Основным источником при написании книги, кроме опубликованных документов и газет 1920-х гг., являлись материалы ряда центральных архивов — Российского государственного архива новейшей истории (РГАНИ — фонд КПК при ЦК КПСС), Российского государственного архива социально-политической истории (РГАСПИ — фонды ЦК КПСС и Дальбюро ЦК), Государственного архива Российской Федерации (ГА РФ — фонд наркомата РКИ). Крайне важны также материалы партийных организаций (от фондов губкомов до партячеек местных органов безопасности), советских и судебно-следственных органов, хранящиеся в Государственном архиве Новосибирской области (ГАНО), Государственном архиве Омской области (ГАОО) и Центре документации новейшей истории Омской области (ЦДНИОО), Государственном архиве Кемеровской области (ГАКО), Государственном архиве Читинской области (ГАЧО), Центре хранения архивных фондов Алтайского края (ЦХАФАК), Центре документации новейшей истории Томской области (ЦДНИТО), Тюменском областном центре документации новейшей истории (ТОЦДНИ), Центре документации новейшей истории Иркутской области (ЦДНИИО), Центре хранения и изучения документации новейшей истории Красноярского края (ЦХИДНИКК), документы ряда других региональных архивов.

Материалы партийных организаций всех уровней (от Сиббюро ЦК РКП(б) до райкомов), Сибревкома, суда и прокуратуры, а также архивно-следственные дела на реабилитированных лиц содержат большое количество сведений и о репрессивной деятельности чекистов, и об их кадровом составе, и о взаимоотношениях ВЧК-ОГПУ с властными структурами. Особенную ценность имело изучение около 100 прекращённых следственных дел, хранящихся в Отделе спецдокументации управления архивным делом администрации Алтайского края (ОСД УАДААК), управлении ФСБ РФ по Новосибирской области, а также в ряде фондов ГАНО. Несмотря на обилие фальсифицированной информации, следственные дела, особенно начала 1920-х гг., нередко содержат исключительно ценные агентурно-оперативные материалы, позволяющие выявить механику фабрикации дел сибирскими чекистами. При критическом прочтении даже глубоко тенденциозный источник способен дать многое, особенно если в нём присутствуют факты, противоположные тенденциозной направленности документа.

Отметим, что современные юристы, занимающиеся реабилитацией и зачастую не считающие нужным вдаваться в подробности того или иного дела, не всегда объективны в правовых оценках, подчас — например, при рассмотрении дел чекистов — реабилитируя и явных фальсификаторов, и тех, кто совершал иные преступления. Парадоксально, но очевидные ошибки прокуратуры могут иметь большое позитивное значение для историков, изучающих весьма содержательные дела на реабилитированных чекистов.

Документы по кадровому составу органов безопасности распылены по разнообразным партийным фондам. В них можно найти личные партийные дела и учётные карточки коммунистов, протоколы с решениями контрольных комиссий по персональным делам, материалы партийных чисток, партийные переписи 1922 и 1927 гг., протоколы заседаний бюро губкомов, окружкомов, горкомов и райкомов ВКП(б). Фонды парторганизации полпредства ОГПУ по Сибири, партячеек местных органов ОГПУ, а также апелляции чекистов, наказанных в партийном порядке, сохранившиеся в фондах контрольных органов партии, вплоть до КПК при ЦК ВКП(б), дают ценный материал о повседневной жизни работников ВЧК-ОГПУ.

В связи с обилием имеющихся источников вряд ли можно согласиться с доводами В.И. Исаева и А.П. Угроватова, считающих, что в доступных сибирских архивах отложились в основном «противоречивые» материалы с компрометирующими и потому не дающими объективной картины сведениями на чекистов [27] . На самом деле, в государственных архивохранилищах можно ознакомиться не только с информацией (заведомо неполной!) о нарушениях законности и моральных прегрешениях со стороны «людей искореняющей профессии», но и с многочисленными наградными документами и положительными характеристиками на работников ВЧК-ОГПУ (например, ГАНО, ф. 47, ф. 911, ф. п-1, п-2 и др.). В целом выявленные архивные документы, несмотря на их зачастую выраженную тенденциозность, позволяют предложить как новые факты и подходы, позволяющие составить цельную картину репрессивной и повседневной деятельности ВЧК-ОГПУ Сибири, так и оспорить некоторые мнения, зафиксированные в новейшей историографии.

Очень важную помощь в работе над книгой оказали автору А.И. Савин и К.В. Скоркин. Ценными являются материалы, предоставленные тарским краеведом В.П. Ермоловичем, а также замечания О.И. Капчинского и известных сибирских историков С.А. Красильникова и В.И. Шишкина.

Создание органов советской политической полиции началось полтора месяца спустя после прихода к власти большевиков. Образование ВЧК традиционно объяснялось резко обострившейся обстановкой в Петрограде. Однако, напротив, такая обстановка как раз и препятствовала созданию нового органа по борьбе с контрреволюцией. Реально роль аппарата Совета Народных Комиссаров выполнял Петроградский Военно-революционный комитет, который с 29 октября 1917 г., когда в него были включены 13 представителей ВЦИК, превратился во всероссийский орган — BPK при ВЦИК.

Именно ВРК играл ведущую роль в наведении «революционного порядка», в борьбе с массовой забастовкой служащих, организации наркоматов и решении других неотложных проблем. Фактически он подменял бессильный Наркомат внутренних дел. Деятельность самостоятельного Военно-революционного комитета, сумевшего создать многофункциональный аппарат и подведомственного не правительству, а Петроградскому Совету, а затем ВЦИК, вызывала подчас серьёзные трения с СНК и его главой В.И. Лениным, в результате чего 5 декабря 1917 г. ВРК был распущен.

Считать, что ВРК якобы выполнил возложенные на него задачи, вряд ли обоснованно. Большинство наркоматов к этому времени практически бездействовало, а обстановка в Петрограде была крайне накалена массовыми винными погромами, бесчинствами пьяных люмпенских толп и солдатни. Положение усугублялось мощной забастовкой подавляющей части аппарата министерств и ведомств, постепенно приобретавшей всероссийский характер. Именно в этот острейший период ВРК был ликвидирован.

5 декабря 1917 г. Совнарком рассмотрел вопрос о саботаже госслужащих и постановил «поручить т. Дзержинскому составить особую комиссию для выяснения возможностей борьбы с такой забастовкой путём самых энергичных революционных мер». На следующий день Дзержинский сделал доклад о задачах, первоначальном составе и структуре комиссии. Совнарком одобрил её создание, постановив назвать Всероссийской чрезвычайной комиссией при СНК по борьбе с контрреволюцией и саботажем.