На заре колонизации папы относились к Конкисте как к Крестовому походу. В дальнейшем служители Церкви не обнаружили единства мнений в вопросе об аборигенах Америки. Бартоломе де Лас Касас и его сторонники предлагали обращать индейцев в христианство мирными методами. Их оппоненты, лидером которых стал Хуан Хинес де Сепульведа, стремились доказать, что войны с индейцами справедливы и необходимы для обращения язычников в истинную веру. Официально ни та, ни другая сторона не получили одобрения.

На протяжении первой половины столетия испанская корона предпринимала разнообразные шаги, чтобы добиться от Рима права на патронат над Церковью в Америке, но ее претензии не были удовлетворены. В 1574 г. появилась королевская грамота, в которой король самовольно объявил о патронате, с чем папа де-факто примирился. Под покровительством монарха позиции духовенства в колониях постепенно укреплялись, чему также немало способствовала активная деятельность первых епископов, таких как X. де Сумаррага, В. де Кирога, X. де Лоайса и другие. Если в начале века за океаном насчитывалось лишь три епископства, то к его концу было создано пять архиепископств (с резиденциями в Санто-Доминго, Мехико, Санта-Фе-де-Богота, Лиме и Маниле), в которые вошел 31 диоцез и аббатство на острове Ямайка. Поскольку многие церковные должности подолгу оставались вакантными, в конце века при диоцезах было решено создавать семинарии.

Белое духовенство в основном контролировало приходы в городах. Христианизация аборигенов в основном была уделом францисканцев, доминиканцев, августинцев, иезуитов и представителей других католических орденов. Несмотря на внешний успех (номинально в колониях были крещены едва ли не все индейцы), проблема борьбы с язычеством не утрачивала актуальности. Методы и результаты обращения коренных американцев неоднократно обсуждались на провинциальных церковных соборах, проводившихся в Лиме и Мехико.

Инквизиция утверждалась параллельно с созданием других религиозных институтов. До 1569 г. в Новом Свете находились ее комиссары, нередко данные обязанности выполняли епископы. Первые два трибунала в Мехико и Лиме начали функционировать с 1571 г. О характере их деятельности говорят такие факты: до конца столетия мексиканский трибунал провел 902 процесса, вынес 600 обвинительных вердиктов, по которым 13 человек были казнены.

Поскольку духовенство составляло основную массу образованного населения колоний, то ему часто приходилось заниматься вопросами воспитания и обучения. Под руководством служителей Церкви были созданы начальные и средние учебные заведения, в которые принимали мальчиков и девочек. Появились коллегии для знатных индейцев и метисов, причем в некоторых из них аборигены осваивали не только католическую доктрину, но и испанский и латинский языки, логику и риторику, музыку и философию.

Священнослужители, в первую очередь миссионеры, внесли немалый вклад в изучение историко-культурного наследия индейских народов. Труды Б. де Лас Касаса, Б. де Саагуна, Д. де Ланды и других служителей Церкви и сегодня остаются важными источниками для изучения прошлого аборигенов.

В португальских владениях влияние Церкви было не менее значительным. Король Португалии, обладавший правом патроната еще в XV в., как только была открыта Бразилия, стал направлять туда францисканцев, позже иезуитов и представителей других орденов. Как и во владениях Испании, основной задачей миссионеров было обращение индейцев, для чего предпринимались попытки создания редукций. Поскольку масштабы португальской колонизации были относительно невелики, то в Бразилии был создан лишь один диоцез с центром в Байе (1551).

Противостояние, симбиоз, иногда синтез культурных традиций разных регионов Старого и Нового Света, уничтожение ряда памятников индейской культуры — отличительные характеристики раннеколониальной Америки. Европеизация, обусловленная превосходством завоевателей в сфере техники и технологий, — важная, но не единственная тенденция развития. Существенный вклад уже на этом этапе формирования латиноамериканской культуры внесли многие индейские и некоторые африканские народы.

В XVI в. результаты взаимодействия цивилизаций воплощались и в материальных предметах, и в произведениях духовной культуры. Изменения, происходившие в повседневной жизни аборигенов и переселенцев, способствовали языковым заимствованиям, формированию так называемых скрещенных языков (испано-науатль, испано-майя, лингва жераль и т. п.), созданию оригинальных произведений фольклора. Письменность, ранее известная только в Месоамерике, превратилась в привычный компонент культуры во всех колониях. Ее основой стала вытеснившая иероглифику и пиктографию латиница, в том числе приспособленная миссионерами для обозначения фонем индейских языков.

Стремясь запечатлеть на бумаге прошлое и настоящее Америки, за перо взялись не только уроженцы Европы, но и креолы, индейцы и метисы, отражавшие позиции различных конфессиональных и социальных групп. В разных странах Старого Света издавались и переиздавались сочинения Э. Кортеса, Г. Фернандеса де Овьедо и других участников Конкисты. Под впечатлением завоевания Чили А. де Эрсилья создал знаменитую эпическую поэму «Араукана», ставшую своеобразным эталоном жанра как в колониях, так и в метрополии. Самой пространной в истории испанской литературы оказалась поэма Хуана де Кастельяноса, прославлявшая покорителей Нового Света. Восприятие коренными жителями Америки Конкисты и колонизации отразили в своих произведениях потомки знатных индейских родов и аборигены-летописцы. Следуя древней традиции, авторы сопровождали, а иногда и заменяли текст рисунками («Флорентийский кодекс», «Полотна из Тлашкалы», труд Гуамана Помы де Айала и т. д.) даже в тех случаях, когда желали донести информацию до адресата в Европе.