5(18) февраля командующим Тихоокеанской эскадрой с правами командующего флотом и командира портов Тихого океана был назначен вице-адмирал С. О. Макаров {1337} . Получив известие об этом, Наместник покинул Порт-Артур. Перед отъездом в Мукден он передал командование флотом вплоть до приезда Макарова на вице-адмирала О. В. Старка, которому оставил инструкцию беречь корабли флота и особенно броненосцы {1338} . Японское командование не было уверено в прочности своего контроля над морем. Для того, чтобы закрепить успехи первых дней, Того решил сформировать отряд из 5 транспортов, груженых каменным балластом, которые должны были быть затоплены на выходе из гавани Порт-Артура. В случае успеха японцев русская эскадра была бы закупорена на внутреннем рейде. Учитывая узость и мелководность фарватера, это могло привести к длительному вынужденному бездействию русского флота. Команды пароходов формировались из добровольцев. 10(23) и 11(24) февраля попытки транспортов прорваться к фарвартеру были отбиты {1339} .

24 февраля(8 марта) 1904 г. Макаров прибыл в Порт-Артур и заменил безынициативного Старка. Ожидая формальной передачи командования, он сразу же отправился на корабли и поднял свой флаг на крейсере «Аскольд». Его прибытие и даже готовность разместиться на крейсере было воспринято моряками с необыкновенным энтузиазмом. Все с надеждой ждали отказа от тактики «сбережения кораблей» и начала активной наступательной войны {1340} . Весьма символично, что в тот же день в Восточный бассейн внутреннего рейда был введен эскадренный броненосец «Ретвизан». Во время атаки противника он был торпедирован, через пробоину в носу величиной примерно 3,7 на 10 метров принял около 1,5 тыс. тонн воды. Сев носом на мель, один из лучших русских кораблей надолго превратился в неподвижную мишень и препятствовал свободному выходу остальных судов в море {1341} .

Первичный ремонт «Ретвизана» и снятие его с мели были большим успехом. Опыт и обучение пришли во время военных действий и во многом благодаря Макарову. Он сумел оживить действия русского флота, и организовать ремонт поврежденных кораблей {1342} . С ним прибыли и рабочие с Балтийского завода, усилиями которых ремонтные работы пошли гораздо быстрее {1343} . Необходимо было торопиться, наступала весна, в апреле побережье освобождалось от льда и многократно возрастала опасность японского десанта {1344} . Макаров был не похож на своих предшественников. «В его руках, — вспоминал один из офицеров эскадры, — власть и командование не были средствами для проявления тирании, жестокости, произвола или издевательства» {1345} .

Русских мастеровых в Порт-Артуре к началу войны было не более 100, на подсобных работах использовались китайцы, которые покинули их с первыми выстрелами войны. 30 января(12 февраля) 1904 года Балтийский завод получил приказ отправить в Порт-Артур 200 опытных рабочих, которые прибыли туда 16(29) марта и работали на кораблях до сдачи крепости. Именно их усилиями в ходе осады были отремонтированы поврежденные эскадренные броненосцы «Цесаревич», «Ретвизан», «Победа», «Севастополь», броненосный крейсер 1-го ранга «Баян». Пробоины в подводной части судов пришлось заделывать в кессонах [6] , которые изготавливась на берегу из дерева, а потом буксировались к поврежденным бортам кораблей. Работы были тяжелейшими и велись в несколько смен круглосуточно. «Ретвизан» был отремонтирован за 67 дней. Благодаря работе этой группы, а также группы рабочих с орудийного Обуховского завода, уже в ходе войны были резко повышены ремонтные возможности Порт-Артурского порта, а позже — и сухопутного фронта крепости {1346} .

Макаров предполагал до завершения ремонта поврежденных кораблей активизировать действия миноносных и крейсерских сил эскадры, скоординировать их с выходами в море владивостокского отряда крейсеров под командованием контр-адмирала Иессена, которые должны были оттянуть на себя часть неприятельского флота. Все это должно было остановить возможную высадку противника на Квантуне. После окончания ремонта Макаров планировал навязать Того решающее сражение за контроль над морем {1347} . Русские и японские легкие силы с переменным успехом вели бои на подступах к Квантуну. 25 на 26 февраля (с 9 на 10 марта) на подступах к Порт-Артуру с моря на дежурстве находились истребители «Решительный» и «Стерегущий». Последний корабль погиб в неравной схватке с противником, попытка Макарова, вышедшегов море на «Новике» вместе с «Баяном», выручить корабль, успехом не увенчалась {1348} . Противнику удалось захватить его после боя, но один из членов команды открыл кингстоны и кликнеты и миноносец затонул. Японцы спасли трех человек из его команды {1349} .

Активизация действий Тихоокеанской эскадры не прошла незамеченной, и японцы вновь попытались заблокировать выход из Порт-Артура. Вторая попытка, предпринятая 14(27) марта 1904 г., была отражена береговыми батареями и флотом. Безуспешными были и обстрелы внутреннего рейда 26 и 28 февраля(10 и 12 марта) — перекидная стрельба через хребет Ляотешань по внутреннему рейду. Артиллерийская дуэль завершилась без особых повреждений для обеих сторон {1350} . Более удачной была минная война и более удачно вели ее японцы. На действиях нашего флота самым негативным образом сказалось отсутствие в начале войны плана действий, и, как следствие — недостаточная согласованность при постановке минных заграждений. В первые дни не было даже карт собственных минных полей, в результате чего и был потерян «Боярин». Всего в ходе обороны нашими судами было поставлено 1066 мин, японцами — 1300 {1351} . Разумеется, числительный показатель не является решающим. Японские минные позиции, в отличие от русских, имели наступательный характер, ибо ограничивали возможность выхода нашей эскадры в открытое море, господство над которым принадлежало противнику. Кроме того, именно минное оружие принесло флоту микадо весьма важный успех. 31 марта(13 апреля) 1904 г. при выходе эскадры в море Макаров погиб на эскадренном броненосце «Петропавловск», подорвавшемся на минной банке, незаметно установленной предыдущей ночью японской минной флотилией {1352} .

«Ничего не говорило об опасности, эскадра находилась под прикрытием береговых батарей, японцы держались на расстоянии, была дана команда приступить к обеду, штаб Макарова собрался на мостике, и тут произошел «неимоверный силы взрыв» {1353} . Он поднял в воздух громадный столб дыма и пламени в 2 раза превышавший вышину корабля, через несколько секунд последовал другой взрыв, сорвавший башни главного калибра. Броненосец лег на бок и стал быстро уходить носом в воду. Под его кормой продолжали работать винты, калечившие и убивавшие пытавшихся спастись {1354} . Огромный корабль затонул за 1,5 минуты, из его команды спаслось лишь 7 офицеров и 73 матроса, погибло 30 офицеров и 624 матроса {1355} . «Эскадра точно замерла. — Отметил наблюдавший картину журналист. — Ни малейшего звука, ни малейшего движения» {1356} . Почти одновременно на мину наскочил и броненосец «Победа», однако он остался на плаву и был возвращен в порт {1357} .

Когда после взрыва «Победа» накренилась, эскадра и батареи оправились от первого шока {1358} . Началась паника — русские корабли и береговая артиллерия беспорядочно стреляли по всему подозрительному на воде, приняв взрыв за последствия атаки подводной лодки. Каким-то чудом удалось избежать дальнейших потерь. На следующий день был протрален фарвартер и обнаружена банка из японских мин {1359} . Характерна первая реакция японского минного офицера, наблюдавшего за гибелью «Петропавловска»: «Был бы лишь убит адмирал Макаров, — это для нас главное» {1360} . Адмирал погиб вместе с начальником и большинством офицеров своего штаба, вместе с ними погиб и великий баталист В. В. Верещагин {1361} . Минным крейсером «Гайдамак», занимавшимся спасением команды, было обнаружено пальто Макарова {1362} . Эскадру охватило уныние {1363} . «Голова пропала,» — говорили русские матросы {1364} .