Спустя годы Гравано заявил, что Готти действовал на основании ложных слухов, распространяемых Руджеро. Энж задолжал ДиБернардо, который пренебрежительно отзывался о лидерских талантах Энжа, более 250 000 долларов в ростовщических долгах. По словам Гравано, ДиБернардо оскорбил Руджеро в лицо: «У тебя есть яйца, чтобы быть заместителем босса, но нет мозгов». Утверждая, что он не может ослушаться приказа Готти, Гравано выполнил его пожелание. Он пригласил ДиБернардо на встречу в свой офис под предлогом обсуждения вопросов, связанных со строительством и вымогательством. Пока они беседовали, стрелок Гравано дважды выстрелил ДиБернардо в затылок. Тело мафиозного порномиллионера так и не было найдено.

Через два месяца после заключения в тюрьму Готти оказался в зале суда перед своим новым антагонистом — Дайаной Ф. Джакалоне, помощником прокурора Восточного округа США и главным обвинителем в его процессе по делу РИКО. Джакалоне с детства была отдаленно связана с охотничьим и рыболовным клубом «Бергин», где обитала мафиозная группировка, ставшая объектом судебного разбирательства. Она выросла в Южном Озон-парке и по дороге в католическую церковно-приходскую школу проходила достаточно близко, чтобы видеть неблаговидных персонажей, мельтешивших возле «Бергина». Благодаря ее неутомимой настойчивости были предъявлены обвинения Готти, его брату Джину и еще пяти членам банды. В течение шести лет она сшивала это дело, в основном в результате расследования деятельности грабителей бронированных автомобилей, которые платили Готти денежное вознаграждение, чтобы оставаться с ним в хороших отношениях. Хотя Готти не был причастен к ограблениям, расследование расширилось до обвинений в предпринимательстве по РИКО, включая убийства и ростовщичество со стороны команды Бергина.

Но Джакалоне с самого начала столкнулся с серьезными препятствиями. Первоначальное обвинительное заключение было составлено для осуждения Нила Деллакроче, и его смерть заставила ее пересмотреть дело, сделав Готти новым главным обвиняемым. Когда в марте 1985 года Готти, в то время один из младших подозреваемых, предстал перед судом по обвинению, он был настолько малоизвестен, что судья и его секретарь не знали, как пишется его имя. Будучи относительно неопытным прокурором, Джакалоне ранее рассматривала только одно дело об организованной преступности; оно было возбуждено против солдата низкого ранга, и она его проиграла. Ее ограниченный опыт ведения дел мафии и общая стратегия осуждения внезапно ставшего важным Готти обеспокоили специалистов по мафии. В то время большинство процессов по делам мафии в Восточном округе вели юристы из Ударной группы по борьбе с организованной преступностью Министерства юстиции. Это полуавтономное подразделение, ревностно оберегающее свою неприкосновенность, выступило против пересмотра обвинений против Готти. Игнорируя стандартный протокол, Эдвард А. Макдональд, директор ударной группы, дошел до того, что сообщил чиновникам Министерства юстиции о слабости доказательств Джакалоне. Он предупредил, что оправдательный приговор не позволит в будущем использовать добытые с таким трудом улики против Готти, а значит, освободит его от ответственности за все преступления, совершенные им до 1985 года. Столкновение между Джакалоне и Макдональдом имело признаки прокурорской гонки за то, кто первым свалит Готти. При поддержке своего босса, Реймонда Дж. Дири, прокурора Восточного округа, Джакалоне получила из Вашингтона зеленый свет на преследование новой мафиозной знаменитости.

Не успели вызвать свидетеля, как Джакалоне вступил в очередную ожесточенную внутреннюю схватку, на этот раз с ФБР. Готовясь к судебному процессу, Джакалоне узнала, что один из обвиняемых членов команды Бергина, Уилфред «Вилли Бой» Джонсон, был платным информатором ФБР. Она решила разоблачить тайные действия Джонсона и заставить его стать свидетелем обвинения, который мог бы подтвердить основные пункты обвинительного заключения. Джонсон умолял Джакалоне сохранить его тайну, предупреждая, что он и его семья будут убиты, если Готти узнает, чем он занимался. Под кодовым именем «Ваху» Джонсон в течение пятнадцати лет был ценным источником информации ФБР, и бюро обещало, что его никогда не заставят давать показания. Поддерживая Вилли Боя, ФБР решительно утверждало, что его тайна должна быть сохранена. Агенты понимали, что отказ от соглашения с Джонсоном отпугнет других потенциальных информаторов и нанесет неисчислимый вред текущему и будущему расследованию.

Джакалоне была непреклонна. Несмотря на решительные отрицания Джонсона, что он был крысой, прокурор объявила в открытом суде, что он тайно сотрудничал с ФБР. Она рассчитывала, что давление разоблачения станет верным средством переубедить Джонсона, и предложила ему безопасность в рамках Программы защиты свидетелей. Гамбит не удался. Джонсон больше опасался мести Готти, чем правительства, и отказался сотрудничать. На суде он остался за столом защиты, сидя рядом с Готти и другими соучастниками, и неоднократно заявлял им, что никогда не был стукачом.

Большинство обвинений против Готти были получены благодаря уликам, раскопанным не ФБР, а другими агентствами. Когда разгорелся спор вокруг Джонсона, разгневанные сотрудники ФБР отомстили Джакалоне, оказав ей лишь незначительное содействие на последних этапах подготовки дела. В дополнение к внутренней вражде правительства, Джакалоне разоблачила еще одного ценного информатора, Билли Батисту, букмекера и угонщика из команды Бергина, который также планировал использовать его в качестве свидетеля на суде. ФБР разместило Батисту в отеле в Нью-Джерси без постоянной охраны. Через месяц, проведенный в основном в одиночестве, он исчез. В пустом номере отеля куратор Батисты, агент Патрик Колган, нашел записку: «Спасибо за все, Пэт. Я ухожу отсюда». Бегство Батисты, вызванное решением Джакалоне привлечь его в качестве свидетеля, лишило ФБР еще одного секретного источника, что еще больше разозлило сотрудников бюро.

Участь Вилли Боя Джонсона открыла окно в мутное существование информаторов мафии и их мотивов. Он и Готти были подростками в банде Фултон-Рокэвэй Бойз, и оба они работали на банду Кармине Фатико в Восточном Нью-Йорке. Поскольку отец Джонсона был индейцем-ирокезом, и Вилли Бой был итальянцем лишь наполовину, ему запретили стать мафиози, даже если он грабил и убивал для Фатико, Готти и других умников. Джонсон стал возмущаться, когда Фатико не смог должным образом содержать его жену и детей, пока он сидел в тюрьме за вооруженное ограбление. Позже, когда Готти возглавил банду Бергина, 250-фунтовый Джонсон с ростом в шесть футов стал для него ростовщиком, разбивающим колени. Готти, однако, способствовал затаенной злобе Джонсона, называя его «краснокожим» или «полукровкой».

Арестованный ФБР за азартные игры и вымогательство, Джонсон видел выход в том, чтобы стать информатором. Расстроенный тем, что партнеры-мафиози относились к нему с насмешкой, и желая получить вмешательство ФБР на случай, если его снова загребут, Джонсон подписал контракт с бюро. Преступления, связанные с азартными играми и вымогательством, отошли на второй план, пока он добывал информацию о Гамбино и других семьях. Агенты знали, что он должен быть вовлечен в ростовщичество, чтобы оставаться в фаворе у мафии, но они подмигивали ему, лишь бы он не был арестован за другие преступления. Для ФБР это была рациональная договоренность: отпустить двух гангстеров — мелюзгу — с крючка в обмен на бесценные сведения о мафиозных акулах было разумной сделкой.