Вернадскому довелось пережить резкие смены общественной и государственной систем России. После двух анархических революций 1917 года и Гражданской войны вспыхнувшие страсти долго не утихали.

Реконструировать обстановку того времени чрезвычайно трудно. Продолжалось революционное и контрреволюционное брожение, что вполне естественно после коренных социально-экономических преобразований Российской империи. Построение небывалой в истории общественной формации шло не по каким-то гениальным генеральным планам теории Маркса и Ленина, а во многом — вынужденно — примитивным методом проб и ошибок.

Оставались миллионы активных или пассивных противников советской власти. Продолжали будоражить общество энтузиасты борьбы за полное обновление культуры. Иосиф Сталин и Николай Бухарин заговорили о возможности построения социализма в одной стране. Это возмутило Льва Троцкого и других сторонников мирового революционного пожара, в котором русскому народу была уготована роль «горючего материала». Обострялись идейные разногласия внутри правящей партии.

В Советской России только Академия наук оставалась принципиально беспартийной организацией, во многом сохранившей дореволюционные традиции. Вернадского и учёных «старой школы» это вполне устраивало. В академии не было ни одного коммуниста.

Так продолжалось недолго.

В июне 1929 года Владимир Иванович написал сыну в США: «Сейчас в России страшное время — идёт террор, борьба против христианства, бессмысленная жестокость, идёт, несомненно, столкновение с русским крестьянством. Машина коммунистическая действует прекрасно, воля огромная, — но мысль остановилась, и содержание её мертвое. А затем малограмотные, ограниченные и бездарные люди во главе, — а затем огромное количество воров и мошенников… Их очищают, но они лезут лавиной».

К этому времени возникла «советская буржуазия». Ситуация в стране, с учётом внешних враждебных сил, была значительно сложнее, чем мог предполагать Вернадский. Тем более что он и не вникал всерьёз, как, скажем, А. Е. Ферсман, в проблемы государства и партийных конфликтов.

Что касается борьбы против христианства, то было строго секретное постановление за подписью Л. Троцкого о необходимости суровых репрессий в отношении церкви и священнослужителей. Однако Владимир Иванович не мог знать, что 16 августа 1923 года вышло строго секретное (!) постановление ЦК ВКП(б). В частности, там говорилось:

Подпись: «Секретарь ЦК И. Сталин».

Это не означает, будто Сталин втайне исповедовал православие. Он и некоторые другие партийные руководители не были воинствующими атеистами. (Через десяток лет, давая распоряжение помощникам расставлять книги в своей библиотеке, последним пунктом Сталин указал: «антирелигиозная макулатура»; пожалуй, он склонялся к пантеизму.)

Правда, один из главарей воинствующих атеистов Емельян Ярославский (Миней Губельман) оставался на высоких постах до конца своих дней, а в 1939 году стал академиком АН СССР. Среди коммунистов была влиятельная группа активных борцов с «опиумом для народа», как называл религию Карл Маркс. С ними вынуждены были считаться те, кто занимал более терпимую позицию (И. Сталин, М. Калинин, В. Молотов).

О столкновении с крестьянством Владимир Иванович писал в связи с началом коллективизации. Эту акцию он поначалу считал вредной, но со временем убедился в её необходимости и своевременности, о чём признался сыну во время Великой Отечественной войны.

В довоенные годы, когда в стране активизировались не только воинствующие атеисты, но и борцы против «русского национализма», Вернадский записал в дневнике, что надеется на победу группы Сталина — Молотова. Для себя избрал положение «над схваткой», ограничиваясь научной работой.

Из его письма историку академику В. П. Волгину: «Успех социального строительства — всякого — прежде всего связан с новым научным творчеством. Я сам идейно чужд и капиталистическому, и социалистическому строю…

То, что совершается сейчас в научной мысли, — по существу, глубже и сильнее и важнее для человечества всех происходящих сейчас социальных переустройств… Всецело проникнутый участием в таком научном творчестве и иначе, чем другие, его сознавая, я стихийно аполитичен».

Такая позиция отражает его представления о роли научной мысли как планетного явления. Хотя не всегда он был «стихийно аполитичным». Вот что говорил он на одном из совещаний в КЕПС:

«Ход времени наложил на нас, натуралистов, огромную историческую нравственную ответственность. В трудную и тяжелую эпоху социальных опытов небывалого в человечестве масштабов, экономической разрухи, связанной с войной, внешней и междоусобной… нам приходится творить нашу научную работу. И это наше творчество теснейшим образом связано, — я скажу, стихийно и неизбежно по сути вещей, — со строительством основ жизни. Социальные основы существования народов, каковы бы они ни были и какую бы форму ни принимали, являются лишь надстройкой на более глубоком фундаменте жизни. Этим более глубоким фундаментом является потенциальная энергия страны и населяющих её народов, которая исторической жизнью и социальным строительством приводится в полезное для жизни активное состояние — в народное богатство».