К этому времени относится предположение о строительстве Благовещенской церкви в селе Тайнинское (Мытищи). И. К. Кондратьев в книге «Седая старина Москвы» пишет: «…кем построена церковь неизвестно, но с некоторой достоверностью можно полагать, что при царе Иоанне Грозном, с позднейшей реставрацией при отце Петра I, Алексеем Михайловичем».

Наиболее значимые храмы и строения, возведенные по указам Ивана Грозного, это особые хоромы с набережной стороны Кремля и при них каменно-кирпичный храм во имя Сретения Господня (1561 г.), 4 придела над папертями Благовещенского собора (1563–1564 гг.). Построены Посольская палата, особые хоромы в Александровской слободе и множество других построек. Все было выполнено в старорусском стиле. В год смерти Ивана Грозного (1584 г.) был создан «Государев Приказ каменных дел». Этому Приказу подчинялось «всего Московского государства каменное дело, да на Москве же известные и кирпичные дворы и заводы». Чиновники Приказа строго следили за сбором налогов со всех, кто имел дело с производством строительных материалов, добыча белого камня, изготовление кирпича и извести. Кроме надзора за строительством и расходом строительных материалов была создана служба дозорных и мерщиков для «обнаружения и осмотра» новых залежей минералов нерудного происхождения.

После смерти Ивана Грозного настало время деятельности Бориса Годунова при царе Федоре Ивановиче. Годунов состоял при Дворе в должности главы Конюшенного приказа и считался, как думный боярин, «первый после царя». Однако, он не был прямым родственником царской фамилии, а приходился братом жены царя Федора Ивановича и не имел официального права престолонаследия. После смерти царя наступило безвластие, и Годунов временно возглавлял московскую власть. Его указы были восприняты жителями как великое благодеяние: «…чтобы людям питатися, повелел делати каменное дело многое»; приступил к строительству кирпичных стен вокруг Кремля, заложил новые торговые ряды «во успокоение торжникам». Для кирпичников и каменщиков появилась возможность хорошего заработка. Во время правления Бориса Годунова были восстановлены и украшены многие церкви и монастыри. При нем был построен большой мост в середине Москвы с торговыми лавками и мост через речку Неглинку, воздвигнут большой храм Николая Чудотворца на Арбате (Никола Явленный). Особое внимание Годунов уделил восстановлению Новодевичьего монастыря.

О состоянии градостроительства Москвы в период Смутного времени свидетельствует лишь меткое народное слово «Московская разруха». Как писали историки, «…излися фиал горести царствующему граду Москве, всеобщее разорение. Падоша тогда вы сокосозданные домы, красотами блиставшие, все огнем поядошася, и вси премудроверхия церкви скверными руками до конца разоришося».

В первые годы царствования Михаила Федоровича Романова вокруг Посада был сооружен Земляной вал с глубоким рвом. На валу устроен острог-тын. На строительство ушло 8 лет (1633–1640 гг.) Это строительство диктовалось крайней необходимостью защиты города от ожидаемых повторных нашествий своих извечных врагов. Чтобы пополнить казну, на Земляном валу в 1641 г. была построена центральная каменная Мытоимница, «яже есть Таможня». Миновать заставы стало невозможно. Весь товар стал проходить через Мытоимницу по закону. Для торговли был построен кирпично-каменный Гостиный Двор. «В нем палаты двокровные и трикровные, на вратах Двора Михаил Федорович повелел свое, царского величия имя, написати златыми письмены, и вверху свое царское знамя орел позлащен». Устроением Москвы царь занимался с большим желанием и настойчивостью. Почти все храмы были подновлены, монастыри обнесены кирпичными оградами, «… хитростройными сооружениями благоверный царь возвел воду из Москвы реки на царский двор ради великого потребления».

Это первое упоминание о водопроводе в Москве. Историки по достоинству оценили деяния Михаила Федоровича: «яко же ин ни кто же». Не успел он подновить только стены Кремля. В год его кончины (1645 г.) эти стены «представляли с наружных своих сторон великую обветшалость».

Сын Михаила Федоровича, Алексей Михайлович, не торопился приступать к ремонту кремлевских стен. Предварительно была составлена смета на материалы и саму работу. Чтобы определиться со временем «этих забот» по царскому указу печник Куземка Кондратьев в 1647 г. устроил кирпичный завод у Данилова монастыря в так называемых «Даниловских сараях», сложил кирпичную обжиговую печь по немецкому образцу на 34500 кирпичей в одну загрузку. Но мощности такого завода было недостаточно, и ремонтные работы растянулись на 10 лет. В год изготавливалось около 5 млн штук кирпича, а потребность составляла 7–8 млн. штук. Поэтому стены и башни сторожевые приходили в ветхость быстрее, чем их могли подновить.

В 1666 году были разосланы Государевы грамоты по городам о собрании всех до одного человека каменщиков, кирпичников и горшечников в Москву для церковного, дворцового, палатного и городового (стенного) дела в Кремле, Китай-городе и в Белом городе. Грамоты сопровождались строгим наказом: «…если кто из них ухоронится, то жен их и детей повелено метать в тюрьму, покамест мужья не объявятся». Такова была государственная необходимость. Кирпичное производство переживает новый подъем. Кроме Даниловских заводов кирпич стали вырабатывать Хамовнические, Полевые (старые и новые), Андреевские, Калитниковские и другие.

Строительные работы при Алексее Михайловиче не были особо выдающимися, но все-таки при нем был построен новый Гостиный Двор, более обширный и удобный по сравнению с тем, что был построен при Михаиле Федоровиче. Заново было перестроено здание Приказов в Кремле, окончательное строительство было завершено уже при его сыне Федоре Алексеевиче. Исторические записи свидетельствуют, что он многие церкви Божии «пречудне украсил всяким благолепием и царский дом свой и грады Кремль, и Китай преизрядно обновил». К 1680 году были закончены ремонтные и реставрационные работы стен и башен Кремля. Но возникли другие проблемы. В прежние годы стены Кремля облицовывались белым известняковым камнем, поэтому и Москва называлась белокаменной. Однако многочисленные подновления в более поздние годы производились красным кирпичом. Дождями постепенно известь выбивалась из швов кирпичной кладки, и образовались потеки, обезобразившие внешний вид Кремля. Алексею Михайловичу было доложено, что необходимо либо все побелить известью, либо расписать стены и башни по образцу Спасских ворот, которые были «прописаны черленью и белилом в кирпич». Государь указал: «Город Кремль и стены выбелить известью!». Что и было исполнено.

Расширение кирпичного дела привело к новой форме организации труда. Некоторые заводы стали сдаваться в аренду старшему обжигальщику, который сам уже нанимал рабочих, обучал новичков, следил за соблюдением технологии выработки кирпича, и присматривал за порядком. Этим заводам было разрешено не только поставлять кирпич по царскому указу для государева строительства, но и продавать кирпич частным лицам. Клеймо дозволялось ставить в виде одной буквы (буква Д означала, что кирпич Даниловского завода) или аббревиатуры из двух-трёх букв (инициалы старшего обжигальщика).

Клеймо стало означать товарный знак, который проходил обязательную регистрацию и утверждение в Торговой палате. Кирпич продавался тысячами и товарным знаком клеймился каждый тысячный кирпич. К прибыльному делу потянулись купцы. Первоначально они являлись лишь посредниками между производителями кирпича и потребителями. Со временем купечество становилось более активным участником в производстве кирпича, вкладывая в развитие его производства свою долю капитала. Такое объединение стало именоваться «Торговый дом». Наиболее оборотистые купцы откупали казенные заводы или заводили собственные. Клеймо в этом случае, как правило, содержало полную фамилию хозяина. При объединении нескольких заводов по производству строительных материалов возникали «Товарищества». Многие монастыри имели собственные заводы, так называемые «Монастырские сараи». Клеймо имело изображение православного креста или 2–3 буквы. Например, ТСЛ (Троице-Сергиева Лавра).