После смотра «Наварин» и «Адмирал Корнилов» зачислили в Учебно-артиллерийский отряд. Зиму 1902-03 гг. корабль простоял в Либаве в порту Александра III.

В апреле «Наварин», стоящий без артиллерии среднего калибра, начали готовить к кампании. 1 мая 1903 г. на нем взвился вымпел, и корабль, заменивший броненосец береговой обороны «Адмирал Грейг», который стал на ремонт, совместно с броненосцами береговой обороны «Генерал-адмирал Апраксин», «Адмирал Ушаков», «Адмирал Лазарев» 18 мая ушел в Кронштадт. В июне 1903 г. порт начал готовить к отправке на Тихий океан эскадру из 14 кораблей. Но «Наварин» в нее не вошел и в составе Учебно-артиллерийского отряда участвовал в плановых учениях и стрельбах. 15 сентября 1903 г. броненосец окончил кампанию.

Кампания 1903 г. показала, что имелись неисправности и в машинах. Они плохо отрабатывали задний ход, с перебоями работали трюмные центробежные помпы. К этому следовало добавить, что многие площадки двойного дна имели дыры. Это означало, что ко всем конструктивным недостаткам, указанным С. О. Макаровым еще в 1895 г., отсутствовала и водонепроницаемость двойного дна.

В кампанию следующего 1904 г. командующий Учебно-артиллерийским отрядом контр-адмирал Д.Г. Фелькерзам «Наварин» просил не включать, поставив его на капитальный ремонт. «Кроме того, считаю своим долгом донести Вашему превосходительству, что запущенное состояние механизмов и их недостаточный ремонт зависел оттого, что этой зимой броненосец лишился инженер-механиков», — писал он управляющему Морским министерством.

Но, несмотря на это, в октябре на испытаниях корабль, имея в действии 11 котлов, развил ход в 15,5 узлов. Правда, в котлах опять обнаружили небольшую течь.

По настояни ю главного механика броненосец ушел в Кронштадт, а не в Либаву, как все корабли Учебно-артиллерийского отряда. Проведя детальное освидетельствование, в МТК пришли к заключению, что вполне надежные котлы постоянно текут «оттого, что на „Наварине“ нет насосов для взмешивания воды, и при медленной разводке пара их корпуса нагреваются неравномерно, что дает незначительную деформацию и течь». В МТК считали, что, установив насосы для циркуляции ко гельной воды, течи удастся избежать.

Но все же их замена являлась необходимой, и МТК предложил заменить котлы строителю «Наварина» — Обществу Франко-Русских заводов. Но, видимо, замена огнетрубных котлов (прослуживших к тому же около 12 лет), не являлась столь доходной работой для частного завода, и руководство Общества от них отказалось. Менять котлы поручили заводу казенному — Балтийскому. Он в это время уже менял подобные котлы на «Александре II». Следующим по плану МТК шел «Наварин».

Одновременно с повторной чеканкой котлов начали ремонтировать башни и станки всех орудий. Сами орудия отправили на Обуховский завод. В январе 1904 г. МТК запланировал в течение следующей зимы заменить на «Наварине» котлы. Тогда же МТК решил заменить старые 152-мм орудия Обуховского завода, скрепленные проволокой, на новые 152-мм системы Канэ.

Но это решение комитета было уже запоздалым. С Дальнего Востока донеслись тяжелые вести о начале войны с Японией и первых поражениях.

Эти известия, приведшие зимой в оцепенение всю империю, весной сделали ее похожей на развороченный улей. В легкую победу в стране уже никто не верил. Морское же министерство, находившееся от войны за многие тысячи километров, как и подобает любому ведомству, где в подавляющем большинстве служат приспособленцы, заняло выжидательную позицию. В середине февраля 1904 г. по плану, утвержденному еще до войны, с «Наварина» сняли все катера и шлюпки, затем корабль в начале апреля поставили в док, где произвели замену бакаутовых подшипников у винтов.

В конце апреля на особом совещании у Николая II ставился вопрос о посылке на Тихий океан в помощь Порт-Артурской эскадре кораблей Балтийского флота. Назначили в поход и «Наварин», стоявший в Кронштадте без артиллерии и с разобранными машинами, Теперь в Морском министерстве, подстегнутые императором к выполнению такой ответственной задачи, как посылка за тысячи миль огромной эскадры, зашевелились, и из С.-Петербурга в Кронштадт посылалось бесчисленное множество телеграмм и распоряжений. Все происходящее тогда в главной крепости Балтики можно было назвать одним словом — хаос. Но все же кое-какие положительные сдвиги были.

В мае на «Наварин» установили отремонтированные станки и орудия главного калибра, восемь 152-мм орудий, а на спардеке четыре 75-мм орудия вместо прежних 47-мм, два из которых перенесли на крыши башен. Одновременно по указанию Гидрографического управления флота на «Наварине» решили смонтировать новую походную рубку из меди. Оказалось, что в течение всего времени его службы главный магнитный компас не удовлетворял своему назначению из-за того, что появился «застой картушки до 1,5 румба» (до 24°), и удерживать броненосец на курсе было нелегко. Этот недостаток обнаружили за девять лет до этого (в 1895 г.), сразу же после постановки стальной ходовой рубки.

Долгие годы «Наварин» ходил со значительным отклонением магнитного компаса, делая невыносимой работу штурманов, и только поражения в войне и судорожные сборы в поход заставили обратить на это внимание. На срочной установке новой немагнитной ходовой рубки настаивали председатель МТК вице-адмирал Ф.В. Дубасов и главный инспектор кораблестроения генерал-лейтенант Н.Е. Кутейников. Мнение же управляющего Морским министерством было однозначно: «чтобы эта работа ни в коем случае не задерживала готовность броненосца к 1 июля 1904 г.