Точная дата принятия отцом Варнавой (Муравьевым) великого ангельского образа не установлена. Известно, что произошло это на рубеже 1926–1927 годов. При постриге в великую схиму он был наречен именем Серафим в честь святого преподобного Серафима Саровского чудотворца, которому всеми силами стремился подражать отец Варнава в течение предыдущей жизни.

Вскоре по принятии отцом Варнавой великой схимы состоялось общее собрание братии Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры с участием наместника Лавры епископа Шлиссельбургского Григория (Лебедева), архиепископа Хутынского Алексия (Симанского) и епископа Петергофского Николая (Ярушевича). На этом собрании иеросхимонах Серафим (Муравьев) был избран духовным руководителем и членом Духовного Собора Лавры. Прозвучали теплые напутственные слова, и смиренный инок приступил к несению своего нового, пятого, послушания на стезе монашеского делания.

В жизнеописании преподобного старца Варнавы Гефсиманского, изданном в 1907 году, находим упоминание о его духовном сыне, Василии Николаевиче Муравьеве, которому Промыслом Божиим через двадцать лет суждено было стать духовником Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры: «Один духовный сын старца Варнавы — петербургский купец Василий Николаевич Муравьев еще при жизни старца видел знаменательный сон, который потом и рассказал самому старцу Варнаве.

„Виделось мне, — говорил он, — будто я иду на богомолье в Никольский монастырь, что близ моей родины в Гороховецком уезде (Гороховецкий уезд Владимирской губернии граничит с Ярославской губернией и находится на полпути от Рыбинска до Иверско-Выксунского женского монастыря, основанного преподобным отцом Варнавой. Прим. авт). Во сне дорога показалась мне незнакомою, и я блуждал по лесу. Вдруг вижу: впереди меня идет старец с сумой за плечами и в руках топорик. Поравнявшись со старцем, я спросил у него, как пройти в Никольский монастырь. Старец сказал: „Пойдем, проведу тебя, я туда же иду“. Вглядываясь в своего спутника, я признал в нем отца Серафима (святого преподобного Серафима Саровского) и сам спросил у него: „Батюшка, вы будете отец Серафим?“ „Да, я Серафим“, — ответил мне старец и мы продолжали свой путь по лесу. Отец Серафим остановился подле попавшегося нам большого пня и сел на него, положив около ног суму и топорик. Сел рядом с ним и я. Вдруг с другой стороны от меня неожиданно явился батюшка Варнава и сел подле меня так, что я оказался среди обоих старцев, которые были очень радостны, облобызались между собой и стали что-то говорить. Но что они говорили между собой, я не мог понять и проснулся“. Батюшка Варнава, выслушав этот рассказ, только весело заметил: „Ну вот, был между нами, а не слыхал, что говорили!“»

В пророческом сне открылась Василию Муравьеву его глубокая мистическая связь с этими великими подвижниками. Современники находили большое духовное родство между старцем Гефсиманского скита иеромонахом Варнавой и преподобным Серафимом Саровским. Даже надгробия их увенчаны одинаковой надписью: «Он жил во славу Божию!»

Помимо монашеской братии, отцу Серафиму ежедневно приходилось принимать множество исповедников-мирян. Молва о благодатном старце отце Серафиме широко разнеслась по северной столице и за ее пределами. Многие люди тогда пребывали в растерянности: как быть дальше? Безбожие все укреплялось, а Церковь была все больше гонима. Как уберечься самому, уберечь своих ближних от этой волны надвигающегося зла? С раннего утра до глубокой ночи стекалось к келий батюшки все больше людей, ищущих благословения, совета в трудных обстоятельствах, молитвенной помощи и утешения в скорбях. Он стал воистину народным духовником.

Сочетая в себе высочайшие духовные дарования с богатым практическим жизненным опытом, отец Серафим был поистине незаменимым наставником. Для всех он был одинаково доступен, для всех находил слова отеческой любви. Была в его образе какая-то особая теплота, так что человек, однажды пришедший к нему, запоминал эту встречу на всю жизнь.

Под его окормлением находилось множество духовных чад — мирян, иноков, священников и архиереев Русской Православной Церкви, среди которых епископ Шлиссельбургский Григорий (Лебедев) и епископ Колпинский Серафим (Протопопов) — будущие новомученики; епископ Петергофский Николай (Ярушевич) — впоследствии митрополит Крутицкий и Коломенский.

Воистину неисповедимы пути Господни — еще в 1920 году архимандрит Николай (Ярушевич), будучи наместником Александро-Невской Лавры, постриг в монашество Василия Николаевича Муравьева, а спустя всего несколько лет епископ Николай (Ярушевич) стал духовным сыном старца иеросхимонаха Серафима (Муравьева). По-прежнему приезжал окормляться к духовнику Александро-Невской Лавры и архиепископ Хутынский Алексий (Симанский) — впоследствии, с 1945 по 1970 год, Патриарх Московский и Всея Руси Алексий I. Они чрезвычайно дорожили советами и благословениями отца Серафима. Еще в молодые годы Господь даровал каждому из них счастливую возможность встречаться и иметь общение со многими знаменитыми старцами и подвижниками. Так что оба владыки, прибегая к окормлению духовника Лавры, не на словах, но на деле знали, что есть истинное старчество.

Чуть позже, в 1928–1929 годах, тесная дружба связала отца Серафима с еще одним выдающимся иерархом Русской Церкви — митрополитом Серафимом (Чичаговым).

…В конце 1927 года архиепископ Алексий (Симанский), управлявший тогда Новгородской епархией, приехал к духовнику Александро-Невской Лавры за советом и молитвой. Он находился в смятении, так как очень опасался очередного ареста и гонений за свое дворянское происхождение. «Отец Серафим, не лучше ли мне уехать за границу?» — вопросил архиерей. «Владыка! А на кого Вы Русскую Православную Церковь оставите? Ведь Вам Ее пасти!» — последовал ответ старца. — «Не бойтесь, Сама Матерь Божия защитит Вас. Будет много тяжких искушений, но все, с Божией помощью, управится. Оставайтесь, прошу Вас…» Владыка Алексий тотчас же успокоился и навсегда оставил мысли об отъезде за границу.

Так отец Серафим предсказал владыке Алексию его будущее служение за 18 лет до избрания на патриаршество. Указал лаврский схимник будущему Патриарху и срок его первосвятительского служения — 25 лет. Таким же образом неоднократно подавал он неоценимые советы и другим своим духовным чадам.

Батюшка Серафим всегда искренне входил в положение каждого исповедника. Казалось, он переживает все скорби и тяготы подопечного глубже того самого: «Ну, что же мы за монахи! Все грешим, да грешим… Ну, да ладно, сынок, Бог простит нас, если с сегодняшнего дня положим доброе начало — будем противостоять греху и виновнику его, диаволу…» Что тут сказать в ответ? Вразумленным ученикам оставалось только благодарить Господа за то, что имеют такого наставника и молитвенника. Людские сердца сами открывались на голос любви и сочувствия, а старец от всей души сорадовался с радующимися и скорбел со скорбящими, давал полезные и обстоятельные советы по деловым вопросам и был по-отечески ласков с детьми и пожилыми людьми.