Вслед за его гибелью в командование эскадрой вступил Наместник, который должен был передать командование флотом вице-адмиралу Н. И. Скрыдлову, но он не успел приехать в Порт-Артур до того, как крепость была блокирована с суши. Фактическим новым командующим стал контр-адмирал В. К. Витгефт. Будучи, по словам подчиненных, «благонамереннейшим человеком, неутомимым работником», лично храбрым офицером, он все же не обладал качествами своего предшественника {1365} и предпочитал не рисковать и без особой необходимости не выводить суда в море. Впрочем, его инициатива была скована распоряжениями адмирала Алексеева, распорядившегося отказаться от активных действий на море и переключиться на укрепление обороны крепости. Ошибки совершали и японцы, однако преимущество в качестве управления, и, как следствие, господство над морем — важнейшее условие победы в этой войне — оставалось за ними. Однако, пока русский флот оставался боевой величиной, Того не мог решиться на высадку десанта на Квантуне.

С началом войны подходы к Порт-Артуру с суши быстро укреплялись. В январе 1904 г. большинство фортов и укреплений не было достроено, линия укреплений не была даже замкнута. Следовательно, крепость была фактически беззащитна {1366} . Сразу же после ночного нападения на русские корабли началась лихорадочная, но, к сожалению, иногда бесполезная деятельность. Так как планов мобилизации крепости не было, строительные работы велись бессистемно, как отмечал один из военных журналистов, «в величайшем беспорядке» {1367} . Некоторые работы на фортах Порт-Артура в спешке невозможно было сделать в принципе — так, например, нечем было заменить отсутствующие бронеколпаки для наблюдателей и броневые башни для орудий, комфортно обустроить укрытия для гарнизонов {1368} . В феврале-марте на укреплениях ежедневно работало по 12 тыс. чел. {1369} .

На русских минах во время блокады Порт-Артура японский флот потерял 12 кораблей, самыми чувствительными потерями для противника стала гибель 2(15) мая на минах, поставленных минным транспортом «Амур» двух эскадренных броненосцев — «Хацусе» и «Ясима». Удаленность от Японии и ее военно-морских баз впервые сыграла в пользу России. Первый броненосец затонул почти сразу, за каких-либо 50 секунд, точно повторив судьбу «Петропавловска». Взрыв мины привел к детонации боезапаса, над кораблем поднялось огромное облако, вслед за чем последовал второй взрыв. Когда два облака рассеялись, на поверхности был виден лишь нос тонущего «Хацусе» {1370} . Витгефт поначалу не поверил в донесение о гибели японского броненосца и приказал проверить сообщение. Порт-Артур ликовал, но русская эскадра стояла на месте, за исключением группы миноносцев {1371} .

Второй поврежденный броненосец пошел ко дну только через 18 часов после взрыва, во время буксировки к своим берегам. Взрывы произошли перед глазами русских моряков, непосредственно перед Порт-Артуром. Эскадра из 3 вражеских эскадренных броненосцев и 2 легких крейсеров мгновенно сократилась только до 1 полноценного корабля первого ранга, но Витгефт так и не решился нарушить приказ Наместника и выйти в море, для того, чтобы воспользоваться благоприятным случаем {1372} . На японской эскадре началась паника, корабли открыли с двух бортов бешеный огонь по воде. Повторялась картина с гибелью русского флагмана {1373} . «На японской эскадре произошел полный переполох; — вспоминал Н.О. фон Эссен, — вероятно, предполагая присутствие подводных лодок, суда стали быстро уходить, стреляя по воде вокруг себя» {1374} . Поврежденный броненосец противника на какой-то момент остался один, медленно выправляя крен и двигаясь на восток. Из внутреннего рейда было выведено только 14 миноносцев, но они так и не решились атаковать ввиду того, что к «Ясима» стали подходить 3 неприятельских крейсера {1375} . Корабль был взят на буксир и затонул вне зоны видимости русских постов. Впрочем, и эти потери сразу же резко ослабили силу японской эскадры. В тот же день, 2(15) мая, столкнулись два японских броненосных крейсера, в результате один из них — «Иосино» — затонул {1376} . Того вынужден был доложить императору: «Сегодня самый злосчастный день для нашего флота» {1377} .

Еще до трагической гибели Макарова изменения последовали и в командовании сухопутными силами России. 8(21) февраля 1904 г. Командующим Маньчжурской армией был назначен Военный министр А. Н. Куропаткин. В Высочайшем рескрипте, данном на его имя 12(25) февраля 1904 г., были отмечены успехи в руководстве министерством, достигнутые с момента назначения генерала на этот пост в 1898 году и он награждался бриллиантовыми знаками ордена Св. Александра Невского. «Труд ваш еще не закончен. — Гласил рескрипт императора. — Но пробил час, когда Мне суждено было призвать часть Моей доблестной армии на защиту чести и достоинства России и ее державных прав на Дальнем Востоке. Зная ваши блестящие военные дарования, стратегическую подготовку и выдающуюся боевую опытность, Я признал за благо вверить вам ответственное командование Моею армиею, действующую в Манчжурии против Японцев, освободив вас для сего от обязанностей Военного Министра» {1378} .

Выбор Николая II казался почти безупречным — это был храбрый офицер, прославившийся во время туркестанских походов, русско-турецкой войны и ахалтекинской экспедиции, при переходе Балкан он был начальником штаба у М. Д. Скобелева. Тень популярности последнего касалась и Куропаткина. Он заботился о солдате, делал это умело, заметно, что нравилось многим {1379} . Куропаткин, как отмечал французский атташе в 1897 году, был «очень умным, очень амбициозным человеком с хорошей репутацией, мечтавшим поставить свое имя в один ряд с Суворовым и Скобелевым и готовым на все, чтобы добиться этого» {1380} . Армейские офицеры видели в нем выходца из своей среды, добившегося всего благодаря исключительно личным качествам. «В должности Военного министра, — отмечал генерал Е. И. Мартынов, — Куропаткин проявил знание военного быта и заботливость об офицере и солдате, чем еще более увеличил свою популярность в армии» {1381} .

Войска любили генерала и долго верили ему. Видимо, прав был А. И. Деникин, когда утверждал: «…надо признать, что в выборе Куропаткина ошибся не только государь, но и вся Россия» {1382} . 28 февраля 1904 года, то есть через неделю после своего назначения, Куропаткин, сопровождаемый овациями и криками «ура!», выехал из Петербурга. Столица провожала его так, как будто он уже одержал победу {1383} . 15 марта генерал прибыл в Ляоян. Поначалу он был вполне доволен сложившейся обстановкой. «Начиная входить в курс всех дел здешних. — Сообщал он Витте 28 марта(10 апреля). — Объехал войска армии. Материал хороший. Много, конечно, еще не хватает, но то, что есть, — уже сила порядочная. Японцы медлят открытием решительных действий и дают нам возможность усиливаться и приготовляться к встрече их. Восточно-Китайская дорога работает успешно и очень скоро даст 7 пар воинских поездов по магистрали и 9, а потом и 12 пар на южной ветви. То, что на ней сделано, сделано солидно» {1384} .

При этом командующий армией почти сразу же вступил в противостояние с Наместником, формально являвшимся Главнокомандующим всеми сухопутными и морскими силами Империи на Дальнем Востоке. Это было неизбежным следствием противоречивого характера назначения Куропаткина императором. Еще 4(17) февраля Николай II известил Алексеева телеграммой: «Я признал полезным назначить Вам в помощь ген. — ад. Куропаткина для начальствования над войсками с правами Командующего армией и в. — адм. Макарова для начальствования над морскими силами с правами Командующего флотом» {1385} . В Высочайшем рескрипте Куропаткину от 24 февраля(9 марта) содержалась следующая инструкция: «В направлении военных действий Вы распоряжаетесь по своему непосредственному усмотрению, руководствуясь общими указаниями Наместника» {1386} . Возникшее двоевластие усложнялось еще и тем, что Куропаткин и Алексеев придерживались различных взглядов на основные принципы кампании. Куропаткин считал необходимым придерживаться пассивной обороны вплоть до прибытия подкреплений. Алексеев, наоборот, требовал активных действий, чтобы притянуть на себя японскую армию, не дать ей перейти через Ялу и двинуться на Порт-Артур.