В 1099 году братство преобразовалось в орден. Зачисление в его ряды благородных рыцарей, с одной стороны, привнесло в общину социальное расслоение, а с другой — постепенно привело к милитаризации ордена: ведь паломников надо было не только лечить, но и охранять, а это было как раз рыцарское дело.

Эта эволюция ордена совершилась к 1120 году при великом магистре Раймоне де Пюи. Римский папа взял госпитальеров под свое покровительство и в 1130 году утвердил знамя ордена — белый восьмиконечный крест на красном фоне.

Позже, в 1153 году, члены ордена стали подразделяться на три вида: капелланов, рыцарей и оруженосцев. Одеяние первых составляла черная сутана. Одеяние рыцарей было полумонашеское-полувоенное: черные одежды употреблялись в мирное время, а в военное — красные, как указывалось в правилах де Пюи, дабы в случае ранения не смущать видом крови ни себя, ни братию.

С тех пор иоанниты и их соперники храмовники-тамплиеры стали как будто острием крестоносного меча в Палестине. Все опасные предприятия латинян в Святой земле не обходились без участия воинственных монахов. Лучшие замки возведены ими, латинские князья передают им в руки важные крепости для обороны.

Мрачными, неприступными твердынями высились крепость Бет Джибеллин (иначе Бейт-Джибрин) при Аскалоне, замки Крак де Шевалье и Маргат (Маркаб) на севере Палестины и замок Бельвуар на ее юге. Ни одна твердыня иоаннитов впоследствии не сдалась мусульманам без боя.

В конце XII века в ордене насчитывается 600 рыцарей. 1291 год завершил летопись боев в Святой земле: иоанниты и храмовники после отчаянной борьбы не смогли защитить последний оплот латинян — Акру — и большей частью погибли на ее руинах.

Только шесть израненных рыцарей из всего ордена (!), включая великого магистра Жана де Вилье, были в бессознательном состоянии спасены орденскими слугами и отвезены на Кипр. Величием духа тяжело раненного магистра является его требование к капитулу предать его суду за то, что он покинул Акру живым и тем самым нарушил данную орденом при его основании клятву защищать Святую Землю.

На Кипре рыцари обосновались ненадолго — местный король Генрих Второй Лузиньян, также герой обороны Акры, хоть и выделил им в ленное владение город Лимассол, однако его постоянное вмешательство во внутренние дела ордена раздражало его руководство. Увы, выбора не было: иоанниты были обескровлены и обездомлены, надо было хотя бы "залечить раны".

Тот факт, что некогда почти полностью сухопутная военно-монашеская организация очутилась на маленьком острове, сподвиг иоаннитов к "перемене квалификации". Они создали небольшой, но качественный флот, не подозревая, однако, что на протяжении многих последующих веков, вплоть до Наполеонова времени, останутся едва ли не самой могущественной морской силой Средиземноморья.

Была учреждена должность адмирала, от года к году становившаяся все более важной и ответственной. Казна ордена стала пополняться морской добычей, а из разных стран Европы прибыли желавшие вступить в ряды иоаннитов рыцари. Помогали деньгами и европейские приорства, то есть, как сейчас сказали бы, европейские филиалы ордена. Это привело к тому, что в 1294 году был переработан устав иоаннитов. Орден теперь официально состоял из равноправных рыцарских "землячеств", или "языков" сообразно происхождению их членов.

Через некоторое время иоанниты, все так же тяготившиеся опекой кипрского короля, решили освоить Родос, на котором чувствовали себя хозяевами генуэзские корсары — Джованни дело Каво, Андреа Мореско и Виньоло дель Виньоли. Последний в 1306 году быстро сговорился с кипрскими иоаннитами совершить совместную "зачистку" от византийцев Родоса, Коса, Лероса и ряда прочих островов.

Согласно заключенному между обеими сторонами договору Родос отходил крестоносцам за исключением двух деревень, владение которыми Виньоли оставил за собой. Лерос и Кос, также владения генуэзского адмирала, переходили к иоаннитам. Треть дохода с имеющих быть захваченными островов получал Виньоли, две трети — иоанниты. Также Виньоли назначался орденским управляющим всех островов, кроме Родоса.

Иоанниты не могли не согласиться на такое предложение. Дело, в сущности, оставалось за малым — все предложенное завоевать. 22 июня 1306 года в лимассольской гавани магистр де Вилларэ погрузил на шесть судов отряд в 35 рыцарей и 500 воинов и отплыл с ними на остров Мегисте в ожидании присоединения сил Виньоли, отплывшего к Родосу на разведку.

Пират с двумя галерами попытался с налета взять столицу острова, но потерпел неудачу. Тогда де Вилларэ ведет к Родосу свой флот и начинает захват острова с нападения на столицу с суши и с моря.

Одновременно с этим иоанниты после трехдневных боев 20 сентября захватывают византийскую крепость Фераклос, а 9 ноября — крепость на Филеримском холме благодаря предательству слуги византийского командующего, незадолго до того выпоротого хозяином.

Столица — одноименная с островом — отчаянно обороняется, и блестящее поначалу дело завоевания стопорится на целых два года, но предприятию помогает "авиньонский" папа Климент Пятый.

Также сам великий магистр раздобыл денег во Франции. Некие добросердечные женщины сдали ему свои украшения, а в 1309 году он получил небольшую военную помощь в виде 12 кипрских, марсельских и генуэзских галер и приличного числа наемников.