Третьего июля «С-7» вышла в район между Виндавой и Либавой. Поход оказался безрезультатным (вечером 19 июля у Виндавы субмарина обнаружила немецкий конвой, но из-за мелководья атаковать его не удалось), и 22 июля лодка вернулась в бухту Триги.

В конце июля «С-7» перешла в Ленинград, где начала подготовку к перебазированию на Север, однако 31 августа немцы вышли к Неве, и переход отменили. К счастью для «С-7» и её командира, в сентябре был отменён и авантюрный план прорыва на Север через балтийские проливы. В октябре сорок первого советское командование ожидало появления тяжёлых немецких кораблей возле Кронштадта, и «С-7» находилась на «позиции ожидания» между Лавенсари и Гогландом. Стрелять по «Тирпицу» и «Шееру» Лисину не пришлось, зато в ноябре его лодка была использована в качестве надводного артиллерийского корабля — она неоднократно обстреливала район Нарвы, выпустив за несколько дней около трёхсот 100-мм снарядов. Всю первую военную зиму «С-7» простояла в Ленинграде у Дворцового моста, где 16 декабря получила незначительные повреждения от близкого разрыва трёх снарядов.

Настоящая боевая работа лодки началась в тысяча девятьсот сорок втором.

Строго говоря, лодкам типа «С» нечего было делать на закрытых морских театрах — на Балтике и Чёрном море. По своим тактико-техническим данным (водоизмещение 840/1070 тонн, длина 78 метров, ширина 6,5 метров, скорость хода 19/9 узлов, два дизеля по 2.000 л.с., два электродвигателя по 550 л.с., четыре носовых и два кормовых 533-мм торпедных аппарата с боекомплектом из 12 торпед, одно 100-мм и одно 45-мм орудие, экипаж 36–46 человек, автономность 30 суток) «эски» были близки к немецким океанским лодкам IX серии и к американским «эскадренным» лодкам и предназначались для действий в открытом море, вдали от своих берегов, — для атак конвоев и соединений крупных надводных кораблей. А в тесном и мелководном Финском заливе, нашпигованном тысячами мин, этим субмаринам было не развернуться — их высокая надводная скорость оказалась невостребованной. Однако война пошла совсем не так, как предполагалось, и советским подводникам пришлось воевать там, где пришлось.

Подводная лодка «С-7»

5 июля 1942 года «С-7» покинула передовую базу Балтийского флота — Лавенсари (остров Мощный). Пройдя ночью в надводном положении минное заграждение «Юминда», лодка направилась к западу от острова Готланд — в Норчёпингскую бухту, — имея задачу «уничтожать все транспорты и неприятельские военные корабли за исключением военных кораблей шведского флота». Утром 9 июля, когда «С-7» находилась в международных водах, она была атакована шведским патрульным самолётом. Шведы весьма своеобразно понимали свой нейтралитет — их корабли и самолёты преследовали и атаковали советские подводные лодки. И наши подводники не церемонились с грузовыми судами под шведским флагом, перевозившими железную руду для фашистской Германии.

Вечером того же дня «С-7» неудачно атаковала двумя торпедами пароход «Норег», принадлежащий Швеции, а через четыре часа потопила шведский транспорт «Маргарета», 1.300 брт, с грузом угля из Германии. При выстреле торпеда застряла в торпедном аппарате, и подводной лодке пришлось всплывать и догонять судно. Вторая атака оказалась успешной — транспорт затонул. 14 июля ко дну пошел шведский рудовоз «Лулео», 5.600 брт, шедший в охранении шведских сторожевиков «Снаппханен» и «Ягарен», которые безрезультатно сбросили на лодку около тридцати глубинных бомб. 14 июля «С-7» ещё дважды выходила в атаку, но оба раза неудачно.

Хотя оба судна были потоплены за пределами шестимильной зоны территориальных вод Швеции, шведы заявил протест. Чтобы не обострять международные отношения, «С-7» была отозвана и направилась в район Виндавы. Там она утром 27 июля атаковала германский транспорт «Эллен Ларсен», 2.000 брт, но торпеды прошли мимо. Тогда Лисин всплыл, чтобы уничтожить транспорт артиллерией, однако на втором залпе вышло из строя 100-мм орудие (заклинило замок). Тем временем транспорт выбросился на отмель, и подоспевшие немецкие сторожевые катера не дали его добить.

Реванш был взят 30 июля. У Павилосты, в районе с малыми глубинами, стреляя из позиционного положения, «С-7» на глазах у береговых постов наблюдения двумя торпедами потопила транспорт «Кате», 1.600 брт. Последняя оставшаяся торпеда была использована для атаки одиночного судна у мыса Стейнорт утром 5 августа. Им оказался финский пароход «Похьянлахти», 700 брт, шедший с грузом картофеля. Торпеда прошла мимо, и командир подводной лодки атаковал судно артиллерией. Решение было рискованным: исправить 100-мм орудие не удалось, а топить транспорт, пусть даже небольшой, из «сорокапятки» зенитными осколочно-трассирующими снарядами — дело долгое. И всё-таки Лисин рискнул.

Чтобы сделать из «Похьянлахти» решето, на него пришлось потратить 180 снарядов и более получаса времени. Транспорт загорелся и медленно начал погружаться. От гибнущего судна отвалили две шлюпки, в одной из них находился его капитан с комплектом судовых документов и карт. Взяв на борт пленных, «С-7» 11 августа благополучно вернулась в базу, завершив один из самых удачных походов советских субмарин в Великую Отечественную войну: лодка потопила четыре судна (9.200 брт) и одно (2.000 брт) повредила. Весь экипаж «С-7» был награждён, командир представлен к званию Героя Советского Союза, а сама лодка должна была стать гвардейским кораблем.

Лисин оказался одним из самых результативных советских подводников — его «С-7» на Балтике уступила только «С-13» Маринеско и «Л-3» Грищенко и Коновалова. Причём немаловажно, что такого результата Лисин добился всего за один полуторамесячный поход, проведя несколько торпедно-артиллерийских атак. Маринеско потопил два крупных судна — «Вильгельм Густлов» и «Генерал Штойбен» — общим водоизмещением 40.000 тонн, что резко увеличило итог, а на боевой счёт «Л-3» были записаны не только торпедированные суда, но и подорвавшиеся на выставленных ею минах (а таковых было немало).