По этой причине в Декане армии моголов чаще побеждали, чем проигрывали сражения, а в горных афганских землях, где слоны пройти не могли, войска Шах-Джахана успеха добиться не могли.

Почти сразу же после вступления на престол Шах-Джахану пришлось вести борьбу с мятежными феодалами. Попытка раджи Бундела объявить себя независимым правителем не удалась, он вынужден был покориться Шах-Джахану.

Затем взбунтовался Хан-Джахан, один из любимцев Джахангира, и перешел на сторону Ахмаднагара. Однако могольские войска разбили ахмаднагарскую армию, а Хан-Джахан бежал в Бунделкханд, где был убит раджой Бундела, добивавшимся благосклонности падишаха.

Войны в Декане и увеличение налогов для покрытия расходов казны привели к страшному голоду, охватившему Гуджарат, Декан и отчасти Голконду. В разоренном войнами Декане больше всего пострадало сельское население, а в Гуджарате – городское. В результате голода, согласно древним хроникам, в Гуджарате погибло около 3 миллионов человек, в том числе множество ремесленников.

Английская Ост-Индская компания в связи с гибелью ремесленников и сокращением производства в этих районах купила участок земли на Коромандельском побережье, где заложила город-порт Мадрас.

Жизнь в Гуджарате словно остановилась, лишь судостроение продолжало развиваться, причем кораблей стали строить гораздо больше, чем раньше. Не только местные купцы, но и англичане закупали гуджаратские суда. Однако в целом Гуджарат постепенно стал утрачивать значение экономического центра, на первый план выступила Бенгалия. Там развивалось производство тонких тканей (особенно в Дакке и Патне), селитры и табака.

В XVII в. португальцы укрепили свои позиции в Бенгалии. Процветающий город Хугли фактически оказался в их руках. Они ввели налог на табак, насильственно обращали индийцев в христианство, совершали пиратские набеги на прибрежные деревни, а захваченных там жителей превращали в рабов и продавали за границу.

Еще Джахангир посылал свою армию против португальцев. Но особого успеха эти выступления не имели. Шах-Джахану повезло больше: после длительной осады его армия штурмом взяла Хугли, и четыре тысячи пленных португальцев были отправлены в Агру. Принявшие ислам португальцы были впоследствии освобождены, остальных казнили.

Одной из своих главных задач Шах-Джахан считал покорение Декана. Он временно перевел двор в Бурханпур, чтобы быть ближе к месту военных действий. После смерти Малика Амбара, правившего в Ахмаднагаре, там начались феодальные распри. Новый правитель Ахмаднагара под влиянием некоторых придворных – фанатичных мусульман – убил своих маратхских военачальников-индусов.

Он также бросил в заточение Фатх-хана, сына Малика Амбара. Когда могольская армия овладела рядом хорошо укрепленных ахмаднагарских крепостей, правитель выпустил Фатх-хана и сделал его своим главным министром. Однако Фатх-хан убил его и перешел на службу к моголам. Так Ахмаднагар потерял свою независимость.

Затем моголы приступили к завоеванию Биджапура. Столица этого государства была дважды осаждена, но вследствие голода, начавшегося в лагере осаждавших (разоренные окрестные деревни не могли поставлять армии продовольствие), а также разногласий среди могольских военачальников войска отступили.

Вскоре походы моголов в Декан возобновились. Деканские государства по-прежнему враждовали между собой, при дворах царили интриги, феодалы истребляли друг друга, а могольские армии тем временем проходили по стране как насильники и грабители, оставляя за собой опустошенные города и разоренные деревни.

Биджапур и Голконда не смогли оказать достаточно сильного сопротивления, признали себя вассалами Могольской империи и приняли обязательства по уплате контрибуции и ежегодной дани.

Наместником Декана был назначен второй сын Шах-Джахана – Аурангзеб. Для упорядочения сбора налогов в разоренной стране диван (чиновник, возглавлявший систему сбора налогов) Аурангзеба, Муршид Кули-хан, ввел новую налоговую систему, которая получила название по его имени – «дхара Муршид Кули-хана».

Целью этой системы было привлечение крестьян на опустевшие земли путем раздачи денежных авансов – такави. Были также введены низкие ставки налога с орошаемых земель; сумма налогообложения устанавливалась путем переговоров между чиновниками и крестьянами, то есть учитывалось, могут ли крестьяне платить налог. Хотя феодалы, кроме основного поземельного налога, взимали еще около четырнадцати прочих сборов, все же дхара Муршид Кули-хана постепенно привела к восстановлению крестьянских хозяйств в Декане.

Выступления против моголов не прекращались, хотя в индийских хрониках нет свидетельств о крупных народных восстаниях в тот период. В Пенджабе продолжали укрепляться сикхи несмотря на три карательные экспедиции, направленные против них Шах-Джаханом. В Бенгалии непрерывно продолжалась вооруженная борьба с «разбойниками».

В Доабе случались крестьянские волнения, и против крестьян были посланы войска, а немногим позже там же восстало племя мевати, которое бежало в джунгли. Десятитысячная армия моголов, прорубив дорогу в джунглях, сожгла деревни мевати, а их самих увела в плен.