Роговские погромы Кузнецка и Щегловска (Кемерова) выделяются на фоне партизанских бесчинств. Но следует отметить, что, например, о заслугах оперировавшего в Ачинском уезде партизанского вожака М.X. Перевалова бывший председатель Енисейской губчека И.Г. Фридман говорил, что тот способен «не моргнув, вырезать 600, на его взгляд, контрреволюционеров» [37] .

Изощрённые пытки, а также массовые убийства пленников и деревенских «буржуев» практиковались в большом — порядка 300 бойцов — алтайском отряде М.3. Белокобыльского. Как вспоминал один из партизан, «отряд его был чисто грабительский, к нему попали отъявленные воры, уголовные, которые окружили его, но боевые были, положили тысячу голов, если не больше… Белокобыльский грабленое себе не брал, но массу такую удержать один не мог». Партизанский вожак И.Я. Огородников во время поисков штаба Белокобыльского в Старой Тарабе увидел в этом селе «три воза трупов на простых дровнях… человек так до десяти на возу… все были нагие, обезображены… обрезаны носы, уши, выколоты глаза, тела вспороты нагайкой». В декабре 1919 г. разъярённые огромными потерями при 18-суточном штурме хорошо укреплённого с. Тогул (там оборонялись до 250 солдат и 500 дружинников) отрядники Белокобыльского и других вожаков зарубили около 350 пленных, после чего штыками загнали в огромный костёр дюжину священнослужителей [38] .

Алтайские партизаны в массовом порядке истребляли лояльных властям зажиточных казаков. 3 сентября 1919 г. партизаны М. Назарова зарубили 116 казаков, взятых в заложники после сдачи центральной на Бийской казачьей линии станицы Чарышской; уничтожению подверглись также маральевские и слюденские казаки-заложники. Из оставшихся 228 пленников, втиснутых в нарочито маленькое помещение, в течение ночи задохнулось 50 чел. Всего партизанами с исключительной жестокостью было разгромлено 10 из 19 населённых пунктов Бийской линии, что предопределило ответный террор со стороны казаков [39] . Общими для действий партизан были повальное ограбление сельского населения (особенно нерусского), насилия над женщинами, погромы церквей.

В Горном Алтае партизаны, добывая припасы, лошадей и оружие, повсеместно грабили и уничтожали коренное население, вырезая целые деревни, особенно в южных районах, прилегавших к границе с Монголией. Как сообщал в 1925 г. в письме Сталину местный большевик и бывший глава Кош-Агачского аймисполкома Н.М. Адаев, после изгнания Колчака партизаны продолжали терроризировать алтайцев и казахов. В сентябре 1920 г. прибывшие из Монголии 30 жителей с. Черно-Ануй были зарублены местными партизанами, присвоившими затем их земельные наделы. Жители урочища Шишихман Онгудайской волости были разогнаны и частью перебиты, а деревню заселили партизаны из Бело-Ануя, грабившие её ещё в 1919 г. Аналогичная участь постигла население д. Аюл Чемальской волости, а д. Керзюн Шебалинского аймака была в 1922 г. «совершенно вырезана». Все эти преступления остались безнаказанными. Насилия над коренным населением Горного Алтая привело к тому, что оно активно поддержало многочисленные мятежи 1920–1922 гг. По сведениям Адаева, туземное население Алтая с 1919 по 1925 г. сократилось из-за террора (преимущественно красного) и вынужденной эмиграции с 90 до 37 тыс. чел. [40] .

Для Восточной Сибири и Дальнего Востока дикие партизанские расправы также были обычным явлением. Командовавший в 1920 г. Восточно-Забайкальским фронтом и 1-м Забайкальским корпусом казак Я.Н. Каратаев, воевавший с семёновцами, отличался крайней жестокостью и практиковал «красный бандитизм». Особую свирепость партизаны проявили на Сахалине. В последний день февраля 1920 г. партизанская армия Я.И. Тряпицына вошла в Николаевск-на-Амуре, после чего последовал безбрежный террор против всех слоев населения. Аналогично Тряпицын действовал и в отношении своих соратников: по словам воевавшего в его отряде А.А. Зинкевича, партизаны «расстреливались направо и налево». Белые власти официально констатировали, что с 1 марта по 2 июня 1920 г. «…представители советской власти в [Сахалинской] области расстреляли, закололи, зарезали, утопили и засекли шомполами всех офицеров… громаднейшую часть интеллигенции, много крестьян и рабочих, стариков, женщин и детей. Уничтожили всю без исключения японскую колонию с японским консулом и экспедиционным отрядом, сожгли и уничтожили дотла город Николаевск». Количество убитых русских граждан во время партизанского разгрома Николаевска-на-Амуре превысило 6.000 чел., японцев — 700 чел. Посланники революционного штаба Хабаровска расстреляли Тряпицына и его соратников за бандитизм после короткого суда 9 июля 1920 г. [41] .

Ситуацию в Сибири после прихода красных характеризует сообщение Змеиногорского уездного ревкома о том, что с первых дней организации советской власти кругом «бушевали грабежи, насилия и кровь лилась рекой» [42] . Новая власть одной рукой расправлялась с «исторической контрреволюцией», а другой разоружала многочисленные формирования анархически настроенных партизан, претендовавших на положение хозяев в очищенных ими от колчаковцев районах и недоумевавших, почему советская власть препятствует им свободно истреблять белых «гадов».

Большевики активно использовали партизан как «чистильщиков» огромных сибирских территорий, привлекая их в милицию и органы ЧК, предпочитая при этом зачастую закрывать глаза на бандитизм, мародёрство и самосуды. Партизанских вожаков стремились привязать, давая ответственные политические поручения, вроде участия в суде над министрами Колчака. С другой стороны, постоянным фоном начала 20-х годов были широкие репрессии против командного состава партизан. Сама же масса красных повстанцев считалась анархической и неблагонадёжной. Опасение по поводу возникновения сибирской «махновщины» как раз и определяло отношение коммунистических властей к своим недавним боевым союзникам.

Повторная организация советских карательных структур в Сибири имела свои особенности. В 1918–1919 гг. закончился период становления органов ВЧК как важнейшей опоры власти. Чекисты сосредоточили в своих руках функции наружного и агентурного наблюдения, ареста, предварительного следствия, суда и исполнения приговора. Острые межведомственные противоречия между органами ВЧК и работниками ревтрибуналов (первые считали трибунальцев медлительными и недостаточно жёсткими, вторые обвиняли чекистов в нарушениях законности и необоснованности многих приговоров) были решены в пользу ВЧК, на которую приходилась львиная доля разрешённых следственных дел. К 1921 г. только треть дел передавалась на доследование из ЧК в трибуналы.

Постепенно подчинилась чекистам и милиция, ставшая по сути вспомогательным органом для проведения оперативных мероприятий и расследования мелких дел. После ликвидации в 1919 г. уездных чека были созданы политические бюро, которые формально являлись уездными органами милиции, но реально подчинялись губернским чека. В 1921 г. и формальное подчинение политбюро органам милиции было отменено.

В условиях гражданской войны особую компетенцию приобрели органы военной контрразведки — особые отделы во фронтах, армиях, корпусах, дивизиях и бригадах. Это были крупные по численности структуры, постоянно пытавшиеся избавиться от контроля со стороны реввоенсоветов и существовать в рамках ведомственных инструкций, подчиняясь только Особому отделу ВЧК. Работавшие в условиях боевых действий, они демонстрировали особую жестокость, постоянно направляя удары и против своих — военных специалистов и рядовых красноармейцев. Масштабной карательной структурой являлась система транспортных чека, контролировавшая практически все стороны работы путей сообщения. Между этой чекистской триадой существовали очень натянутые отношения из-за постоянных вторжений в сферы компетенции друг друга.