Как показал печальный пример генуэзца Христофора Колумба, назначенного вице-королем, но высланного первопоселенцами в метрополию, игнорировать мнение колонистов при создании административного аппарата в заокеанских владениях было невозможно. В то же время и механическое воспроизведение традиционных институтов власти в новых условиях не давало желаемого эффекта. Испанская корона колебалась, передавая властные полномочия от одних должностных лиц и управленческих структур другим.

При Католических королях решение проблем управления колониями было возложено на Хуана Родригеса де Фонсеку, которого сменила хунта в составе двух человек, переросшая затем в Совет (1524). Входившие в него должностные лица, назначавшиеся и смещавшиеся королем, осуществляли высшую законодательную, исполнительную и судебную власть в Новом Свете. Состав совета и его полномочия постепенно расширялись.

В первые десятилетия XVI в. влиятельными фигурами в системе колониального управления оказались аделантадо, старшие алькальды и губернаторы — обычно ими становились организаторы заокеанских экспедиций, которые реально контролировали ситуацию на местах. Традиционно аделантадо считался главой военной и политической власти в пограничных районах. Старшему алькальду могла быть вверена судебная власть на какой-то обширной территории (алькальдия майор). Губернатору повиновалась провинция. Сферы компетенции перечисленных должностных лиц были четко обозначены, но они размывались в капитуляциях (договорах), заключенных между короной и конкистадорами. Однако по мере «умиротворения» покоренных земель влияние участников Конкисты падало.

В 1535 г. было образовано вице-королевство Новая Испания. До 80-х годов XVI в. в его состав входили территории, в настоящее время принадлежащие Мексике (исключая штат Чьяпас) и США (штаты Флорида, Аризона, Калифорния, Невада, Нью-Мексико, Техас, Юта, часть Колорадо и Вайоминга, а также некоторые земли в бассейне реки Миссисипи), Антильские о-ва и Северное побережье Южной Америки до устья Амазонки. С 1583 г. в состав вице-королевства были включены Филиппинские острова. Прочие испанские владения в Южной Америке и Панама в 1542 г. были объединены в вице-королевство Перу.

Непосредственно королю и Совету по делам Индий подчинялись генерал-капитанства: Санто-Доминго, включавшее владения в Вест-Индии, и Гватемала, объединявшее Чьяпас и территории современных государств Центральной Америки кроме Панамы.

По мере стабилизации колониальной системы власть сосредоточивалась в руках назначаемых монархом на определенный срок вице-королей и генерал-капитанов, которым подчинялись чиновники среднего звена. Перечисленные посты занимали уроженцы метрополии, часто аристократы, которых ничто кроме служебного долга с колониями не связывало.

В качестве консультативного органа, а также высшей судебной инстанции в колониях создавались состоявшие из 3-15 судей-оидоров коллегии (аудиенсии): Санто-Доминго (1511), Мехико (1528), Панама (1538), Лима (1543), Гватемала (1548), Гвадалахара (1548), Санта-Фе-де-Богота (1549), Ла-Плата-де-лос-Чаркас (1559), Кито (1563), Сантьяго (1565) и Чили (1563–1573). Границы аудиенсий и местоположение их резиденций изменялись. В пределах аудиенсий выделялись административно-судебные округа (коррехимьенто), причем испанским структурам подчинялись индейские коррехимьенто.

В колониях правовое положение человека зависело от того, принадлежит ли он к «республике испанцев» или к «республике индейцев». Принадлежность к «республике испанцев» означала свободу от подушной подати и право на участие в деятельности муниципальных советов, называемых кабильдо или аюнтамьенто. Полноправные горожане-домовладельцы, внесенные в официальные списки, могли занимать муниципальные должности, пользоваться выделенными городу землями, определять цены на местные товары и услуги, им были доступны различные виды хозяйственной деятельности. Домовладельцам приходилось нести бремя расходов на общие нужды, иногда выделять «подопечных» индейцев для участия в общественных работах, а также поддерживать в надлежащем состоянии оружие, верховых лошадей, чтобы участвовать в обороне города и в иных военных мероприятиях.

В индейской среде важным звеном в системе управления была община, которая считалась коллективным собственником земли и несла круговую поруку за выполнение возложенных на нее обязательств, в том числе за выплату подушной подати (трибуто). Жизнью общинников руководил передававший власть по наследству старейшина (касик, курака), который распределял земельные участки, занимался организацией общественных работ, отвечал за сбор налогов, судил соотечественников за мелкие преступления, опираясь на обычное право. Деятельность касиков контролировали особые чиновники.

В целом испанская система колониального управления отличалась жесткой централизацией, бюрократизмом, мелочной регламентацией. Несмотря на ее внешнюю стройность, функции властных органов перекрещивались, что порождало конфликты. Расходы на содержание аппарата были велики.

Устройство заокеанских владений Португалии было иным. В начале XVI в. создавались фактории, обеспечивавшие товарообмен с аборигенами. Посылаемые короной флотилии следили за тем, чтобы на побережье не закреплялись представители конкурирующих держав. В 1534–1536 гг. прибрежная зона Бразилии была разделена на 15 частей (капитаний), переданных в наследственное владение 12 дворянам. Им предстояло наладить оборону территорий и обеспечить их заселение и экономическое освоение. Поскольку не все капитаны справились с поставленными задачами, с 1548 г. по распоряжению короля начала формироваться система централизованного управления колониями. Бразды правления вручались генерал-губернаторам, которые осуществляли полномочия, опираясь на относительно немногочисленный бюрократический аппарат и небольшие воинские контингенты. После 1580 г., когда Португалия оказалась под властью Филиппа И, Бразилия фактически попала под испанский контроль.