Контрразведчики Московского областного УНКВД решили перевербовать прибывших курьеров для проведения оперативной игры с абвером. Руководили операцией «Находка» начальник КРО УНКВД подполковник С. Федосеев, начальник УНКВД Московской области М. И. Журавлев. Григорьев согласился на сотрудничество, второго курьера контрразведчики решили не вербовать, взяв его под наблюдение. Поиски третьего агента оказались безрезультатными.

13 февраля в установленное время Григорьев вышел на связь с абвером и доложил о своем благополучном прибытии. Немецкая разведка подвергла сомнению факт деятельности агента не под контролем НКВД. Поэтому некоторая доля правдивой информации в сведениях, поступавших от Григорьева, была необходима.

Разработкой операции «Находка» на следующем этапе занялись начальник направления в Оперативном управлении Генштаба генерал С.М. Штеменко и заместитель Федотова комиссар ГБ Л.Ф. Райхман.

Помимо дезинформации противника перед советскими контрразведчиками стояла задача создания условий для дополнительного канала связи. Контакты второго агента с абвером не пресекались, но сведения, поступавшие от него в немецкий разведцентр, тщательно обрабатывались сотрудниками «Смерш».

С 23 февраля была налажена регулярная связь с немецкой разведкой. От двух агентов поступала дезинформация о состоянии противовоздушной обороны, движении грузопотоков на железнодорожных и шоссейных направлениях, изменениях в военных гарнизонах. Особое значение противник придавал метеосводкам. 13 марта абвер наградил «своих» сотрудников, находящихся в Московской области, орденами «За храбрость» 2-го класса. Поздравительная шифрограмма поступила 26 марта. Но срок «действия» фиктивных документов Григорьева и его напарника истекал; способа, кроме как по рации, поддерживать связь с германской разведкой не было; продовольствие, выданное на время пребывания в СССР, заканчивалось. В абвер направлялись просьбы «агентов» решить эти вопросы. По рекомендации органов госбезопасности СССР было отклонено предложение о присылке немецкого самолета со всем необходимым. Вариант прибытия курьера к радистам рассматривался как наиболее приемлемый.

О начале нового этапа операции «Находка» руководство военной контрразведки доложило И.В. Сталину. Сталин счел немедленный захват прибывшего курьера абвера «Антонова» малооправданным риском. В целях безопасности Григорьев попросил «Антонова» лично направить в германский разведцентр радиограмму об успешном прибытии на место. Курьера арестовали на последнем пункте его следования через фронтовую полосу.

Дальнейшим развитием радиоигры «Находка» занимался уже «Смерш». Результатом этой длившейся два года операции было не только продвижение направленной дезинформации в немецкие штабы, но и задержание семи агентов абвера.

В Вологодской области в 1943–1944 гг. проводилась радиоигра «Подрывники», в ходе которой было выведено на советскую территорию 22 агента германской разведки. Благодаря радиоиграм было арестовано около 400 агентов и сотрудников немецких разведорганов. Всего же органы контрразведки за годы войны задержали более 30 тыс. немецких разведчиков, около 3,5 тыс. диверсантов и свыше 6 тыс. террористов, в том числе в 1941 г. — свыше 4 тыс., в 1942 г. — около 7 тыс., в 1943 г. — свыше 20 тыс.

Сотрудники контрразведки занимались также борьбой с бандеровцами на Украине и «лесными братьями» в Прибалтике, обеспечивали режим секретности на предприятиях оборонной промышленности.

Важную роль сыграли контрразведчики и в срыве планов немецкой разведки по организации покушения на «Большую тройку» — Сталина, Рузвельта и Черчилля во время их встреч в Тегеране и Ялте. За успешную работу П.В. Федотов (во время встречи Сталина, Рузвельта и Черчилля в Ялте с 8 января 1945 г. был помощником начальника охраны объектов спецназначения в Крыму С.Н. Круглова по опер-работе на время «особого периода» — в этом факте прослеживается руководящая роль НКВД в период руководства Берии в тандеме наркоматов внутренних дел и госбезопасности) был награжден орденами Кутузова 1-й степени и Красного Знамени.

Осуществлялись оперативные действия и против разведок союзных стран. В 1942 г. был взят в разработку руководитель военной миссии США в Москве Файмонвилл. С помощью вошедшего в его окружение агента удалось выяснить связи Файмонвилла и снабжать его дезинформацией.

Через 5 месяцев после Победы, 30 октября 1945 г. был издан циркуляр НКГБ «О работе английской разведки против СССР». Тогда же был скомпрометирован в результате операции контрразведки помощник канадского военного атташе полковник Окулич.

За время войны Федотов был награжден 2 орденами Ленина (1943, 1945), 2 орденами Красного Знамени (1944, 1945), орденами Красной Звезды и Кутузова 1-й степени (1945), знаком «Заслуженный работник НКВД» (1942). В 1943 г. был произведен в комиссары ГБ 2 ранга, 9 июля 1945 г. получил звание генерал-лейтенанта.

Федотов с 23 января 1946 г. входил в состав Комиссии по руководству работой по подготовке Международного военного трибунала над японскими военными преступниками в Токио.

Наряду с работой по реальному обеспечению безопасности государства под руководством Федотова проводились мероприятия, возможно, задуманные с хорошими намерениями, но на практике явно нарушавшие законность. Такова была операция «Ложный закордон» («ЛЗ», «Мельница»), разработанная и проведенная Федотовым. Впервые о ней стало известно в 1990 г. из опубликованной в журнале «Известия ЦК КПСС» справке Комитета партийного контроля при ЦК партии.

Операция заключалась в следующем. Еще с 1941 г. действовал организованный сотрудниками УНКВД по Хабаровскому краю (начальник управления комиссар ГБ 2 ранга С.А. Гоглидзе) в 50-ти километрах от Хабаровска рядом с маньчжурской границей «ложный закордон». Чекисты вербовали на советской пограничной заставе подозревавшихся в шпионаже местных жителей и якобы «переправляли» их через «границу» для разведывательной работы. Люди попадали на «маньчжурский пограничный полицейский пост» и оттуда — в «уездную японскую военную миссию». Там «белоэмигранты» в форме японской жандармерии (на самом деле бывшие сотрудники УНКВД Хабаровского края, ранее осужденные за нарушения социалистической законности на различные сроки заключения), пытали подозреваемых, выбивая из них признания в работе на НКВД. В роли начальника «уездной японской военной миссии» выступал японец Тамито, бывший агент разведки Квантунской армии, арестованный советскими пограничниками в 1937 г. и приговоренный в 1940 г. к расстрелу (замененному 10-ю годами тюрьмы). Эту ситуацию сотрудники КПК, расследовавшие дело в конце 50-х, определили так: «…будучи осужден советским судом за японский шпионаж, был послан на ложный закордон, где учинял допросы советским гражданам».