Совет Цюриха посчитал, что Кальвин был неправ в своем излишнем рвении и отсутствии милосердия к неправедным людям. Тем не менее, он обратился к властям Берна с просьбой посодействовать в переговорах с женевским правительством, чтобы Кальвину и Фарелю было позволено вернуться в город.

В мае 1538 года в Женеву от имени Кальвина и Фареля была направлена делегация, которая, однако, ни о чем не смогла договориться. Кальвин испытывал очень большую враждебность по отношению к Женеве и считал, что Бог освободил его от данного поручения.

Теперь, лишенные крова, личного имущества и служения, Фарель и Кальвин снова вернулись в тихий и спокойный Базель.

После всех пережитых испытаний Кальвин и Фарель стали очень близкими друзьями. Оказавшись в Базеле, они поселились в разных домах, обдумывая свои дальнейшие действия.

В довершение к одолевавшей Кальвина депрессии, вызванной неудачей в Женеве, он получил известие о том, что один из его друзей был отравлен и вскоре скончался. Глубоко опечаленный, Кальвин целую ночь не мог заснуть, пытаясь найти ответы на царившую вокруг несправедливость. Он был приведен в замешательство и оскорблен той неудачей, которая постигла его служение в Женеве. Чувствуя себя неспособным вести общественную жизнь, Кальвин думал о том, что Базель станет тем уединенным уголком, где он сможет спокойно учиться и писать книги. Он решил, что больше не будет иметь никакого дела с общественным служением. Кальвин считал, что человек не обязан вести подобную жизнь - постоянно служа и постоянно находясь под пристальным вниманием.

Для Кальвина это лето оказалось чрезвычайно сложным. Он продавал свои книги, чтобы заработать на жизнь. В довершение ко всему его старый друг дю Тилле прислал письмо, в котором сообщил о том, что возвращается во Францию и в лоно католической церкви. В письме задавался вопрос: является ли новое протестантское движение истинной церковью или же всего лишь очередным движением, которое вскоре просто исчезнет? Также дю Тилле спрашивал Кальвина, не является ли его изгнание из Женевы знаком свыше, свидетельствующим о том, что Бог недоволен деятельностью реформаторов. Полученное письмо ножом полоснуло по сердцу Кальвина.

Дю Тилле предложил Кальвину финансовую помощь, но тот отверг ее. Он прекрасно понимал, что если примет эти деньги, то снова окажется связанным с католической церковью, чего не желал ни при каких условиях.

Чувствуя себя покинутым и преданным, Кальвин похоронил свою боль и продолжил двигаться дальше, хотя и понятия не имел о том, куда ведет эта дорога.

Фарель получил просьбу помочь служению в Невшатели и предложил Кальвину отправиться вместе с ним, однако тот отказался. Фарель принял к сведению его позицию и отправился в путь самостоятельно.

Кальвин остался один, думая, что его общественное служение - а возможно, и репутация, над созданием которой он трудился большую часть своей жизни, - подошло к концу. Его мысли путались, а сам Кальвин ощущал несправедливость, вызванную тем, что злые мотивы взяли верх над добрыми. Он полностью посвятил свою жизнь Богу, и теперь что у него осталось? Кальвину казалось, что у всех окружавших его людей все было в порядке и лишь он один страдал. Он чувствовал себя одиноким, оставленным наедине со своими проблемами. В это трудное время обжигающе горячие ветра испытаний дули на Кальвина отовсюду. Однако его время еще не пришло.

В июле Кальвин решил отдохнуть от Базеля и отправился в Страсбург, где его познакомили с очень уважаемым реформатором по имени Мартин Букер. Букер пригласил Кальвина перебраться в Страсбург и стать пастором церкви, прихожанами которой являлись пятьсот французских беженцев. Французов с радостью принимали в городе, однако они чувствовали себя в изоляции, потому что большую часть населения Страсбурга составляли немцы. Французский пастор был бы там очень кстати.

Мартин Букер имел очень интересную биографию. Он стал протестантом, услышав, как Мартин Лютер защищал свою позицию во время известных Дебатов в Хайдельберге, прошедших в 1518 году. Вскоре после этого он вместе с тремя друзьями возглавил Реформацию в Страсбурге. Букер снискал уважение после того, как ему удалось примирить Ульриха Цвингли и Лютера, которые расходились в своем отношении к Вечере Господней. Теперь же Букер приглашал Кальвина прибыть в Страсбург и использовать там свои дары в деле Реформации.

К Кальвину вернулась его боязнь неудачи, и он категорично отклонил приглашение. Хотя в Страсбурге ему не пришлось бы иметь дело с городскими властями, воспоминания о женевском провале никак не оставляли душу реформатора. Вернувшись в Базель, Кальвин обнаружил дожидавшееся его очередное приглашение прибыть в Страсбург. Однако на этот раз Букер прибег к испытанному еще Фарелем способу завоевать Кальвина. Он написал: "Бог знает, как Ему достать Своего мятежного раба, как Он достал и Иону".28

К Кальвину снова пришло уже порядком позабытое ощущение - ощущение призвания и судьбы. Этот суровый упрек поразил Кальвина до глубины души, и он изменил свое решение. Несмотря на свою боль, Кальвин испытывал здоровый страх перед Господом.

1 сентября Кальвин, отправившийся в путь на корабле по Рейну, прибыл в Страсбург, где снова стал пастором.

Страсбург являл собой полную противоположность Женеве. Евангельское поклонение практиковалось в городе уже на протяжении четырнадцати последних лет. Букер и другие реформаторы прекрасно поработали, организовав церкви с действующими программами, поощрявшими активное участие прихожан в жизни церкви. Страсбург представлял собой процветающий центр Реформации, и, казалось, Кальвин и французская церковь идеально подходили друг другу.