Так и не сломив жену, Эрколе II перешёл к крайним мерам: дочь Людовика XII предстаёт, наконец, перед судом инквизиции как заурядная еретичка, хотя к ней, ввиду её происхождения, нельзя было применить пытки.

Приговор в отношении Рене был вынесен 6 сентября 1554 года. По словам посла Флоренции, герцогиня была приговорена к пожизненному заключению и конфискации имущества, а её французская пенсия была аннулирована. Несмотря на это, она не отреклась от своей веры, и шевалье де Сера, агент Генриха II при феррарском дворе, был удивлён, что женщина могла «пойти на такие суровые меры ради дела доктрины».

В ночь на 7 сентября (чтобы тем самым вселить больший ужас в душу Рене) герцог приказал вывезти её из виллы Консандоло в карете в сопровождении епископа Россетти и кавалера Бонифацио Руджиере да Реджо, своего советника, в замок Эстенси. Там её заперли в покоях Кавалло, окна которых выходили на конную статую Никколо III д’Эсте, первого герцога Феррары, лишив возможности общаться с кем-либо, кроме двух слуг.

Что же касается принцесс Лукреции и Элеоноры, живших с матерью, то их поместили в женский монастырь Корпорации Кристо в качестве послушниц. Так как Рене была любима в Ферраре, можно легко представить, какое волнение вызвало её заточение. Тем не менее, никто не попытался защитить её.

В течение дня или двух она, вероятно, жила, в эйфории от своего стойкого поведения. Затем постепенно мысль об одиночестве до конца жизни овладела её воображением. Она знала, что сорок восемь лет назад в замковую темницу были брошены Ферранте и Джулио д’Эсте за участие в заговоре против своего сводного брата Альфонсо I. А Эрколе II, став герцогом, даже не подумал освободить своих родственников, и один из них уже успел скончаться в заточении. Неужели её тоже ждёт подобная участь? Но больше всего Рене мучила мысль о детях. Ведь она так любила их и получала большое удовольствие от воспитания дочерей! В общем, герцогиня продержалась не больше недели.

13 сентября Эрколе II прекратил судебное разбирательство. Инквизитора Ори попросили покинуть герцогство, а материалы судебного процесса, в свою очередь, были сожжены.

Стало известно, что духовник герцога был вызван в замок той, «которая раньше боялась имени Пеллетье и яростно отвернулась от него», и что он принял исповедь герцогини, «произнесённую с глубоким душевным волнением и потоком слёз», а также совершил таинство Евхаристии над кающейся грешницей в соответствии с обрядами Римской церкви. Какие разнообразные чувства, должно быть, вызвала эта новость! Как торжествовали фанатики! Какое удивление и скорбь это вызвало у реформаторов! Впрочем, для подавляющего большинства жителей Феррары это была действительно радостная весть. Теперь их герцогиня будет освобождена из этого позорного заключения – она, чья жизнь была сплошным потоком милосердных поступков, и о чьей вере судили по её делам.

Освобождение из мрачного замка 15 сентября ей было даровано сразу, как только Эрколе получил известия от своего духовника о том, что его жена вернулась в лоно Римской церкви. В тот же вечер супруги поужинали вместе в знак возобновления дружеских отношений, а на следующий день дочери, присутствия которых она была так жестоко лишена, снова были переданы на её попечение. Чтобы не оставить сомнений в реальности её так называемого обращения, Рене решила принять участие 23 сентября в таинстве мессы, и герцог, будучи полностью убеждён в искренности её раскаяния, разрешил ей вернуться на виллу Консандоло. Однако вскоре герцогиня продолжила свою прежнюю деятельность, правда, не слишком её афишируя. Что же касается Эрколе II, то, заставив жену в феврале 1555 года передать ему в руки управление всем своим имуществом, он на том и успокоился.

Когда весть об отречении Рене достигла ушей Кальвина, тот презрительно написал в письме своему коадъютору Уильяму Фарелу от 1 ноября 1554 года:

– Есть печальные сведения о герцогине Феррарской, более достоверные, чем я бы хотел, что она сдалась под давлением угроз и упрёков. Что мне сказать, кроме того, что примеры стойкости среди дворян редки?

– Боюсь, Вы оставили прямую дорогу ради мира, – гневно обрушился он затем на Рене. – И в самом деле, дьявол так полностью восторжествовал, что мы издаём стон, и склоняем головы в скорби.

А ведь реформатору так хотелось сделать из Рене мученицу!

В свой черёд, Олимпия Морато не менее строго комментирует «акт слабости» Рене в письме Паоло Верджерио, епископу Капо д'Истрии, датированном «Гейдельберг, 1555 г.»:

– Я огорчена, но не удивлена падением этой принцессы, которую я знала в другие времена и всегда считала слабоумной. Меня больше удивляет печальное отклонение некоторых других. Моя мать твёрдо стоит посреди бури. Слава Богу, которому подобает всяческая хвала!

Это письмо наводит на мысль о том, что Олимпия не забыла про нанесённую ей обиду. Но, хотя всё это время Рене ни разу не вспомнила о своей бывшей протеже, дружба Олимпии с Анной д'Эсте не пострадала из-за её изгнания. В том же году она пыталась побудить герцогиню де Гиз заступиться за преследуемых во Франции реформаторов:

– Хотя, прославленная принцесса Анна, нас долгое время разделяло большое расстояние… я не переставала помнить тебя… Ибо ты знаешь, как тесно (ведь ты была моей принцессой и любимицей) мы прожили столько лет друг с другом и как мы вместе занимались литературными исследованиями… Однако нет ничего, чего я жажду больше, чем того, чтобы ты серьёзно посвятила себя изучению Священного Писания, которое единственное может привести тебя к единению с Богом и утешить тебя во всех страданиях этой жизни… А потому, моя сладчайшая принцесса, поскольку Бог так высоко облагодетельствовал тебя, что открыл тебе Свою истину, и что ты знаешь, что многие из тех людей, которых сейчас сжигают там, где находишься ты, совершенно невиновны и подвергаются всевозможным пыткам во имя Евангелия Христа, несомненно, твой долг проявить свой разум, либо обратившись в их защиту к королю, либо ходатайствуя перед ним. Ибо, если ты молчишь или потворствуешь этим деяниям и подвергаешь своих собратьев-христиан таким мучениям и сожжениям, ни словом не показываешь, что это тебя огорчает, из-за этого молчания ты кажешься соучастницей их резни и соглашаешься с врагами Христа…