Когда Пабло находился в Кафедральном соборе, Фидель заявил, что ему нужно место, где он мог бы спрятаться от своих врагов. Пабло предоставил ему комнату рядом со своей. Они вместе принимали пищу и пользовались одной ванной комнатой. Пабло доверял своему другу до тех пор, пока его люди не сообщили, что застали Фиделя за сбором разведданных о Соборе. Пабло стал проявлять подозрительность, и через несколько недель Фидель уехал.

Узнав, что некоторые его соратники вступили в союз с картелем Кали, Пабло вызвал Кико, Фернандо и Фиделя Кастаньо в Кафедральный собор. Подозревая, что что-то не так, Фидель не явился, и его постигла участь Кико и Фернандо. Пабло предупредил сына, чтобы тот остерегался Кастаньо, так как они сотрудничают с картелем Кали и говорят, что Пабло убивает его друзей, чтобы украсть их деньги.

Карлос Кастаньо описал свои встречи с Хильберто в книге «Моя исповедь». Он писал, что одалживал Жилберто вертолеты и что крестные отцы Кали были боссами, что является нормальным типом отношений в такой стране, как Колумбия.

Помимо Кастаньосов, от Пабло отказались и многие другие наркоторговцы. По данным УБН, «как только Эскобар убил Галеаноса и Монкадаса, их люди увидели себя уязвимыми, побежали в картель Кали и сказали: «Мы хотим сменить сторону». Люди из Кали ответили: «Хорошо, если вы хотите сменить сторону, вы должны нам заплатить». Много денег перешло из рук в руки».

После побега из собора Пабло начал кампанию бомбардировок и предупредил членов своей семьи, чтобы они покинули страну в целях собственной безопасности.

В декабре 1992 года Хуан Пабло вместе с тридцатью другими детьми и почти 200 взрослыми находился в здании, где читал рождественские молитвы. В комнату вошел телохранитель, чтобы предупредить их о готовящейся облаве. Хуан Пабло попытался убежать через черный ход, но люди с винтовками преградили ему путь. Военнослужащие обыскали прихожан и потребовали предъявить удостоверения личности.

Смелый подросток, крупный для своего возраста, назвался сыном Пабло. Он сказал, что живет в этом здании, а его документы находятся наверху. Прибывший полковник милиции приказал двум бойцам охранять Хуана Пабло, приказав стрелять в него, если он хотя бы моргнет. Полковник позвонил в штаб-квартиру блока «Поиск» и сообщил, что сын Пабло у него и он собирается его привезти.

По лестнице спустился бывший губернатор Антиокии, живший в этом доме. Одетый в пижаму, он спросил полковника, законно ли был проведен рейд. Ободренные присутствием губернатора, родители стали требовать еду для своих детей.

Полковник приказал Хуану Пабло следовать за ним. Жена Пабло наблюдала за тем, как охранники протыкают ее сына. Отделив Хуана Пабло от всех, они вывели его в фойе и приказали не двигаться. Десятки мужчин в черных капюшонах, среди которых были братья Кастаньо, окружили Хуана Пабло и направили на него оружие. Они приказали Хуану Пабло выкрикнуть свое имя.

Других гостей-мужчин, а также жену и дочь Пабло ввели в дом и приказали выкрикивать их имена. Полковник приказал своим солдатам увести Хуана Пабло. Он возразил, что не совершал ничего противозаконного. Полковник сказал, что они собираются немного поразвлечься с сыном Пабло в штаб-квартире блока «Поиск».

В три часа ночи солдаты вывели Хуана Пабло. Прибыл сотрудник офиса генерального инспектора. Он приказал солдатам снять с Хуана Пабло наручники, поскольку они не имели права арестовывать несовершеннолетнего. Чиновник и полковник накричали друг на друга. В конце концов, солдаты ушли без Хуана Пабло.

Семья Пабло, хотя и не знала о присутствии братьев Кастаньо, была в шоке от случившегося. Они поняли, что стали мишенью в нарушение договоренности с картелем Кали не преследовать членов семей друг друга. Теперь они нигде не будут в безопасности.

В ответ Пабло начал военные действия, некоторыми из которых он руководил, чтобы воодушевить своих людей. С пятьюдесятью вооруженными людьми он организовал контрольно-пропускные пункты на дорогах. Он установил динамитные ловушки для грузовиков «Поискового блока». Он привел своих людей к дому начальника полицейской разведки в Медельине, который участвовал в многочисленных операциях против его организации. Люди приехали на машинах, которые окружили дом. В результате взрыва динамита здание превратилось в руины. Полицейский был еще жив, и его казнили.

Власти пытались свалить убийство полицейского на Хуана Пабло. Свидетель утверждал, что в ночь убийства Пабло и его сына видели вместе в баре в Энвигадо. В суде по делам несовершеннолетних Хуан Пабло указал, что в ночь убийства он находился в здании, где проходил обыск, организованный «Поисковым блоком». В итоге свидетель отказался от своих показаний и заявил, что его пытались заставить сделать заявление против Хуана Пабло.

Пабло провел Рождество и Новый год с семьей, но вскоре они снова разъехались по соображениям безопасности. Он уведомил генерального прокурора, что в связи с налетами на его адвокатов у него нет другого выбора, кроме как сосредоточиться на войне, поскольку легальные каналы переговоров о его сдаче были перекрыты. Он критиковал насилие, убийства и пытки со стороны властей и заявил, что создал боевую группу под названием «Повстанцы Антиокии».