Инициатор создания Русского археологического института в Константинополе Федор Иванович Успенский, прежде чем занять пост директора РАИК, окончил курс на историко-филологическом факультете Санкт-Петербургского университета. Защитив магистерскую диссертацию «Никита Акоминат из Хон» (1874), был избран в штатные доценты советом Новороссийского университета и в этом звании ездил для научных занятий за границу (главным образом во Францию и в Италию). В 1879 году защитил докторскую диссертацию «Образование второго болгарского царства», после чего был избран профессором Новороссийского университета. В 1890 году его утверждают ординарным академиком Академии наук, а с 1900 года он становится академиком Петербургской академии наук.

С самого начала своей ученой деятельности Успенский считал своей специализацией изучение истории Византии и южнославянских стран. Этой тематике были посвящены и его лекции в Новороссийском университете: «О значении византийских занятий в изучении средневековой истории». Во время заграничных экспедиций внимание его тоже было сосредоточено на византийских и славянских рукописях. По его инициативе при РАИК был основан ученый печатный орган — «Известия Русского археологического института в Константинополе», в котором публиковались его научные исследования о военном устройстве Византии, о византийской табели о рангах, о церковных имуществах, а также отчеты о деятельности института. Из Константинополя Успенский совершил несколько археологических экспедиций в Сирию и Палестину.

Решающую поддержку в практическом осуществлении грандиозного замысла по открытию в Константинополе русского научного заведения сыграли тогдашний российский посол в Турции Александр Иванович Нелидов и государственный контролер Тертий Иванович Филиппов. Нелидов неоднократно настаивал на немедленном захвате Босфора, полностью разделяя концепцию ряда российских политиков о радикальном решении «восточного вопроса». В результате своих необдуманных, зачастую поспешных действий он был освобожден от занимаемого поста и в 1897 году стал российским посланником в Риме. Госконтролер Филиппов был не менее радикален в своих убеждениях: он был яростным защитником сохранения единства православной церкви и непримиримым противником болгарской церковной автокефалии.

Нелидов и Филиппов были убеждены, что русское научное учреждение в Стамбуле является хорошим подспорьем для решения внешнеполитических задач России и может содействовать укреплению ее нравственного авторитета среди балканских православных народов. Благодаря неоценимому содействию Филиппова и Нелидова русские ученые-византинисты института, возглавляемого директором, известным славистом и византинистом Федором Ивановичем Успенским, и учеными секретарями (П.Д. Погодиным, Б.В. Фармаковским, Р.Х. Лепером, Б.А. Панченко, Ф.И. Шмитом, Н.Л. Окуневым), широко развернули научные исследования практически на всей территории бывшей Византийской империи.

Ученый Е.Ю. Басаргина отмечала, что с первых шагов после создания РАИК «был окружен заботой своих высоких покровителей. Нелидов, первые три года ex officio являвшийся почетным председателем РАИК, успел оказать вверенному ему институту неоценимую услугу: перед отъездом посла из Константинополя султан Абдул-Хамид II, «желая ему сделать приятное», даровал РАИК право проводить раскопки по всей территории Оттоманской империи с правом сохранения за институтом половины находок». А благодаря авторитету Филиппова, по утверждению исследователя, в греческих церковных кругах перед сотрудниками института распахнулись двери афонских монастырей и афонские монахи предоставили ученым свои бесценные рукописные сокровища.

Приобретя известность и популярность, директор института Успенский занялся международной политикой, которая, впрочем, по утверждению ученых, никогда не отражалась на работе учреждения. Е.Ю. Басаргина писала, что Успенский «направил деятельность РАИК в русло славяноведения и добился в этой области блестящих успехов. Благодаря Успенскому честь открытия столицы Второго болгарского царства Абобы-Плиски принадлежит именно РАИК. Результатом тесного сотрудничества со славянскими учеными явилось создание в 1911 г. Славянского отделения при РАИК».

Впечатляли результаты археологических работ сотрудников института и в самом Константинополе: была изучена мечеть Кахрие-Джами, и Ф.И. Шмитом написана о ней работа. Археолог и ученый Б.А. Панченко исследовал Студийский монастырь и опубликовал монографии о его рельефах, он также изучал археологические остатки Большого дворца, квартала Св. Евгения и других исторических памятников.

Сотрудники института уделяли большое внимание сохранению христианских храмов. Царское правительство жертвовало значительные суммы на реставрацию памятников культуры.

В одной из своих работ Е.Ю. Басаргина отмечала, что «авторитет РАИК в области изучения археологии и топографии Константинополя был столь высок, что западные ученые после закрытия РАИК в 1914 г. некоторое время не решались приступать к археологическим работам в столице, считая, что это «вотчина» русских и ожидая их возвращения, которого, впрочем, не последовало…».

Одним из организаторов РАИК и сподвижником директора Ф.И. Успенского был Н.П. Кондаков, к тому времени уже маститый ученый, византинист, непревзойденный знаток древнего искусства Европы, Африки и Ближнего Востока. Никодим Павлович много путешествовал, знакомясь с памятниками искусства в Крыму, Грузии, Италии, Турции, Египте, Греции, Сирии, Палестине и других регионах и странах. Кондаков был академиком Петербургской академии наук и почетным членом ряда российских духовных академий.