

«Состоя митрополитом Ярославской епархии, — было предъявлено обвинение владыке Агафангелу, — использовал Церковь против существующей власти, <…> распространял воззвание Тихона, боролся с обновленческим течением в Церкви…»

Из Ярославля владыку вытребовали в Москву, на Лубянку. «Он является самым смелым и самым ярым продолжателем церковной деятельности Патриарха Тихона» — последовал вывод.

«Самому смелому» было уже 68 лет, за полгода пребывания в тюрьмах здоровье его сильно пошатнулось, и владыка просит не отправлять его в Сибирь, так как он болен и не имеет теплой одежды. Его отправляют в Нарымский край по этапу с уголовниками, в глухой поселок Колпашев.

В Томске на этапе к владыке присоединяется его двадцатилетняя племянница Аля. В семейном архиве сохранился листочек, написанный рукой Алевтины Владимировны — «Зимний путь в 1923 году», где перечислены названия 16 деревень и возниц, которые доставили митрополита Агафангела и его племянницу на санях от Томска до Колпашево.

«Так угодно Богу, чтобы именно на твою долю выпало трудное и тяжелое путешествие в Сибирь и счастье разделить с Преосвященным его изгнание», — пишет в письме к Але ее тетка.

После окончания срока ссылки в 1926 году митрополит Агафангел, вернувшийся в Ярославль, поселился сначала в деревушке под Толгой, а через некоторое время — в небольшом домике по ул. Университетской, бывшей Никитской (ныне угол Салтыкова-Щедрина и Вольной, здесь построен детский сад), где и провел последние месяцы своей жизни. Племянница Аля ухаживала за тяжело больным владыкой до самой его смерти. Ему предстояло принять на себя еще один удар, изощреннейшее искушение — отказаться от законных прав на управление Русской Церковью, уступив ради церковного мира права Патриаршего Местоблюстителя митрополиту Сергию, с которым владыка Агафангел весьма расходил-; ся во взглядах.

Особенно проявилось это расхождение после издания митрополитом Сергием Декларации от 16(29) июля 1927 года, которую ярославское духовенство во главе с митрополитом Агафангелом категорически не приняло, усмотрев в ней отступление от канонов Православной Церкви.

Владыка Агафангел и три его викария — архиепископ Угличский Серафим (Самойлович), архиепископ Варлаам (Ряшенцев), в чьем ведении находился временно Любимский уезд, и епископ Ростовский Евгений (Кобранов), а также находившийся в то время в Ростове Великом митрополит Петроградский Иосиф (Петровых) совместно составили и отправили митрополиту Сергию послание от 24 января/6 февраля 1928 г., в котором заявили:

«Отныне отделяемся от Вас и отказываемся признавать за Вами и Вашим Синодом право на высшее управление Церковью».

Срочно созванная внеочередная сессия Священного Синода 14(27) марта 1928 г. издала постановление о лишении кафедр и запрещении в служении всех епископов митрополита Иосифа и всех трех викариев Ярославской епархии. К владыке Агафангелу, пользующемуся огромным церковным авторитетом, был направлен для переговоров архиепископ Вятский Павел. Владыка отрицал обвинение в расколе.

10 мая ярославские епископы еще раз подтвердили в разъяснении митрополиту Сергию, что молитвенного общения с ним не прерывают, раскола не учиняли и не учиняют, но распоряжения его как «смущающие нашу и народную религиозную совесть и, по нашему убеждению, нарушающие церковные каноны, в силу создавшихся обстоятельств на месте исполнять не могли и не можем». «Да послужат эти наши разъяснения, при помощи Божией, к миру церковному», — заключали свое послание ярославские иерархи.

Дальнейшая их судьба следующая. «Архиепископу Серафиму Угличскому одновременно с запрещением в священнослужении был предложен митрополичий белый клобук и любая епархия, только прими назначение от митрополита Сергия и его Синода, но он ответил, что предпочитает страдать за Церковь и был сослан в Могилев, в его окрестности», — это из книги «Новые мученики Российские» заграничного издания 1949 года. Позднее архиепископ Серафим был арестован и расстрелян.7

«Епископ Евгений Ростовский арестован, и на всю Ярославскую церковную область остался один епископ Варлаам, находящийся при больном митрополите Агафангеле» (из того же издания 1949 г.).

В последние дни жизни владыки его племянница Аля ведет дневниковые записи:

«2 октября, по старому 19 сентября — праздник Ярославских Чудотворцев. В этот день Владыка служил в Соборе. <…> После обедни пришел (с Толги) о. Григорий. Владыка попросил его здесь остаться на некоторое время. <…> В 6 часов вечера было соборование Владыки. Он одел черный подрясник, с трудом сел на диван и всё время сидел и очень усердно молился Богу. <…> Преосвященный Варлаам тоже соборовался, и Владыка сам его помазывал елеем. Чувствовал слабость, но крепился. Соборование длилось долго, часа полтора».

«6 октября, суббота.

<…> Давал свои предсмертные советы и завещания. В эти дни говорил, чтобы его одели в светлое облачение, в белую митру, панагию и крест с аметистами, светлый серый подрясник, положили на гроб получше мантию. А вообще не знал, кому отдать мантии, так как из них перешивать ничего нельзя. <…> Вообще за эту неделю Владыка распоряжался своими вещами. Говорил, что мне надо будет сшить черное платье, говорил, сколько остается денег, нужно замазать потолки и обить железом фундамент и покрасить — это будет стоить, по его подсчетам, рублей сто, и остальное нам на прожитие приблизительно на год. <…> Говорил, что надо подавать милостыню бедным.