Это была версия самолета Ju 88G-6, оснащенная дополнительными топливными баками. Фюзеляж был удлинен на 2235 мм.

Весной 1945 года была построена небольшая серия этих самолетов, которые были использованы в качестве составной части конструкции «Mistel».

Весной 1942 года RLM выдал техническое задание на самолет-разведчик дальнего радиуса действия, предназначенного для полетов над Атлантикой. Юнкерс представил модификацию самолета Ju 88D. которую назвали Ju 88Н. У нового разведчика фюзеляж был удлинен на 2575 мм и увеличен размах крыльев. Подфюзеляжную гондолу убрали. Экипаж самолета насчитывал три человека. Силовая установка состояла из двух двигателей БМВ 801. Самолет оснастили тремя фотокамерами Robot Rb 70/30 и 50/30, а также радаром FuG 200 Hohentweil. Вооружение самолета состояло из двух пулеметов MG 8, расположенных под фюзеляжем в сдвинутой влево установке WT 81Z, одного MG 811. установленного в правом лобовом окне и одного MG 811 в задней установке.

Прототип Ju 88Н-1, которым был Ju 88V89 (RCi+RP. W.Nr. 430820) с двигателями BMW 801 ML, поднялся в небо 2 ноября 1943 года. В том же месяце был облетан и второй прототип Ju 88V90 (W.Nr. 430821).

Серийные самолеты Ju 88Н-1 имели дальность полета от 4680 до 5130 км. На самолеты устанавливали радар FuG 220 Lichtenstein SN-2 и двигатели BMW 801D.

Самолет Ju 88Н-2 был дальним истребителем (Zerstoerer). На самолеты этой модификации не ставили радаров и фотокамер. В цельнометаллической носовой части фюзеляжа устанавливали две пушки MG 151/ 20 и еще четыре MG 151/20 подвешивались в контейнере, под фюзеляжем.

На заводе в Мерсенбурге изготовили по десять самолетов Ju 88H-I и Ju 88Н-2.

В 1944 году появились очередные модели Ju 88Н. У Ju 88Н-3 и Ju 88Н-4 фюзеляж был удлинен на 3157 мм (встроен еще один сегмент). Образовавшийся внутренний объем был занят дополнительным топливным баком. На самолеты установили двигатели Jumo 213А-12 мощностью 1305 кВт/ 1776 л.с., оснащенные форсирующим устройством MW 50. Самолет Ju 88Н-3 был предназначен для разведки, а Ju 88Н-4 должен был стать истребителем.

На самолете Ju-88A-2 была предусмотрена возможность установки ракетных ускорителей Вальтер HWK-500 Rauckgerate. Ракетные ускорители, подвешенные под внешние секции крыла, облегчали взлет перегруженного самолета. Отработавшие ускорители сбрасывались на парашютах.

В носовой части фюзеляжа видны узлы крепления устройств для резки тросов аэростатов воздушного заграждения.

Бои на Восточном фронте выявили значительный численный перевес советских танковых войск над Панцерваффе. Среди многих мер, принятых для исправления ситуации, немцы создали несколько моделей самолетов-истребителей танков. Одним из таких самолетов стал Ju 87G, созданный на базе пикирующего бомбардировщика. Кроме того, появилась соответствующая модификация и Ju 8В. Были сформированы специальные эскадрильи истребителей танков (Panzerjaegerstaffeln). Первыми самолетами, направленными в эти эскадрильи стали серийные Ju 88А-4, вооруженные пушкой KwK 39 L/50 калибра 75 мм (это была немного модифицированная серийная пушка). Пушку устанавливали в подфюзеляжной гондоле и оснащали противооткатным устройством и дульным тормозом. Боезапас разместили в бомбоотсеке. «Глаз жука» остался без изменений, но кабина получила дополнительное бронирование.

Самолеты испытывали в Тарневитце. Испытания показали недостаточную устойчивость и резкое падение максимальной скорости. Во время ведения огня наблюдались повреждения шасси и пропеллеров. В последствии пушку KwK 39 заменили на ВК 7.5 cm калибра 75 мм (ВК – сокращение от Bordkannone – бортовая пушка. Пушку ВК 7.5 cm создали на базе противотанкового орудия Рак 40, которое имело отличные баллистические качества и пробивала броню всех типов советских танков, включая тяжелые тани ИС.), характеризовавшуюся лучшими баллистическими качествами. Как и предыдущая модель, пушка ВК 7.5 cm оснащалась дульным тормозом. Испытания нового орудия оказались более обнадеживающими.

Внутренняя бомбовая нагрузки на варианте Ju-88A-15 была доведена до 3000 кг.

Jn-88A-4 из III Gruppe/Lehrgeschwader-1. Самолет Ju-88A-4 – являлся основной бомбардировочной модификацией, ни самолете были установлены двигатели JUMO- 211J и крыло увеличенного размера.

Ju-88D из 2./Aufklarungsgruppe-22, Россия.

Прототипом серии Ju 88Р-1 был самолет Ju 88V54 (W.Nr. 1881), облетанный в 1942 году. Ju 88Р-1 характеризовался цельнометаллическим носом. В задний части подфюзеляжной гондолы, вмещавшей ВК 7.5 cm и 4 MG 81, располагалась и нижняя установка с MG 81Z. в задней установке монтировали два MG 811. а в передней части кабины было предусмотрено место для еще одного MG 811.

В начале 1943 года Ju 88Р-1 были испытаны в Опытной группе истребителей танков (Versuchkommando fuer Panzerbckampfung). В 1943 году Юнкерсы Ju 88Р-1 были направлены в 92-ю эскадрилью истребителей танков (Panzerjaeger Staffel 92). которая подчинялась командиру противотанковой авиации (Fuehrer der Panzerjaeger), а затем вошла в состав 111./ KG 1 Hindenburg.