Коренное население преимущественно было расселено в сельской местности, на значительном расстоянии от основанных колонизаторами городских центров, что позволяло снижать вероятность межэтнических конфликтов. В пригородах размещались набориос — индейцы, занятые обслуживанием горожан и в наибольшей степени подвергавшиеся ассимиляции.

Поскольку в годы колонизации индейцы, скрываясь от завоевателей, нередко переходили к полукочевому образу жизни, корона санкционировала создание редукций. В эти крупные поселения, возводимые на манер испанских, насильно сселяли аборигенов вне зависимости от их этнической принадлежности или особенностей культуры. Под присмотром миссионеров индейцы усваивали соответствующий испанским традициям образ жизни, выполняли повинности и выплачивали подати.

Исследователи полагают, что в течение первого столетия колонизации из Европы в колонии перебралось около 200 тысяч человек. Испанская корона разрешала переселяться только «старым христианам»; маврам, иудеям, позже — протестантам строжайше запрещалось следовать в Новый Свет, хотя на раннем этапе евреи фактически участвовали в его освоении. В начале XVI в. женщины составляли лишь 5,6 % переселенцев, к концу века — более четверти, из них около трети были замужними дамами. Мигранты с Пиренейского полуострова предпочитали оседать в столицах или в крупных центрах горнодобывающего производства. В среднем в заокеанских провинциях Испании «белое» население составляло около 5 %.

Заметный пласт населения колоний составляли негры, в основном — невольники, вывезенные из Сенегала и земель, прилегающих к Гвинейскому заливу. Половозрастной состав африканцев был неоднородным, мужчины численно превосходили женщин. По разным подсчетам, в испанские владения за столетие попало 75-100 тысяч рабов, в Бразилию — больше.

По обширным пространствам колониальной Америки население было размещено неравномерно. Наибольшая его концентрация сохранялась там, где прежде существовали индейские государства. На покоренных территориях завоеватели создавали опорные пункты, нередко в тех местах, где ранее располагались селения аборигенов. Так, город Мехико был основан по распоряжению Э. Кортеса на руинах ацтекской столицы Теночтитлан. Когда в основанном испанцами поселении набиралось 30 домовладельцев, они обращались к королю с прошением о предоставлении статуса города и о даровании привилегий. В XVI в. получение городом герба еще не служило гарантией, что его обитатели не предпочтут перебраться в иное место; некоторые населенные пункты исчезали, продолжая жить лишь на бумаге.

Среди горожан первоначально преобладали уроженцы метрополии и представителей знатных индейских родов, которых корона уравняла в правах с испанским дворянством. Помимо них в городах оседали креолы (потомки испанцев, родившиеся в Новом Свете) и лица смешанного происхождения, численность которых росла год от года.

Новым явлением для Америки стали поселения золотодобытчиков. Состав их обитателей был очень пестрым, притом что сами поселки были невелики. Например, в Новой Гранаде в одном из них проживало 212 испанцев, руководивших процессом добычи, 300 негров-рабов, осуществлявших промывку, и около 1,5 тысяч индейцев, использовавшихся как на основной, так и на вспомогательных работах.

Этносоциальная стратификация. Появление в Новом Свете разнородных этнических и расовых компонентов привело к метисации. Лиц смешанного происхождения в разных регионах обозначали неодинаково, отношение к ним во владениях разных держав тоже не было идентичным. Наибольшее количество категорий (около полусотни) различали в Мексике и Перу. Там начала формироваться так называемая «кастовая система», когда статус человека определялся его этнорасовой принадлежностью.

Привилегированный слой составляли знатные уроженцы метрополии, им доставались высшие посты в аппарате управления, армии и церкви. Участники Конкисты лишь на первых порах пользовались значительным авторитетом и влиянием. Среди них насчитывалось не так много дворян, как принято думать. Большинство испанских первопроходцев, мечтавших о гербах и титулах, получили за заслуги домовладение и небольшие земельные участки. Тем из завоевателей, кто получил энкомьенды и/или преимущественное право занимать и передавать по наследству муниципальные должности, приходилось отстаивать дарованные привилегии. Попытка короны ликвидировать институт энкомьенды путем введения так называемых Новых Законов Индий вызвала в колониях бурю возмущения. В Мексике и Центральной Америке напряжение нарастало до тех пор, пока монархия не пошла на уступки, в Перу конкистадоры подняли восстание и были готовы провозгласить своим королем Г. Писарро. Во второй половине века, когда из-за демографического спада экономическое значение энкомьенды снизилось, борьба за распределение и перераспределение общин постепенно прекратилась.

Немногочисленной, но влиятельной группой в Испанской Америке были лица, получившие образование: писцы-нотариусы, медики, священники. Материальное положение служителей Церкви и чиновников существенно варьировалось в зависимости от ранга, сана или чина. Но не все переселенцы из Европы сумели достичь успеха и разбогатеть. Ремесленникам в годы Конкисты при остром дефиците товаров удавалось добиться привилегий, но позже их социальный статус стал снижаться. Кто-то был вынужден довольствоваться малым или ни с чем вернуться на родину. К концу XVI в. многими ремеслами занимались уже не столько «белые», сколько метисы, мулаты и негры.

Креольские кланы часто были богаче уроженцев метрополии. Они владели энкомьендами, земельными угодьями, мастерскими и лавками, стадами скота и другим имуществом. В их руках сосредоточивались бразды правления на местах, контроль над внутренней торговлей, иными сферами жизнедеятельности. Но доступ к высшим должностям был для них закрыт, что вызывало напряжение внутри «белого» меньшинства Испанской Америки.

В сложной ситуации оказалось метисное население, численность которого неуклонно возрастала, а правовой статус не был определен. В основном лица смешанного происхождения попадали в услужение, занимались ремеслами и мелкой торговлей, иногда становились солдатами, чиновниками или служителями Церкви на низших должностях. Ниже всех в иерархии оказались негры-рабы. Труд африканцев использовался на плантациях и рудниках, в портах и на строительстве, немало чернокожих невольников было занято в услужении.

Корона проявляла заинтересованность в превращении индейцев-общинников в податное сословие, поэтому в середине XVI в. было запрещено обращать аборигенов в рабство. За общинами закреплялись земельные участки, что позволило взимать подушную подать и требовать выполнения трудовых повинностей. Тяжелой обязанностью для коренных жителей являлась транспортировка грузов (переноска, реже перевозка). В ряде областей Перу и Новой Испании труд общинников широко использовался на рудниках.

Метрополии и колонии: проблемы управления и административное устройство. Удаленность заокеанских владений, неоднородность их населения, сепаратистские устремления колонистов, изменения в политической ситуации на Пиренейском полуострове и иные факторы влияли на систему управления колониями. Ее формирование растянулось на десятилетия, причем подходы к решению проблемы неоднократно менялись.