Собственно уже в начале 1918 года можно заметить в работе ЧК самые типовые провокации с использованием тайной агентуры, полностью идентичные методам бывшей охранки при Романовых. Так еще зимой 1918 года за счет подставных агентов-провокаторов ЧК, просивших под легендой бывших офицеров переправить их к белым на Дон различных лиц, удалось по цепочке выйти на тайную группу «Организации отправки войск Каледину». Эту группу для спасения от самосуда офицеров и переправки их на юг России (не только в ряды молодой белой армии, многие рассчитывали просто избежать суда толпы и пересидеть в провинции смутное время) создали сами царские офицеры во главе с Ланским и Орловым. Доверившись тайным агентам ЧК из таких же в прошлом офицеров, решив им помочь, эти люди были арестованы чекистами на тайной сходке своей группы в кафе на Невском в Петрограде 23 января 1918 года и сами погибли.

А затем пошла целая череда провокаций против иностранцев или российских граждан. Чекистский агент-провокатор под легендой бразильского дипломата Альберто Пирро в Киеве из недовольных советской властью «слепил» ложный заговор, выдав его участников Украинской ЧК для расстрелов. Провокатором оказалась и «баронесса Штерн», в Одессе втиравшаяся в доверие к недовольным Советами и выдавая их, она и германской разведке предлагала свои услуги якобы для вывоза из Советской России германских граждан. С засылки агента-провокатора весной 1918 года началось и известное «Дело Бари», когда ВЧК арестовала группу лиц во главе с американским гражданином Бари, царским офицером Громовым и доцентом Московского университета Ильиным.

Аресты иностранных граждан, как в случае с американцем Бари, ВЧК тогда нисколько не смущали, она очень легко при необходимости шла на них, не затрудняясь дипломатическими формальностями. Как только в Румынии тайная полиция арестовала агитаторов большевиков, работавших на развал румынской армии, в Петрограде в начале 1918 года ЧК немедленно арестован как заложник и отправлен в камеру Петропавловской крепости румынский посол князь Диаманди.

Известно дело с провокацией чекистского тайного агента Бориса Гольдингера в Петрограде, который тоже выдавал местной ЧК недовольных большевистской властью, а втершись как двойной агент в доверие к английским разведчикам, сдал в 1918 году Петроградской ЧК конспиративную квартиру британского разведчика Гиллеспи в Питере. После раскрытия провокаторской роли Гольдингера по личному приказу тогдашнего начальника Петроградской ЧК Варвары Яковлевой осенью 1918 года бывшего агента официально берут в ЧК на работу. Хотя с Гольдингером история не такая простая, уже через год он утратил доверие начальства по ЧК, и его обвинили в двойной работе. Он вроде бы и чекистов обманывал в стиле дореволюционного агента-двойника Азефа, опять тайно вступив в контакт с британской Интеллидженс сервис и снабжая ее информацией из Петроградской ЧК, вел какую-то свою сложную игру со всеми. Если с Азефом после его провала долго разбирались и обманутые им деятели царской охранки, и партийный суд партии эсеров, то с Гольдингером в бурном 1919 году в ЧК решили вопрос быстро: за измену бывший тайный агент и сотрудник ЧК Гольдингер был своими же расстрелян.

В Москве по приказу ЧК агент-провокатор Штейнер входил в доверие к анархистам, предлагая организовать против Советов теракты и экспроприации, а также печатать для пополнения анархистской кассы фальшивые рубли. По этому делу арестованы поддавшиеся на его уговоры многие известные анархисты во главе с Львом Черным, расстрелянным ЧК как уголовный преступник в 1921 году. Перечисляя откровенные провокации ВЧК, Сергей Мельгунов упоминает и предавшего группу профессора Таганцева в Петрограде матроса Панькова, и провокацию якобы «Польского заговора» ЧК в Смоленске, и выдуманный ЧК «Евстафьевский заговор» в Одессе. Упомянут им в книге «Красный террор в России» и бывший белый офицер Сергей Гевлич, перебежавший к красным и ставший в ЧК профессиональным агентом-провокатором. Он «лепил» белогвардейские заговоры в Пензе, Симбирске, Саратове, выдавая найденных им желавших уехать к белым людей на казнь ЧК. Уже в 30-х годах разведка НКВД использовала Гевлича как агента среди белой эмиграции в Париже и Брюсселе, где он под видом эмигранта содержал торговую лавку, пока его не разоблачили.

Последние иллюзии романтиков среди чекистов в этом вопросе пришлось развеивать директивами с самых верхов ВЧК. С 1921 года в ЧК появляются установленные планы по количеству осведомителей в рядах последних оппозиционных групп и партий. План строить работу ВЧК на совершенно новых принципах просуществовал очень недолго. Еще в июне 1918 года на конференции чекистов в Москве член коллегии ВЧК Евсеев предложил активно начать изучать оперативный опыт царских Департамента полиции и охранки, проштудировать их служебные инструкции и взять на вооружение их методы только в техническом плане. Тогда на Евсеева еще ополчились многие революционно-романтичные чекисты разного уровня: «Мы превратимся в охранку, от нас отвернется народ, к нам не пойдут прошедшие царские застенки большевики и рабочие и так далее». Но жизненная проза оказалась на стороне прагматичного чекиста Евсеева, в 1921 году директива на количество завербованных агентов уже мало кого возмущала в повзрослевшей и закаленной в крови ВЧК.

К тем же временам относится и знаменитая директива всем губернским ЧК из Москвы за подписью главы Особого отдела ВЧК Менжинского и начальника Секретно-оперативного отдела этой спецслужбы Самсонова о том, как важно опираться именно на секретных осведомителей, отбросив последние революционные сомнения в моральности такой работы или схожести ее с методами царской охранки. Менжинский с Самсоновым в этом циркуляре от подчиненных чекистов на местах требовали прекратить заниматься «мелочной оперативной работой, случайными ликвидациями контрреволюционеров», а сосредоточиться именно на внедрении секретной агентуры, важности которой в некоторых губернских ЧК все еще не понимают. Местным ЧК было приказано сосредоточиться на вербовке и внедрении тайной агентуры, на качестве осведомления, и все руководители губернских ЧК были обязаны в три дня составить план секретно-осведомительной работы в своей области. Гражданская война шла к концу, и на смену энтузиазму любителей щеголять в кожанке и расстреливать заложников должна была прийти сильная и профессиональная спецслужба, немыслимая без той же тайной агентуры и тонких оперативных комбинаций.

На фронте в остановке особого накала борьбы этого гражданского катаклизма, где, по словам их кумира Демьяна Бедного, большевики «всем нутром чувствовали близость врага», у ЧК часто были развязаны руки для действий любыми методами. Действуя так в своем тылу на подконтрольной советской власти территориях, ЧК не смущалась в средствах и на непосредственном фронте борьбы с белыми или иными антисоветскими формированиями. Здесь «красный террор», особенно в самую активную фазу Гражданской войны в 1918–1920 годах, свирепствовал вовсю.

«Красным террором» на фронтах Гражданской, помимо собственно ЧК, занимались и сами красноармейские части, и присланные сюда большевистские комиссары, и революционные трибуналы. Но в целом за ЧК оставалась главная координирующая роль в этом процессе. Все особые отделы в армиях (военная контрразведка) с 1919 года выведены из ведения «Военконтроля» армии и подчинены Особому отделу ВЧК, который в годы Гражданской войны возглавлял известный соратник Дзержинского Михаил Кедров, бывший военный врач и большевик-эмигрант. Кедров лично в 1919–1920 годах не раз выезжал на Западный, Южный и Северный фронты Гражданской, руководя действиями чекистских особых отделов красных частей. Как полагают, именно за увиденные им бесчисленные ужасы гражданской бойни и творимого под его руководством «красного террора» ЧК на фронте Кедрова затем настигла расплата сумасшествия, некоторое время он жил в состоянии совершенно померкнувшего рассудка. Да и в терроре обычных красных командиров и комиссаров решающее слово оставалось часто за особистами из ЧК. А так называемые войсковые части ВЧК, отряды ВОХР, специальные отряды ЧОН (Части особого назначения) при Красной армии и вовсе напрямую подчинялись чекистскому руководству. Отряды ЧОН были наиболее задействованы на фронте в операциях в духе «красного террора», действуя непосредственно в координации с ЧК, к тому же кадрово они тоже часто состояли из тех же бойцов чекистского фронта. Именно в таком отряде ЧОН, например, на Украине сражался писатель Николай Островский, литературный отец одержимого революцией героя Павки Корчагина.