Кратковременная война закончилась подписанием в 1848 году мирного договора в Гвадалупе-Идальго, по которому в обмен на пятнадцать миллионов долларов Мексика уступила Соединенным Штатам свыше трех миллионов квадратных километров – современные штаты Нью-Мексико, Аризона, Калифорния, Юта, Невада и частично Колорадо – и признала аннексию Соединенными Штатами Техаса с границей между двумя странами по Рио-Гранде. Договор гарантировал также права мексиканцев, решивших остаться на завоеванной территории. Но эти права вскоре начали нарушаться новыми поселенцами, распоряжавшимися землей так, будто у нее не было владельцев, и дискриминация мексиканцев как низшей расы стала обычным явлением на американском юго-западе.

До 1848 года в церквах Соединенных Штатов не было единого мнения о войне и понятии "очевидного предназначения". Раздавались смелые голоса протеста против того, что считалось открытой агрессией и попыткой восстановить рабство на землях, где оно было отменено. Но после войны, когда поселенцы бросились утолять жажду по земле, церкви присоединились к движению на запад, и вскоре некоторые конфессии заговорили о "двери", открытой Богом для евангелизации мексиканцев.

Для католиков освоение этих земель имело иные последствия. Наиболее значительным стало внезапное пополнение их рядов большим числом людей, по своей культуре совершенно отличавшихся от остальных североамериканских католиков. В течение нескольких десятилетий американское католичество отказывалось признать это различие и пыталось "американизировать" своих новых членов. В 1850 году католические церкви на юго-западе были поставлены под управление иерархов с восточного побережья, и число мексиканских священников быстро сократилось. Мексиканские историки приводят документальные свидетельства резкого контраста между прежними мексиканскими священниками, жившими среди народа и служившими бедным, и новыми, приехавшими с востока, общавшимися главным образом с англоязычными поселенцами и довольствовавшимися просто совершением мессы для обездоленных мексиканцев. Примером тому был конфликт между отцом Антонио Хосе Мартинесом, известным коренному населению под именем "священник из Таоса", и генеральным викарием Нью-Мексико Жаном Лами. Хотя Лами был французом по происхождению, он служил при диоцезе Балтиморы и был близким другом многих новых граждан этого района, в том числе Кита Карсона. Мартинес с 1824 года возглавлял семинарию в Таосе, и большинство священнослужителей в этой местности прошло подготовку у него. Он открыто отрицал принцип безбрачия, тем не менее многие называли его святым, так как всю свою жизнь он посвящал заботе о бедных. Когда Лами предписал Мартинесу и другим мексиканским служителям уделять больше внимания взиманию десятин со своей паствы и передаче их в его канцелярию, они ответили, что считают аморальным и нехристианским делом собирать деньги у бедных и отдавать их богатым. Непокорного священника и его последователей Лами отлучил от церкви, но они продолжали служить мексиканцам в качестве священников и совершать таинства, пойдя на открытый разрыв с церковной иерархией. Так продолжалось и в течение нескольких лет после смерти Мартинеса в 1867 году. Когда это движение пошло на убыль, уменьшилось и число мексиканцев, желавших посвятить себя священническому служению. Лишь в XX веке на юго-западе появился католический епископ латиноамериканского происхождения.

Вопрос о рабстве еще в колониальные времена многим не давал жить со спокойной совестью. По мере приближения независимости все чаще раздавались голоса, утверждавшие, что в рождающемся новом государстве не должно быть этого недостойного института. Однако в связи с необходимостью выступить единым фронтом против Великобритании эти голоса были заглушены, и Соединенные Штаты, называя себя землей свободы, продолжали проводить рабовладельческую политику. Некоторые конфессии открыто осудили рабство. В 1776 году квакеры изгнали из своих рядов всех, кто не хотел отказаться от рабовладения. Американские методисты, организовавшие в 1784 году рождественскую конференцию, выступив самостоятельной церковью, тоже запретили рабовладение среди своих единоверцев. Против рабства выступали и многие баптисты, хотя у них не было общенациональной организации, которая могла бы принять аналогичные меры.

Но с течением времени позиции начали меняться. Твердыми оставались только "друзья", число которых, впрочем, было на Юге весьма небольшим. Методисты и баптисты, пытаясь привлечь на свою сторону белых рабовладельцев на Юге, умерили свое неприятие рабства. К 1843 году свыше тысячи методистских служителей и проповедников имели рабов. Позиции других конфессий тоже были противоречивыми. Например, в 1818 году Генеральная ассамблея пресвитерианской церкви, заявив, что рабовладение противоречит Божьему закону, в то же время выступила против его отмены и лишила сана служителя, ратовавшего за отмену.

Поначалу антирабовладельческие настроения на Севере и на Юге были одинаково сильными. В 1817 году было основано Американское колонизационное общество, ставившее целью выкуп рабов, их освобождение и возвращение в Африку. Создание республики Либерия стало в значительной степени результатом работы Общества. Но подобные усилия не оказывали особого влияния на положение рабов в целом. Тем временем на Севере, где экономические преимущества рабовладения были менее заметными, аболиционистское движение усиливалось, тогда как на Юге, где экономическая и социальная система основывалась на рабском труде, события развивались в противоположном направлении. Вскоре многие на Юге начали проповедовать теорию, что рабство – институт, установленный Богом, и что оно приносит пользу даже чернокожим, так как благодаря ему они вырываются из языческой и нецивилизованной Африки и получают возможность услышать евангельскую весть. На Севере аболиционисты столь же страстно доказывали, что Бог не желает рабства. Многие члены Методистской церкви начали требовать возврата к прежней позиции – осуждению рабовладения. В 1844 году, когда Генеральная методистская конференция осудила епископа Джорджии за то, что он использовал труд рабов, церковь раскололась, и в следующем году образовалась Методистская епископальная церковь Юга. Нечто подобное произошло и у баптистов – когда их миссионерское агентство отказалось признать полномочия кандидата, представленного Баптистской конвенцией Джорджии, на том основании, что у него были рабы, образовалась Южная баптистская конвенция. В 1861 году южные пресвитерии в унисон с общим расколом в стране отделились от пресвитерианской церкви и создали собственные деноминации. Эти разногласия сохранялись вплоть до XX века, когда одним из них удалось их преодолеть, а другим – нет. Единственными крупными конфессиями, пережившими бурю без внутреннего раскола, были католики и епископальные церкви.

В 1861 году страна раскололась – южные штаты отделились и создали Конфедерацию, а затем началась Гражданская война. Во время вооруженного конфликта проповедники каждой из сторон отстаивали справедливость своего дела. По окончании войны ненависть и предубежденность сохранялись, так как после периода "реконструкции", означавшего практически военную оккупацию Юга северянами, Юг превратился в экономическую колонию Севера. Белым южанам позволялось заниматься политическими и общественными делами, если это не наносило вреда экономическим интересам Севера и его капиталовложениям в регионе. Не имея возможности излить свой гнев на северян, белые южане обратили его против негритянского населения. Страх перед чернокожими раздувался и со многих южных кафедр, и когда этот страх привел к созданию ку-клукс-клана, некоторые проповедники открыто поддержали его деятельность. Такая же ненависть по отношению к Северу и страх перед ним способствовали также росту антиинтеллектуальных и консервативных тенденций в южных церквах, так как большинство крупных учебных заведений находились на Севере, и приходившие оттуда идеи воспринимались с недоверием.

Гнев и недовольство белые южане могли изливать только на чернокожих, что они и делали. Во время реконструкции северяне поставили чернокожих на ответственные должности. Это еще больше усилило враждебное отношение к ним белых южан, и как только период реконструкции закончился, они начали ограничивать права и власть чернокожих. В 1892 году Верховный суд одобрил политику сегрегации при условии, что к чернокожим будут относиться как к "отделенным", но равным. Затем последовало принятие серии "законов Джима Кроу", лишавших чернокожих права посещать общественные места, права голоса, возможности получать хорошее образование и так далее. Одновременно южные церкви для белых продолжали проповедовать расизм и следовать ему на практике. Чернокожих, которые раньше посещали эти церкви в качестве рабов, теперь заставляли выйти из них, что в свою очередь способствовало возникновению различных негритянских деноминаций. Чернокожие баптисты организовали собственные церкви, объединившиеся впоследствии в Национальной баптистской конвенции. Чернокожие методисты основали Методистскую епископальную церковь цветных, ставшую затем Христианской методистской епископальной церковью. В то же время с чернокожими на Юге начали работать северные церкви, в частности пресвитериане и методисты.

Но предубежденность и сегрегация проявлялись и на Севере. И это еще до гражданской войны привело к образованию двух негритянских церквей, сыгравших затем важную роль среди освобожденных чернокожих на Юге: Африканской методистской епископальной церкви и Африканской методистской епископальной церкви Сиона. Первая была основана Ричардом Алленом, вольноотпущенником, ставшим первым чернокожим, рукоположенным в диаконы североамериканскими методистами. Аллен организовал в Филадельфии местную церковь для чернокожих, но неоднократные конфликты с белым руководством его конфессии в конечном счете привели к отделению от белой церкви и созданию новой деноминации. Пять лет спустя, в 1821 году, аналогичные события в Нью-Йорке привели к созданию Африканской методистской епископальной церкви Сиона. Обе эти церкви сыграли важную роль среди северных чернокожих, а после Гражданской войны – и на Юге. Они проделали также значительную миссионерскую работу в Африке.