Несторий упорствовал и не соглашался изменить свое учение, говоря, что нужно отличать Иисуса и Сына Божия, что Марию нужно называть не Богородицею, а Христородицею, так как Иисус, родившийся от Марии, был лишь человек – Христос (что значит Мессия, помазанник), подобный прежним помазанникам Божиим – пророкам, только превосходивший их полнотою общения с Богом. Учение Нестория, таким образом, являлось отрицанием всего домостроительства Божия, ибо если от Марии родился лишь человек, то не Бог пострадал за нас, а человек.

Святой Кирилл, архиепископ Александрийский, узнав об учении Нестория и церковных нестроениях, вызванных им в Константинополе, написал письмо Несторию, в котором убеждал его держаться того учения, которое Церковь исповедовала от своего основания, и не вводить в него ничего нового. Кроме того, св. Кирилл писал клиру и народу константинопольскому, чтобы были тверды в Православной вере и не боялись гонений со стороны Нестория на тех, кто не был согласен с ним. Сообщил св. Кирилл обо всем и в Рим, св. папе Келестину, который со всей своей паствой был тогда тверд в Православии.

Св. Келестин со своей стороны писал Несторию и призывал его проповедовать православную, а не свою собственную веру. Несторий оставался глух ко всем убеждениям и отвечал, что то, что он проповедует, и есть православная вера, а его противники – еретики. Св. Кирилл еще писал Несторию и составил 12 анафематств, то есть изложил в 12-ти членах главные отличия Православного учения от проповедуемого Несторием, признавая отлученным от Церкви всякого, который отвергал хотя один из составленных им членов.

Несторий отверг целиком все, изложенное св. Кириллом, и написал свое изложение проповедуемого им учения, также в 12-ти членах, предавая анафеме, то есть отлучению от Церкви, каждого, кто их не примет. Опасность за чистоту веры все возрастала. Св. Кирилл написал письма Царю Феодосию Малому, тогда царствовавшему, его жене Евдокии и сестре Пульхерии, прося их также позаботиться о церковных делах и обуздать ересь.

Решено было созвать Вселенский Собор, на котором иерархи, собранные с разных концов вселенной, решили бы, православна ли вера, проповедуемая Несторием. Местом Собора, бывшего III Вселенским, был избран ими город Ефес, в котором некогда имела пребывание Пресвятая Дева Мария с апостолом Иоанном Богословом. Св. Кирилл собрал своих соепископов в Египте и вместе с ними на кораблях поехал в Ефес. Из Антиохии сухим путем поехали Иоанн, архиепископ Антиохийский с восточными епископами. Римский епископ св. Келестин не мог сам ехать и просил св. Кирилла защищать Православную веру, а кроме того еще от себя послал двух епископов и пресвитера Римской Церкви Филиппа, которым тоже дал указания, что нужно говорить. В Ефес прибыли также Несторий и епископы Константинопольского округа, епископы Палестинские, Малоазийские и Кипрские.

В десятые июльские календы по римскому исчислению, то есть 22 июня 431 года, в Ефесской церкви Девы Марии собрались епископы во главе с Александрийским епископом Кириллом и Ефесским епископом Мемноном и заняли места. В средине было положено Евангелие как знак невидимого возглавления Вселенского Собора Самим Христом. Сначала прочитали Символ веры, составленный I и II Вселенскими Соборами, затем доставленную представителем Царей Феодосия и Валентина, Императоров Восточной и Западной частей Империи, Царскую грамоту Собору.

Выслушавши Царскую грамоту, приступили к чтению документов и прочитали предшествовавшие Собору послания Кирилла и Келестина Несторию и ответы Нестория. Собор устами своих членов признал учение Нестория нечестивым и осудил его, признав Нестория лишенным кафедры и священства. Было составлено об этом постановление, подписанное около 160 участниками собора, а так как некоторые из них представляли и других епископов, не имевших возможности лично прибыть на собор, то определение собора явилось решением свыше 200 епископов, имевших кафедры в разных краях тогдашней Церкви, причем они свидетельствовали, что исповедуют ту веру, которая искони содержалась в их местах.

Таким образом, постановление Собора было голосом Вселенской Церкви, с ясностью выразившей свою веру, что Христос, рожденный от Девы, есть истинный Бог вочеловечившийся, а Поелику Мария родила совершенного человека, бывшего в то же время совершенным Богом, Она справедливо должна почитаться Богородицею.

По окончании заседания постановление его было немедленно сообщено ожидавшему его народу. Весь Ефес возликовал, узнавши, что защищено почитание Святой Девы, особенно чтимой в этом городе, жительницей которого Она была во время земной жизни и покровительницей после перехода в вечную. Народ восторженно приветствовал Отцов, вечером возвращавшихся к себе после заседания, провожал их до домов с зажженными факелами и воскурял на улицах благоухание. Всюду слышалось радостное приветствие, прославление Приснодевы и восхваление Отцов, защитивших Ее имя от еретиков. Постановление Собора было развешено на улицах Ефеса.

Собор имел еще 5 заседаний: 10 и 11 июня, 16, 17 и 22 июля и 31 августа. На них в 6-ти правилах были изложены меры воздействия против тех, кто дерзнет распространять учение Нестория и отметать постановления Ефесского Собора.

По жалобе Кипрских епископов на притязания Антиохийского епископа Собор определил, чтобы Кипрская Церковь сохраняла свою независимость в церковном управлении, которую имела от апостолов, и вообще никто из епископов не подчинял бы себе областей, которые были независимы от него прежде, «чтобы под предлогом священства не вкралась гордость земной власти, и чтобы мы не утратили, погубляя мало-помалу, той свободы, которую даровал нам Своею кровию Господь наш Иисус Христос, Освободитель всех человеков».