По его инициативе европейские купцы лишились права торговать на всей территории страны, включая Москву. Для них было установлено несколько таможен на севере и западе, где они могли оптом продавать свои товары русским купцам, которые уже сами продавали их в розницу, получая от этого немалую прибыль. Восточные купцы (персы, индийцы, бухарцы) имели право торговать только в Астрахани, а в другие города допускались лишь с уплатой большой пошлины. По тем же правилам греки, молдаване и валахи торговали в Путивле. Таким образом, посредниками между Востоком и Западом становились теперь не иностранцы, а русские купцы. Для облегчения торговых связей с Европой был введен вексельный расчет, впервые установились официальные обменные курсы русской валюты с зарубежными.

Главным недостатком системы управления Ордин-Нащокин считал малую самостоятельность воевод, которые ничего не решали без указа из Москвы. Нащокин требовал большей свободы действий, опять-таки указывая на пример западноевропейских государств, где во главе войска ставится знающий полководец, который сам отдает приказы войскам. «Нельзя во всем дожидаться государева указа», — писал он царю. Но такую самостоятельность он считал возможной лишь при условии назначения воеводами опытных и способных людей, которые могли проявлять «промысел», то есть инициативу: «Лучше всякой силы промысел; дело в промысле, а не в том, что людей много. И много людей, да промышленника нет, так ничего не выйдет». Ордин-Нащокин не оставил без внимания и русскую армию, выражая недовольство существующими в ней порядками. Чтобы сделать войско более управляемым и подвижным, он предлагал постепенно заменить дворянскую конницу новыми пешими и конными полками из «даточных людей», то есть создать регулярную армию, которая бы пополнялась при помощи рекрутских наборов.

Ордин-Нащокин одним из первых выступил и за строительство на Руси современного морского флота. Еще будучи воеводой в Ливонии, он пришел к мысли, что доступ к балтийскому побережью будет иметь ценность для Руси только в случае создания военного и торгового флота. Тогда он завел речную флотилию на Западной Двине, но после Кардисского мира она была потеряна вместе с ливонскими землями. Теперь он решил создать флот на Волге и в Каспийском море для защиты торговых путей от разбойников. Под его руководством начала строиться корабельная верфь в селе Дединове на Оке в 26 верстах от Коломны. Возглавив созданный по его инициативе Корабельный приказ, он добился регулярного выделения средств из казны на строительство флота и найма для этой цели западных специалистов. Летом 1668 года на верфи был построен первый русский военный корабль — фрегат «Орел». В следующем году он совершил поход по Оке и Волге до Астрахани, но там был захвачен восставшим Разиным и сожжен. Вероятнее всего, именно Ордин-Нащокин разработал проект корабельного флага, для которого царь повелел прислать «сто пятьдесят аршин тафт червчатых (красных), белых, лазоревых». Таким образом, Афанасия Лаврентьевича можно считать «отцом» трехцветного государственного флага России.

Еще одной, довольно неожиданной сферой его интересов стало садоводство. В Европе того времени большое распространение получили сады, где выращивались цветы, лекарственные травы, экзотические растения, привезенные из дальних стран. На Руси ничего подобного не было до эпохи Алексея Михайловича, когда в царских резиденциях стали разводить сады и «аптекарские огороды». Большую роль в этом сыграл Ордин-Нащокин, который для своего московского сада выписывал растения и садовников из-за границы. По его совету царь приказал выписать из Астрахани и развести в столице виноград, тутовые деревья и хлопчатник. По итальянскому примеру в дворцовых садах прорывались каналы, строились изящные беседки с картинами.

О европейских садах и их внедрении на Руси Нащокин часто беседовал с уже известным нам царским лейб-медиком Сэмюелем Коллинсом, который в своем сочинении писал о нем и его деятельности весьма хвалебно: «Он оживил торговлю шелком в России и думают, что вся индийская торговля обратится сюда. Теперь он занимается преобразованием русских законов и новым образованием всего государства. Доносы уничтожатся; все наместники с помощниками своими будут иметь власть над жизнию и смертию, потому что прежде все преступники привозились в Москву, а это было для царя очень беспокойно и отяготительно. Нащокин человек неподкупный, строго воздержный, неутомимый в делах» [51] . Коллинс отмечал, что Нащокин, при всем расположении к западным порядкам, не был их слепым подражателем. Англичанин записал его высказывание, которое не вредно будет вспомнить и в наше время: «Что нам за дело до иностранных обычаев: их платье не по нас, а наше не по них». Общение с ним позволило Коллинсу сделать вывод, что Нащокин «великий политик, очень мудрый государственный министр и, может быть, не уступит ни одному из европейских министров».

При всем многообразии интересов и дел, которыми ближнему боярину приходилось заниматься, главное его внимание было по-прежнему обращено на управление Посольским приказом. В то время это ведомство играло главную роль в поддержании отношений Руси с внешним миром. На него были возложены не только общее руководство внешней политикой, но и вся текущая дипломатия: отправка русских посольств за границу, прием иностранных миссий и забота о их нуждах, подготовка текстов инструкций (наказов) русским послам и переписка с ними, подготовка соглашений, ведение переговоров, а позже назначение и контроль за действиями постоянных русских представительств за границей. Посольский приказ ведал иностранными купцами во время их пребывания в России и вообще всеми приезжими иноземцами, кроме военных. Кроме того, он занимался выкупом и обменом русских пленных, управлял недавно присоединенными территориями (Сибирь, Кавказ, Смоленск), ведал служилыми татарами-помещиками центральных уездов. Ему подчинялись созданные в середине XVII века «пограничные» ведомства — Малороссийский приказ, приказ Великого княжества Литовского, Смоленский приказ. В приказе хранились Большая государственная печать и несколько малых, которыми скреплялись все важные документы. Ни один акт государственного значения не имел силы до того, как пройдет апробацию и будет заверен печатью в Посольском приказе. Там же находился государственный архив, содержавший важнейшую внешнеполитическую и внутриполитическую документацию.

К моменту прихода Ордина-Нащокина на должность главы в Посольском приказе работали около ста человек. Почти все они размещались в общем каменном здании приказов в Кремле, недалеко от Архангельского собора (сейчас на этом месте находится Большой Кремлевский дворец). Здание, построенное при Борисе Годунове, сильно обветшало, и Нащокин еще до своего назначения убедил царя построить новое. Стройка началась в 1675 году и продолжалась пять лет; она ознаменовала собой не только обновление Посольского приказа, но и повышение его статуса. Ордин-Нащокин стал первым боярином во главе приказа после его основателя Ивана Висковатого. Подняв статус главы приказа, царь фактически сделал его вторым человеком в системе государственного управления.

В деятельности ведомства за время руководства Ордина-Нащокина произошли существенные изменения. Расширился штат служащих: в Посольском приказе теперь служили два думных дьяка, несколько дьяков, пять старших подьячих и 17 средних и молодых, 19 переводчиков, а также два золотописца для украшения договоров и грамот. Нащокин настаивал на освобождении приказа от массы не свойственных ему дел, которые были поручены ему из-за общей неразберихи в приказной системе. Приказ был вынужден заниматься взиманием питейных и таможенных сборов, управлением железоделательными заводами (поскольку ими владели иностранцы) и даже изготовлением пороха. Новый руководитель постарался избавиться от этих «непрофильных» функций, как и от мешавших работе общих недостатков тогдашнего (и не только тогдашнего) государственного аппарата — волокиты, кумовства, взяточничества. Из-за этого на него сразу же ополчилось «среднее звено» служащих приказа — дьяки Голосов, Дохтуров, Юрьев, считавшие себя не менее даровитыми и достойными, чем Нащокин. С начала и до конца его службы в приказе они саботировали его распоряжения, тормозили ведение дел, пытались очернить его в глазах царя и приезжавших в Москву иностранцев. При этом отправить их в отставку Ордин-Нащокин не мог — других профессионалов, имеющих опыт дипломатической службы, в тогдашней Руси просто не было. По той же причине наиболее важные и сложные вопросы он старался замыкать на себя.