Во Флоренции он услышал о кончине Сандро Боттичелли, одного из последних великих творцов итальянского Кватроченто. Микеланджело не был с ним близко знаком, но высоко ценил его искусство с присущей ему ясностью замысла и гармоничнстью композиции, чёткой объёмностью и трепетной выразительностью фигур. Он зашёл в церковь Оньиссанти, где был похоронен мастер, и запалив перед алтарём поминальную свечу, задумался: sic transit gloria mundi … Вдруг ему почудилось, что кто-то смотрит на него в упор. Резко обернувшись, он увидел Граначчи с палитрой в руке, который снимал копию с фрески Боттичелли «Святой Августин в келье», и подошёл к нему. Друзья молча крепко обнялись.

— Прошу, ничего не говори! — промолвил Граначчи. — Я всё понимаю. Тебе было не до нас.

Они вышли. Устроившись за столиком в соседнем трактире, разговорились, как в былые годы юности. Граначчи рассказал о недавней поездке в Рим Буджардини.

— Ему удалось посетить Сикстинскую капеллу. А знаешь, что сказал добряк Буджардини по возвращении из Рима? — спросил Граначчи. — Нам незачем на него дуться, молвил он. Большая честь уже то, что он вспомнил о нас. Признаемся, не кривя душой — все мы оказались не на высоте.

У Микеланджело отлегло от сердца, ибо воспоминание о давешнем неприятном случае с друзьями было для него мучительным. Неожиданная встреча с верным Граначчи не развеяла его грустных мыслей. Он уже собирался отправиться в Болонью, как на пороге отчего дома появился доминиканский монах, сообщивший о смерти старшего брата Лионардо в монастырском госпитале под Сиеной.

— Его скосила холера, — пояснил монах. — Мы были дружны, и он перед кончиной просил меня передать вам его последнее благословение.

Между братьями не было понимания, и Микеланджело вспомнил, как при последней их встрече, когда Лионардо грозила опасность, он впервые проникся к нему братской любовью и постарался хоть как-то помочь в беде.

Преисполненный печали, он отправился в Болонью в надежде повстречать папу и решить финансовые вопросы. Это частично ему удалось, и после четырёх месяцев вынужденного простоя 7 января 1511 года Микеланджело вернулся в Рим. Дел было непочатый край. Пустовали расчищенные для росписи распалубки окон, прямоугольные пространства между ними и просторные боковые паруса. Он приступил к написанию ветхозаветных пророков и сивилл в окружении обнажённых мальчиков-гениев. Все фигуры размещались под главным карнизом в пандативах между оконными арками. Ему предстояло расписать двенадцать таких плоскостей: по пять на боковых стенах и по одной на поперечных, включая небольшую плоскость над алтарём.

Перед ним стояла не менее сложная задача, чем при росписи плафона, — показать заключённую в монументальных фигурах ветхозаветных героев поднимающуюся из глубины их сути внутреннюю энергию, которая растёт и придаёт самим фигурам гигантские размеры. В его трактовке пророки и сивиллы предстают в момент наивысшего духовного озарения, предчувствуя появление Спасителя. Но если сивиллы вещают об этом смутно, то пророки уверенно и громко предсказывают грядущее пришествие Мессии, чем обусловлены сложные динамичные позы многих из них. Все фигуры чётко читаются на расстоянии благодаря своим восьмиметровым размерам. В проработке их объёмов широко использованы приёмы контрапоста и светотеневой моделировки, бывшей новшеством в те времена, что вкупе с цветовыми контрастами подчёркивает единство ритмического строя росписи и её возвышенный, над мирный характер.

Доходившие до него глухие отголоски из внешнего мира, где происходили народные восстания и шли войны, не могли не отразиться на его чувствах гражданина и республиканца, что невольно передавалось его творениям. Пока Микеланджело трудился в Сикстине, выражая на фресках всё, что накопилось в часы тягостных раздумий, пророчества Савонаролы сбывались чуть ли не каждый день, а некоторые картины Дантова «Ада» получали живое воплощение в реальной жизни итальянцев.

В своих письмах отцу и брату Буонаррото он просит их вести себя крайне осторожно и уехать на время в Сиену и ни о ком не говорить ни хорошо, ни плохо. «Довольствуйтесь тем, что вы сыты, — пишет он. — Живите во Христе, как и я живу бедно и честно. Я очень несчастлив и не забочусь ни о жизни, ни о почестях, ни о чём мирском — живу в тяжких трудах и в постоянной тревоге. Вот уже пятнадцать лет, как я не знаю ни одной спокойной минуты. Я всегда помогал вам, хотя вы никогда этого не ценили и не понимали. Господь да простит нам всем! А я и впредь готов до конца дней своих поступать так же, только бы хватило сил!»

Возвращаясь из очередного похода, папа Юлий непременно заходил в Сикстинскую капеллу и, как всегда, торопил художника, всякий раз интересуясь, когда наступит конец. Однажды, когда Микеланджело на вопрос папы промямлил что-то невнятное, Юлий взорвался:

— Дождёшься у меня, шельмец, что я прикажу сбросить тебя с мостков!

Угроза была нешуточной, и Микеланджело лишний раз убедился, сколь непреклонна воля папы, который, казалось, был выкован из металла, как и его грозная фигура в бронзе, водружённая в Болонье. Он понимал, что папа от него не отстанет и будет каждодневно торопить, так как не чаял увидеть законченной роспись в Сикстине, словно предчувствуя свой скорый конец. Давление на художника нарастало с каждым днём. В отличие от деятельного папы, постоянно занятого военными приготовлениями, Микеланджело от усталости чувствовал себя опустошённым. Его не покидало желание всё бросить и бежать куда подальше, как это с ним случилось несколько лет назад. Да разве убежишь от своей судьбы?

Ведя войну за расширение влияния Рима и объединение итальянских земель, Юлий II путём активной дипломатии и переговоров добился создания Священной лиги против Франции и германского императора Максимилиана I Габсбургского. Его союзницами стали Испания и Венеция. Гордая Флоренция не вошла в союз, сохраняя нейтралитет. Затяжная война опустошила папскую казну, и чтобы расплатиться с армией наёмников, состоявшей в основном из испанцев и швейцарцев, папа отдал им на откуп Тоскану, которая активно противилась проводимой им политике.