Новое испытание — болезнь — принял батюшка с удивительным спокойствием и благодушным терпением, словно очередное послушание от Бога. Не было в нем ни малодушия, ни недовольства. Непрестанно воссылая благодарения Господу, батюшка говорил сочувствующим: «Я, грешный, еще не этого достоин! Есть люди, которые и не такие болезни терпят!»

Время шло, но, несмотря на усилия врачей здоровье старца продолжало ухудшаться. Ему шел тогда 64-й год. Появились застойные явления в легких и сердечная недостаточность. Медики настоятельно советовали выехать из города в зеленую зону. В качестве климатического курорта была рекомендована Вырица. Возвышенная местность, вековой смешанный лес с преобладанием хвойных пород, сухая песчаная почва и целебный воздух — все это должно было благотворно повлиять на здоровье батюшки. Врачи утверждали, что только пребывание в подобном климате может укрепить силы отца Серафима. Старец ехать наотрез отказался — так тяжело было расстаться ему со своим служением и с многочисленными духовными чадами. Предвидя скорое начало новой волны гонений и полное разорение Лавры, батюшка искренне желал разделить эти страдания со всей братией.

Однако воля Божия о нем была иной. Митрополит Серафим (Чичагов), который в миру имел профессию врача, ознакомился с заключением медицинской комиссии и немедленно благословил переезд. Смиренному духовнику Лавры оставалось только принять это за послушание. Вместе с ним по настоянию владыки в Вырицу отправились схимонахиня Серафима (в миру — Ольга Ивановна Муравьева) и их двенадцатилетняя внучка Маргарита. Они и прежде часто приезжали в Лавру, навещая отца Серафима. Теперь уход за ним и забота о его здоровье стали главным их послушанием.

С грустью и слезами провожали иеросхимонаха Серафима его духовные чада — епископы Петергофский Николай (Ярушевич), Лужский Амвросий (Либин), Лодейнопольский Сергий (Зенкевич), братия Александро-Невской Лавры, многие священнослужители и миряне. К лету 1930 года отец Серафим покинул город святого Апостола Петра.

Переезд отца Серафима в Вырицу — еще одно свидетельство особого Божия о нем Промысла, ограждавшего старца от опасностей вплоть до самой его кончины. Именно с начала 30-х по Петроградской епархии и всей стране прокатилась новая волна еще более жестоких репрессий.

Относительное затишье, наступившее после провала обновленческой смуты и судебных процессов 1922–1923 годов, оказалось на поверку только временной передышкой. Уже в августе 1928 года властями были закрыты Высшие Богословские курсы и Богословско-Пастырское училище, созданные взамен упраздненных Духовных Академии и Семинарии и готовившие клириков для Петроградской и ряда ближайших епархий. Руководитель Богословско-Пастырского училища архимандрит Гурий (Егоров) вскоре был арестован и осужден на пять лет. Так отец Серафим, еще будучи в Лавре, лишился одного из ближайших своих друзей и сподвижников.

В начале 1930 года в заключении оказались сразу три выдающихся петроградских пастыря, профессоры-протоиереи: настоятель Николо-Богоявленского кафедрального собора Николай Кириллович Чуков, настоятель храма Михаила Архангела Михаил Павлович Чельцов и Николай Викторович Чепурин из Покровской церкви в Коломне. Вслед за ними — настоятель Князь-Владимирского собора протоиерей Павел Иоаннович Виноградов, настоятель Спасо-Преображенского собора протоиерей Михаил Владимирович Тихомиров и многие другие известные клирики Петроградской епархии.

Гонители готовили еще один удар — на этот раз по обителям. Воистину Гефсиманской стала для монашествующих ночь на 18 февраля 1932 года. В народе ее так и назвали — святой ночью. В те страшные часы гонители арестовали более пятисот иноков. Это было почти все уцелевшее к тому времени в Петрограде монашество: более 40 иноков Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры, 25 — из Свято-Троицкой Сергиевой пустыни, 12 — из Старо-Афонского подворья, 12 — из Феодоровского подворья, 10 — из Валаамского подворья, 8 — из киновии Александро-Невской Лавры, 5 — из Киевского подворья, 40 человек из братии Макариевской пустыни Тосненского района во главе с настоятелем обители схиепископом Макарием (Васильевым); более 100 инокинь Воскресенского Новодевичьего монастыря, 16 монахинь из Леушинского подворья, 6 — из Серафимо-Дивеевского подворья в Петергофе, а также множество настоятелей и монашествующих, проживавших вне обителей, по причине их упразднения. В ту же ночь были арестованы и все члены Александро-Невского братства во главе с архимандритами Варлаамом (Сацердотским) и Львом (Егоровым), архиепископом Гавриилом (Воеводиным), а также многие из белого духовенства и мирян, связанных с братством и монастырями. Все арестованные были приговорены к различным срокам лишения свободы по статье Уголовного Кодекса 58/10, дополнительный срок в десять лет получил архимандрит Гурий (Егоров), осужденный прежде, в 1928 году. Большинство из них уже не вернулись из лагерей и ссылок, но легли в землю в безымянных могилах. Да помянет Господь Бог во Царствии Своем отцев, братий и сестер наших, в лагерях пострадавших и убиенных…

В октябре 1933 года власти запретили оставаться в городе правящему архиерею, митрополиту Серафиму (Чичагову), как «не прошедшему паспортизацию». По той же причине город на Неве в скором времени были вынуждены покинуть более 200 священнослужителей во главе с епископом Сестрорецким Николаем (Клементьевым). 5 октября 1933 года на опустевшую кафедру был переведен Преосвященный Алексий (Симанский), возведенный в сан митрополита. От некогда крепкой, наиболее значительной в России епархии в управление ему достались лишь отдельные, истерзанные гонениями осколки.

Даже колокольный звон к тому времени был запрещен. Число действующих храмов сократилось катастрофически. Вот лишь немногие цифры по Санкт-Петербургской епархии. Перед октябрьским мятежом 1917 года на ее территории имелось 790 храмов. Численность белого духовенства составляла около 1700 человек. В самом Петербурге с ближайшими пригородами число православных храмов достигало 495. В 16 монастырях епархии подвизалось 1629 монашествующих и послушников…

К ноябрю 1933 года в городе остался 61 православный храм, число священнослужителей сократилось до 300. Монастыри были полностью разгромлены и разграблены. К июню 1941 года на всю епархию, одну из главнейших в стране, оставалось всего лишь 21 православная церковь, в том числе в самом почти четырехмиллионном городе — только восемь.