Гус прибыл в Констанцу 3 ноября. Сразу же после прибытия, вместе с рыцарями он поселился в доме вдовы (этот дом стоит и сегодня). Папа Иоанн прибыл в Констанцу неделей ранее и отменил отлучение, которое должно было быть наложено на город в связи с появлением там Гуса, позволив горожанам участвовать в религиозных службах. Поэтому Гус не был ограничен в своем передвижении. Тем не менее он так ни разу и не покинул дом вдовы до тех пор, пока его не вызвали.

В то время как Гус жил у вдовы, Собор в Констанце официально начал свои заседания. Своей целью Собор имел прекратить Великий Раскол, поставив над всей церковью одного Папу Римского, а также положить конец ересям, которые разделяли церковь.

Сигизмунд и его свита должны были прибыть только в декабре. Вместе с прочими представителями католической церкви в городе также собрались и враги Гуса. Станислав к тому времени уже умер, но Палец был уже в Констанце, представив Папе первый список обвинений в адрес Гуса. Тот обвинялся в том, что верил в истинность всех учений Уиклифа, что, однако, было не совсем верным.

Менее чем через месяц после прибытия Гуса в Констанцу его посетили два епископа, мэр города и рыцарь. Они заявили, что пришли к нему по указанию Папы и кардинала, и сказали, что кардинал желает поговорить с Гусом.

Несмотря на то, что один из рыцарей Гуса тотчас почувствовал что-то неладное, тот успокоил его и согласился пойти.

Когда они прибыли в папскую резиденцию, кардинал сказал Гусу несколько слов и покинул комнату. Сразу же после этого к Гусу вошел францисканский богослов и, пытаясь казаться простым монахом, спросил у него, верит ли он в реманенцию. Гус ответил, что не верит. Переодетый богослов стал говорить о чем- то другом, потом остановился и снова стал прямо спрашивать Гуса, верит ли он в реманенцию. Так повторялось несколько раз, и каждый раз реформатор отвечал, что не верит.

Переодетый богослов задал еще несколько вопросов, касавшихся учения Гуса. Тот понял, что перед ним не простой монах, но не подал вида. Вместо этого он просто отвечал на задаваемые ему вопросы. В конце концов "монах" покинул комнату явно разочарованным. Когда Гус остался один, стражник сказал ему, что переодетый в монаха человек является одним из лучших богословов во всей Италии.89

Вечером рыцарям, сопровождавшим Гуса, сказали, что они могут идти домой, а сам Гус должен остаться. Взбешенный раскрывшимся обманом, один из рыцарей вспылил и в присутствии Папы и кардиналов обвинил их в вероломстве.

На это Папа Римский спокойно возразил, что он не отдавал приказа об аресте. Он попросил молодого рыцаря успокоиться и посмотреть на ситуацию глазами взрослого человека. Кардиналы заверили его, что с Гусом будут хорошо обращаться. Ведь, в конце концов, они сами позволили ему прибыть в Констанцу, чтобы защитить свои убеждения. Рыцарю не осталось ничего другого, кроме как отправиться домой. Позже в своем письме Пражскому университету Папа Римский признал, что именно он приказал арестовать Гуса.

Известие об аресте Гуса распространилось очень быстро. Когда об этом услышал Палец, он на радостях принялся танцевать, провозглашая, что на этот раз Гус от них не уйдет.

Трудно поверить, что когда-то Гус и Палец являлись очень близкими друзьями.

Восемь дней спустя Гуса посадили в подвал доминиканского монастыря, находившегося на одном из островов Констанцского озера. Там он пребывал в темной и сырой камере рядом с канализационной трубой. Находясь в темнице, Гус тяжело заболел и едва не умер. Его жизнь была спасена лишь благодаря визиту личного папского доктора и переводу в лучшую камеру.90 Тем не менее на протяжении трех с половиной месяцев Гус продолжал оставаться в заключении.

Столетия спустя застройщики превратили монастырь в роскошный отель, названный Steigenberger Insel Hotel. В путеводителе Фроммера написано, что этот отель является "лучшим местом для того, чтобы остановиться на немецкой стороне озера".91

Во время пребывания Гуса в темнице папские представители принесли ему сорок пять догматов Уиклифа и, кипя от ярости, швырнули в лицо. Они хотели узнать, поддерживает ли Гус написанное там. Тот же, глядя на их искаженные ненавистью лица, помолился Богу и попросил у Него мудрости. Сначала Гус отказался давать конкретные ответы, сказав, что он не будет признавать никаких ошибок. Неудовлетворенные услышанным, судьи стали выкрикивать саркастические замечания и угрозы немедленно вынести приговор. Успокоив их, Гус сказал, что он напишет все, что думает о догматах Уиклифа, и представит это перед Собором.

Понимая, что без помощи ему не обойтись, Гус потребовал адвоката, но ему в этом отказали. Тем не менее он написал, что не придерживается тридцати двух догматов английского реформатора, но принимает тринадцать из них, некоторые с небольшими исправлениями.

Естественно, Гус пребывал в глубоком унынии, ведь он приехал в Констанцу, чтобы защищать свои убеждения, а не взгляды Уиклифа. Что происходило вокруг? Почему все складывалось настолько странно? Гус надеялся, что ему предоставят возможность защитить себя перед Собором, а не в темной и сырой камере. Он решил действовать агрессивно. Его ответы должны были выражаться в форме протеста не только против его незаконного ареста, но также и против отказа в открытом судебном разбирательстве.