Первая сессия собора приняла ряд нормативно – правовых документов для устроения церковной жизни в новых условиях: «Определение о правовом положении Церкви в государстве», которое, в частности, предусматривало: первенствующее публично – правовое положение Православной Церкви в Российском государстве; независимость Церкви от государства – при условии согласования церковного и светского законоуложений; обязательность православного исповедания для главы государства, министра исповеданий и министра народного просвещения. Были утверждены Положения о Священном Синоде и Высшем Церковном Совете, как высших органах управления в период между созывами поместных соборов.

Вторая сессия открылась 20 января (2 февраля) 1918 года и закончилась в апреле. В условиях крайней политической нестабильности собор поручил Патриарху тайно назначить своих местоблюстителей, что он и исполнил, назначив митрополитов Кирилла (Смирнова), Агафангела (Преображенского) и Петра (Полянского) в качестве возможных своих преемников.

Встав во главе Православной Церкви при безбожной власти, Патриарх Тихон не изменился, он остался таким же доступным, простым, ласковым человеком. Все люди, соприкасавшиеся со Святейшим Тихоном, удивлялись его доступностью, простотой и скромностью. Широкую доступность Святейшего нисколько не ограничивал его высокий сан. Двери его дома всегда были для всех открыты, как открыто было каждому его сердце – ласковое, отзывчивое, любвеобильное. Будучи необыкновенно простым и скромным, как в личной жизни, так и в своём первосвятительском служении, Святейший Патриарх не терпел и не делал ничего внешнего, показного. Но мягкость в обращении Святейшего Тихона не мешала ему быть непреклонно твёрдым в делах церковных, где было нужно, особенно в защите Церкви от её врагов.

Только патриарх Тихон своей мудрой мягкостью и таким подлинно духовным, церковным сознанием сумел провести Церковь узкой тропой, смог удержать тонкий баланс того, где и как Церковь должна защищать свои позиции, а чем она может поступиться, чтобы пожертвовав второстепенным, сохранить главное. Святитель, которому пришлось возглавить Православную Церковь в самый драматичный момент русской истории, никогда не терял спокойствия и радости. Все, с кем он общался, замечали его добродушие, простоту, безобидный юмор и застенчивую улыбку.

Особенно много послужил Русской Православной Церкви Святейший Тихон в мучительную для Церкви пору так называемого «обновленческого раскола». Святейший проявил себя верным служителем и исповедником неповреждённых и неискажённых заветов Истинной Православной Церкви. Он был живым олицетворением Православия, что бессознательно подчёркивали даже враги Церкви, называя её членов «тихоновцами».

«Прошу верить, что я не пойду на соглашения и уступки, которые поведут к потере чистоты и крепости Православия», – твёрдо и авторитетно говорил Патриарх. Будучи добрым пастырем, отдавшим всего себя делу Церкви, он к тому же призывал и духовенство: «Посвящайте все свои силы на проповедь слова Божия, Истины Христовой, особенно в наши дни, когда неверие и безбожие дерзновенно ополчились на Церковь Христову. И Бог мира и любви будет со всеми вами!».

По отношению к богоборческим властям Патриарх Тихон сразу занял независимую позицию и уже в январе 1918 года после вооружённого захвата Свято-Троицкой Александро-Невской лавры и Свято – Успенской Почаевской лавры выпустил Послание, в котором предавал анафеме творящих беззаконие большевиков.

Осенью 1918 года Патриарха Тихона заключили под домашний арест на Троицком подворье и провели обыск, с тех пор его ещё не раз будут брать под стражу. Во время Гражданской войны Патриарх призывал к прекращению братоубийства и кровопролития, он говорил, что Церковь не за белых и не за красных, а только за Христа.

Своим исключительно высоким нравственным и церковным авторитетом Патриарх Тихон смог собрать воедино распылённые и обескровленные церковные силы. В период церковного безвременья его незапятнанное имя было светлым маяком, указывающим путь к Истине Православия. Посланиями он звал народ к исполнению заповедей Христовой веры, к духовному возрождению через покаяние. А его безукоризненная жизнь была примером для всех.

Летом 1921 года разразился голод в Поволжье. В августе Патриарх Тихон обратился с Посланием о помощи голодающим, направленным ко всем русским людям и народам всей Земли, и благословил добровольное пожертвование церковных ценностей, не имеющих богослужебного употребления. Но новой власти этого было мало. Уже в феврале 1922 года был издан декрет, согласно которому изъятию подлежали все драгоценные предметы. Согласно 73-му апостольскому правилу такие действия являлись святотатством, и Патриарх не мог одобрить такого изъятия, выразив в Послании своё негативное отношение к происходящему произволу, тем более, что у многих возникли сомнения в том, что все ценности пойдут на борьбу с голодом. На местах насильственное изъятие вызвало повсеместное народное возмущение. Ленин призвал: «Расстрелять как можно больше духовенства». По России прошло до двух тысяч процессов и расстреляно было более десяти тысяч верующих и духовенства.

В апреле 1922 года в главной аудитории политехнического музея московский революционный трибунал проводил допросы по делу об изъятии церковных ценностей, судили 500 московских священников и мирян, которые этому изъятию сопротивлялись. Весь день 22 апреля в качестве свидетеля допрашивали Патриарха Тихона. При появлении Патриарха Тихона три четверти публики безмолвно поднялись с мест. Одиннадцать человек трибунал приговорил к расстрелу, а Патриарха постановил привлечь к суду, как обвиняемого. Задача власти состояла в том, чтобы Православная Церковь была сломлена, не имела собственного голоса и пошла по пути самоликвидации. Главная задача у них была в том, чтобы народ русский перестал быть православным.

Патриарха Тихона перевели из Троицкого подворья в Донской мужской монастырь. Как только он зашёл в своё новое жилище, все выходы были заняты стражей. Бывший казначейский корпус Донского монастыря стал для Патриарха Тихона настоящей тюрьмой, он не мог совершать Богослужения и даже посещать монастырские храмы, принимать посетителей тоже было запрещено, разговаривать было не положено, письма перехватывались. Как рассказывали охранники, Патриарх всегда сохранял мирный дух, всегда приветливо им улыбался, он относился к тюремщикам по-ангельски с любовью и с терпением.