Атаман назначил Подгорного в помощь контр-адмиралу Ивану Анатольевичу Кононову, сыну адмирала Кононова, прибывшему с ним на Дон. Он, как и контр-адмирал, Семен Семенович Фабрицкий, и капитан 1-го ранга, ставший впоследствии контр-адмиралом, Иван Иванович Степанов, по приезде на Дон вошли в распоряжение атамана Алексея Максимовича Каледина и сразу активно включились в работу, продолжавшуюся и после гибели атамана.

С разрешения Донского правительства в Таганроге было создано первое Управление портами Азовского моря под началом генерал-лейтенанта Николая Николаевича Оглоблинского и Управление морской тяжелой артиллерии под руководством капитана 1-го ранга Якова Ивановича Подгорного. В таганрогском порту кипела работа по созданию Азовской флотилии. Руководил ее созданием капитан 2-го ранга Владимир Иванович Собецкий, деятельный и созидательный офицер. Собецкий не только подготовил Азовскую флотилию, вооружив её суда 75-мм и 120-мм орудиями, но и после начавшегося весной 1919 года наступления большевиков на севере Дона создал новую речную флотилию — Нижне-Днепровскую.

В июне 1919 года Владимир Иванович Собецкий стал во главе отряда судов Азовской флотилии, а уже с января 1920 года возглавил всю морскую часть обороны Днепро-Бугского лимана По мере изменения оперативной обстановки на фронте Собецкого направляли то командовать отрядом Каркинитского залива, то 3-м отрядом судов Черноморского флота.

В мае 1919 года Азовская флотилия перешла на Днепр, где в то время формировались три новые флотилии — Верхне-, Средне- и Нижне-Днепровская, командовали которыми соответственно капитаны 1-го ранга Сергей Владимирович Лукомский, Григорий Иванович Бутаков и сам Собецкий. Необходимость в последующей переброске Нижне-Днепровской флотилии Собецкого на Черное море объяснялась рядом тактических побед большевиков.

Действиями Донской флотилии руководил контр-адмирал Семен Семенович Фабрицкий. Значение флота для Дона было трудно переоценить. Морские офицеры, поступившие на службу Всевеликого Войска Донского в его флотилию, к 1919 году победоносно дошли до верховьев Дона и умелыми действиями своих артиллеристов не раз помогали казакам в благородном деле изгнания большевиков со своей земли. Так, Анатолий Алексеевич Степанов, несмотря на свой возраст, организовал и возглавил экспедицию для захвата судов у большевиков в Ростове.

Имевшиеся у донских казаков большие пароходы быстро превращались в боевые корабли. На их бортах нашивалась броня, устанавливались трехдюймовые пушки и станковые пулеметы, а на некоторых судах — тяжелые морские шестидюймовые орудия. Попутно теми же орудиями моряки оснащали и бронепоезда Донской армии, часть из которых после находилась на вооружении Добровольческой армии.

Внеся свой посильный вклад в дело борьбы с красными, все они были благополучно эвакуированы из Крыма, а с оставлением белыми силами этого последнего рубежа обороны еще долго проживали в эмиграции — в Бельгии, Югославии, Франции.

«Национальные» флоты, появившиеся после распада Российской империи то здесь, то там, требовали опытных командиров и управленцев, и зачастую высокие должности и выгодные условия службы привлекали многих русских морских офицеров, затмевая на время главную цель, ради которой боролась и погибала Добровольческая армия — сохранение единства России, её территориальной целостности в прежних границах.

Одним из помощников Собецкого был старший лейтенант Александр Михайлович Шестаков, в чьи обязанности входила еще и сухопутная составляющая обороны — формирование отрядов танков, бронеавтомобилей и бронепоездов, ускоренными темпами производившиеся для нужд Донской армии на соответствующих заводах в Ростове-на-Дону и Таганроге.

В упорных боях с превосходящими силами противника особенно отличился «морской» бронепоезд «Адмирал Непенин» под командой капитана 2-го ранга Вячеслава Николаевича Маркова. В августе 1918 года этот поезд оказал большую поддержку у Армавира 2 тысячам дроздовцев отбиться почти от 30-тысячной армии командарма Сорокина. Через пару месяцев, 14 октября, бронепоезд на разъезде Базовая на Ставрополье попал в ловушку, приготовленную ему красными подрывниками и артиллеристами. В ту пору поездом командовал морской офицер-артиллерист с линкора «Иоанн Златоуст» старший лейтенант Анатолий Дмитриевич Макаров. Батарея дальнего боя, которой он командовал, долго сдерживала наступающего противника, не давая ему вплотную приблизиться к застывшему на путях бронепоезду, а когда снаряды иссякли, команда бронепоезда приняла последний бой с большевиками. В ходе жаркого боя был убит сам Макаров, его сослуживец по линкору лейтенант Николай Павлович Варгасов, а также двое мичманов — Николай Туцевич и Аркадий Николаевич Хрущев.

Вместе с офицерами в том бою погиб и гардемарин старших классов Иван Завадовский. Пока часть команды удерживала рвущихся к бронепоезду большевиков, старший лейтенант Макаров приказал снять замки с орудий и, немедленно покинув бронепоезд, пробираться к линиям окопов добровольцев. Гардемарин Поплавский и кадет Гусев под руководством старшего лейтенанта Николая Робертовича фон Вирена успешно выполнили задание командира, с тяжелым сердцем покидая сражающийся бронепоезд, но приказ есть приказ. Уход с орудийными замками по существу спас им жизни. Красные захватили бронепоезд и после короткой схватки внутри вагонов добили штыками остававшихся в живых защитников бронированной крепости.

Неподалеку от места трагедии шел другой бой. Тяжелый бронепоезд «Единая Россия» отбивался от противника. У его орудий стали гардемарины и морские офицеры. Без устали били пулеметы с перегретыми докрасна стволами от накала боя. Под плотным огнем красноармейцев команда добровольцев чудом растащила завалы на пути эшелона, и бронепоезд, отбиваясь из пулеметов и орудий, стал уходить прочь. Красные не решились преследовать уходивший состав, пустив лишь ему вдогонку несколько снарядов, упавших неподалеку от железнодорожного полотна, не причинивших вреда набиравшему ход бронепоезду.