Стоит отметить, что генералы Райхман и Кузьмичев были освобождены из заключения.

После смерти Сталина и ликвидации МГБ контрразведка в объединенном МВД СССР была сосредоточена в 1-м Главном управлении. Начальником его по инициативе Берия стал генерал-лейтенант Петр Васильевич Федотов (его вторичное назначение — единственный случай в истории русской контрразведки). Его заместителями стали освобожденные из-под ареста по делу Абакумова Ф.Г. Шубняков и Е.П. Питовранов (последний спустя месяц отбыл в Берлин, назначенный руководителем представительства МВД, позднее КГБ, в ГДР).

29 апреля на основе бывшего Бюро № 2 МГБ (разведка и диверсии) в составе контрразведки была создана Специальная оперативная группа при 1 — м Главном управлении МВД, в задачи которой входил розыск заброшенных в СССР агентов-парашютистов. Ее начальником стал Герой Советского Союза полковник Михаил Сидорович Прудников. Через две недели эта новая структура была преобразована в 11-й отдел того же 1-го главка.

В июне 1953 г., в составе опергруппы МВД во главе с начальником 3-го управления (военной контрразведки) МВД генерал-полковником С.А. Гоглидзе в ГДР побывал и Федотов (это было связано с народными волнениями, переросшими в воооруженный мятеж).

Несмотря на все перемены, связанные с политической конъюнктурой, контрразведка занималась борьбой с реальным противником. Проводились удачные операции. Так, осенью 1953 г. была сорвана попытка сотрудников аппарата военного и военно-морского атташе США собрать военную информацию на Дальнем Востоке. В отсутствие американцев контрразведчики в гостинице, где иностранцы остановились, засветили тайно снятые ими фотопленки. И это была не единственная успешная операция советской контрразведки в тот сложный период.

В тот период ЦРУ и СИС применяли метод массовой заброски нелегалов для сбора сведений о военных базах, аэродромах, военных заводах, вербовки советских граждан, представлявших оперативный интерес для иностранных разведок.

В Белоруссии тогда же арестованы парашютисты — агенты ЦРУ М.П. Артюшевский, Г.А. Костюк, Т.А. Остриков и М.С. Кальницкий. В апреле 1953 г. в Краснодарском крае был арестован М.П. Кудрявцев, за помощь следствию амнистированный.

27 апреля 1953 г. на Украине в районе Белой Церкви, поймали двоих парашютистов — В. Васильченко (он же А. Лахно) и Л. Матковского (он же А. Маков). Оба оказались членами НТС. По их показаниям были задержаны еще двое НТС-овцев — «Джон» (С. Горбунов) и «Дик» (Сергей Ремига). При них обнаружили оружие, яды, рации, листовки, фальшивые деньги. Сотрудничавшие с немцами во время оккупации, эти агенты также были завербованы в Германии в лагерях для перемещенных лиц и заброшены с самолета, вылетевшего из Афин. Их приговорили к расстрелу.

В том же году были заброшены в Белоруссию с базы в ФРГ члены НТС — К. Хмельницкий, Н. Якута и Новиков, добровольно явившиеся с повинной и амнистированные.

После реорганизации МВД и образования КГБ при Совете Министров СССР контрразведка была переименована во 2-е Главное управление КГБ (ВГУ). До апреля 1956 г. им руководил П.В. Федотов, состоявший членом КГБ (так до 1959 г. называлась Коллегия). Федотов смог избежать репрессий по обвинению в близости к Берия, возможно, благодаря хорошим отношениям с Молотовым (как полагают первые биографы генерала).

Его карьера закончилась в 1956 году. В апреле он был снят с должности, в мае получил назначение на пост заместителя начальника и главного редактора Редакционно-издательского отдела Высшей школы КГБ при СМ СССР. Какое-то время Федотова прикрывал председатель КГБ Серов, дружественно с нему относившийся. После его перевода в ГРУ Федотов 27 февраля 1959 г. был освобожден от должности, 22 марта уволен в запас Советской Армии по ст. 59«Д» (служебное несоответствие).

Уже 23 мая того же года «за грубые нарушения законности в период массовых репрессий» постановлением Совета Министров Федотов был лишен генеральского звания. 6 января 1960 г. решением Комитета партийного контроля при ЦК КПСС исключен из партии. Ему вспомнили участие в репрессиях 30-х-50-х, в том числе поездку в Армению в 1937 г. и «Ложный закордон».

Петр Васильевич Федотов умер в Москве 29 сентября 1963 года. Похоронен на Пятницком кладбище.

В марте 1946 г. после переименования наркоматов в министерства 2-е управление НКВД СССР стало именоваться 2-м управлением МГБ СССР (с июня 1946 г. — 2-е Главное управление). В мае Министерство госбезопасности возглавил новый министр. Генерала армии Всеволода Николаевича Меркулова (им были недовольны Сталин и его ближайшее окружение) сменил начальник Главного управления контрразведки «Смерть шпионам» Министерства вооруженных сил СССР (ГУКР «Смерш» тогда же было реорганизовано в 3-е Главное управление МГБ СССР) генерал-полковник Виктор Семенович Абакумов.

Работа контрразведки также рассматривалась «на самом верху». 20 августа 1946 г. было принято постановление ЦК ВКП(б) «О работе МГБ СССР», в котором недостатком была признана слабая работа чекистов среди дипломатов и иностранных специалистов. Работа в основном велась среди возвращающихся на Родину бывших эмигрантов (еще 8 сентября 1945 г. был издан совместный приказ НКГБ и ГУКР «Смерш» о проверке репатриантов, направляемых на работу в промышленность, а в феврале 1946 г. — приказ НКГБ «О выявлении агентов английской и американской разведок среди репатриантов», к декабрю 1946 г. было заведено несколько сотен тысяч «дел оперативной разработки» репатриантов по подозрению в шпионаже).