Наиболее распространенной формой мануфактуры в колониях были обрахе (obraje, букв, мастерские), на которых производилась текстильная продукция. В Новой Испании к 1570 г. насчитывалось свыше 80 крупных производств данного рода. В Перу к концу столетия действовало около трех сотен обрахе. В разведении шелкопряда и изготовлении шелковых тканей немалых успехов добились жители Новой Испании, но в конце XVI в. данную отрасль настиг кризис. На верфях Гаваны, Панамы, Картахены и других портов сооружались корабли, что обеспечило колонии водным транспортом на 40 %.

Сельское хозяйство. Снабжение колоний продукцией потребительского земледелия и скотоводства обеспечивалось разными путями. Индейцы, попавшие под власть завоевателей, были вынуждены обеспечивать себя и пришельцев продовольствием, шерстью, хлопком и другой продукцией традиционного хозяйства. Благодаря аборигенам Америки колонисты, а затем и жители метрополий и других стран Старого Света познакомились с маисом, фасолью, картофелем, томатами, маниоком и другими американскими культурами, с индюками и ламами. Но переселенцам требовались и привычные для Европы злаковые, садовые и огородные растения, крупный и мелкий рогатый скот, лошади, ослы, свиньи, разнообразная домашняя птица. Их разведением также занимались коренные жители, но под контролем колонистов и на специально выделенных для этого участках. Процесс акклиматизации растений и животных, освоение новых хозяйственных навыков в разных регионах протекал неодинаковыми темпами и дал несходные результаты.

Производство пшеницы было налажено на плоскогорьях Мексики, в горных, отчасти прибрежных районах Перу, в Чили и в других сходных по климату областях. Урожаи были высокими, но занимаемые злаком площади были невелики. Значительные затраты труда, уменьшение количества рабочей силы в сельском хозяйстве, увеличение числа мигрантов из Европы обеспечивали рост цен на пшеницу и на зерновые в целом, несмотря на попытки их искусственного сдерживания. Проблема обеспечения хлебом, особенно низших слоев городского населения, не теряла своей актуальности. Разведение винограда было налажено возле Лимы, Арекипы, в долине Ика, в районе Сакатекаса. Оливковые рощи появились в Чили и Перу. Но местные производители полностью не покрывали потребности колоний в вине, уксусе, оливковом масле.

С каждым годом все большую мощь набирало плантационное хозяйство, характерное для тропической зоны. Завезенный с Канарских островов сахарный тростник прижился на островах Вест-Индии, на Карибском побережье, на Юге Мексики и в Бразилии. Хотя создание плантаций и изготовление сахара и патоки требовали значительных капиталовложений, данная отрасль неуклонно прогрессировала, поскольку цены на ее продукцию росли, а спрос не ослабевал. Плантации какао существовали в Мексике и Центральной Америке задолго до прихода европейцев. Под испанским влиянием его культивация началась в Венесуэле. Важной статьей экспорта были производимые в Новом Свете красители: индиго, кошениль, кампешевое и бразильское дерево.

Скотоводство, нехарактерное для большинства районов Доколумбовой Америки, с появлением европейцев получило широкое распространение. Испанцы обучали обслуживавших их индейцев ухаживать за крупным и мелким рогатым скотом, лошадьми, свиньями, что способствовало распространению среди аборигенов новых видов хозяйственной деятельности.

Торговля. Обмен на местных рынках был незначительным из-за дороговизны, нехватки платежных средств и низкой покупательной способности широких слоев населения. За пределы областей, где были произведены, вывозились лишь кожи, позже солонина; вина, оливковое масло, ремесленные изделия зачастую ввозились из Испании.

Торговля между метрополиями и их колониями не была эквивалентной. Европейские державы в ущерб интересам обитателей заокеанских владений стремились сбыть собственную продукцию по максимально высокой цене, чтобы обеспечить устойчивое развитие своей экономики. Например, при попадании в Вест-Индию стоимость доставленного из метрополии груза возрастала в три-четыре раза, в Мексику — в 10–15 раз, в Перу — в 15–20 раз. Ради достижения подобного эффекта вводились налоги, действовала система монополий, утверждались разного рода ограничения и тому подобные меры. Показателен пример Испанской Америки. По распоряжению Филиппа II исключительным правом на торговлю с колониями наделялась Севилья, в заокеанских владениях сходные привилегии обрели порты Веракрус (Новая Испания) и Кальяо (Перу); Картахена в Колумбии и Панама служили основными перевалочными базами. Колониям запрещалось вести обмен друг с другом и с иными державами кромеЧютрополии. Контрабандная торговля по возможности пресекалась.

Своеобразной формой контроля торгового обмена метрополии и колоний была система флотилий, созданная в целях защиты от пиратов. Купеческие корабли в определенное время пересекали Атлантику по специально установленным маршрутам под охраной военных судов. Одна флотилия следовала из Севильи до порта Веракрус, другая — до Картахены и Номбре-де-Диос (позже до Портобело). При возвращении из Америки корабли соединялись в гавани Гаваны и далее следовали вместе к берегам Испании. Через Тихий океан аналогичным образом передвигался Манильский галеон, доставлявший в Мексику (порт Акапулько) товары из Азии. Использование системы флотилий упрощало не только охрану судов, но и процедуру взимания налогов с ввозимых и вывозимых товаров. Французское, английское, голландское купечество пыталось нарушить испанскую монопольную торговлю с колониями. Столкновения с вражескими кораблями, пиратские налеты стали системой.

Католическая церковь играла в жизни заокеанских владений особую роль. Ее служители в качестве военных капелланов сопровождали отряды завоевателей, способствовали установлению традиционного для католических стран миропорядка в создаваемых ими поселениях, осуществляли «духовную Конкисту», приобщая к христианству «диких индейцев», а также доставляемых из Африки рабов. Духовные лица занимались отнюдь не только делами веры, они помогали решать проблемы управления, способствовали созданию образовательных, медицинских и тому подобных учреждений, содействовали развитию колониальной культуры, осуществляли идеологический контроль, в том числе при участии инквизиции. Роль Католической церкви в Новом Свете подчеркивали соборы, располагавшиеся на центральных площадях городов рядом с важнейшими административными зданиями.