Параллельно с переселением Черноморского войска правительство планировало осуществить военно–казачью колонизацию земель по р. Кубани от крепости Усть–Лабинской до ее верховий. Высочайшим рескриптом от 28 февраля 1792 г. повелевалось заселить это пространство донскими казаками в количестве 3 000 семей из 6 донских полков, служивших в это время на линии. Узнав об этом решении, донцы взбунтовались и, оставив на Кубани старшин и полковые знамена, бежали на Дон.

Переселение на Кубань началось лишь в 1794 г. после усмирения казачьих восстаний. Переселенцы образовали станицы Темнолесскую, Воровсколесскую, Прочноокопскую, Григориполисскую и Усть–Лабинскую, которые составили Кубанский полк.

В 1802 г. на Кубанскую линию переселилось 3 277 казаков бывшего Екатеринославского войска. Они основали станицы Ладожскую, Тифлисскую, Казанскую и Темишбекскую. Жители этих станиц образовали особый казачий полк, названный Кавказским, Через два года переселенцами из Змиевского и Изюмского уездов была основана пятая станица, вошедшая в состав Кавказского полка, — Воронежская.

В 1824 г. по ходатайству главнокомандующего отдельным Кавказским корпусом генерала Ермолова правительство приняло решение перевести на Кубань хоперских казаков. Хоперцы начали переселение с осени 1825 г. и окончательно осели на новом месте в 1827 г. Они основали станицы Баталпашинскую, Беломечетскую, Невинномысскую, Барсуковскую (на р. Кубани), Бесленеевскую, Карантинную (на р. Куме).

Долгое время казачьи полки, поселенные на Кавказской линии, не имели общей организации и лишь в 1832 г. были объединены в Кавказское линейное казачье войско. Именно линейные казаки осуществляли такую крупную военно–колонизационную меру, как освоение Новой, или Лабинской линии.

Проект сокращения Кубанской кордонной линии и устройства новой линии на р. Лабе предложил еще в 1839 г. генерал Засс. На следующий год после ряда доработок решение о переносе верхней линии с Кубани на Лабу было принято. Для реализации этого плана специально сформированный Лабинский отряд под командой того же Засса открыл военные действия против горцев на пространстве от Лабы к р. Белой. Для перекрытия линии от нападения к осени 1840 г. было выстроено три укрепления: Зассовское, Махошевское и Темиргоевское.

В следующем году в междуречье Кубани и Лабы появились станицы Вознесенская, Чамлыкская, Урупская, Лабинская. Жители этих станиц (линейцы, донцы и женатые чины регулярных войск) образовали Лабинский полк Кавказского линейного казачьего войска. Первые четыре станицы Новой линии послужили «как бы главными операционными точками, от которых пошло дальнейшее заселение края по разным направлениям». Всего же на Новой линии к 1861 г. было основано 32 станицы вместо 14 по первоначальному плану.

В 1860 г. произошло серьезное переустройство в казачьих войсках на Северном Кавказе. Черноморскому войску повелевалось именоваться Кубанским казачьим войском, к нему добавлялось шесть бригад из Кавказского линейного войска (оставшиеся линейные части образовали Терское казачье войско).

Таким образом, к Кубанскому войску отошла значительная часть Кавказского казачества — Старая и Новая линия.

С образованием Кубанского войска и Кубанской области были проведены новые и еще более обширные мероприятия по заселению закубанских земель. По плану графа Евдокимова было решено переселить за Кубань в 1861 г. шесть станиц 1–го Хоперского полка и две черноморских станицы из Ейского округа. Но этот проект встретил сильную оппозицию в казачьей среде. Ни линейцы, ни черноморцы не желали переселяться целыми станицами, так как это было бы крайне разорительно для них. Казаки лишались разом всего нажитого многолетними трудами недвижимого имущества. За выселением целых станиц его некому было и сбыть. Однако граф Евдокимов продолжал настаивать на исполнении проектируемых им мер. Дело крайне обострилось и шло к кровавой развязке. Среди казаков начались волнения. В конце концов неудачная попытка колонизации Закубанья целыми станицами была заменена (по рескрипту императора Александра II от 24 июля 1861 г.) системой вызова охотников (т. е. желающих) и порядком назначения недостающего количества людей по жребию.

В это же время в штабе Евдокимова спешно принялись за составление особого положения о заселении предгорий Западного Кавказа по системе прежних переселений. Проект этого положения был разработан начальником штаба генералом Забудским и полковником Кравцовым в течение одной недели и отправлен в Тифлис. 10 мая 1862 г. положение было «Высочайше утверждено». В нем определялись границы будущих казачьих поселений и требуемое количество семей. Из назначенных 17 000 человек более 12 000 выделяло Кубанское войско, 1200 — Донское, чуть более 800 — Азовское. Кроме того, часть переселенцев составляли государственные крестьяне и женатые нижние чины Кавказской армии. Переселение планировалось провести за шесть лет. Список семей на переселение определялся по жребию, но допускались и охотники. В семье должно было быть не менее одного служащего казака. Разрешался наем одного семейства другим. Переселенцы получали определенные пособия и льготы от казны и войска: подъемные и на первоначальное образование полков и бригадных округов.

Заселение Закубанья проводилось очень энергично и в широких масштабах. За четыре года было основано более 80 крупных казачьих поселений. Поспешность, диктуемая военными обстоятельствами, определила неудачный выбор места для многих станиц. Вскоре ряд из них пришлось упразднить, другие перевести в новые места или расселить. Часть горных станиц, по мере убыли их населения вследствие различных неблагоприятных факторов, переименовали в поселки. Первоначальные названия отдельных станиц впоследствии были заменены другими.

С занятием западных предгорий Кавказа заканчивается военно–казачья колонизация Кубани. Дальнейшее расселение казачества по Кубанской области является уже результатом внутреннего перераспределения наличного населения.

Новый этап в заселении кубанских земель начинается в 1868 г.; когда всем русскоподданным было разрешено в собственность приобретать во всех казачьих войсках без исключения дома и всякого рода строения, не испрашивая на это согласия властей или станичных обществ. Но это уже было добровольное освоение края гражданским населением о котором речь ниже.