3 мая 1990 года скончался Патриарх Пимен. Для избрания нового Предстоятеля было оглашено решение собрать Поместный собор, которому предшествовал Архиерейский Собор, собравшийся в Патриаршей резиденции в Свято-Даниловом монастыре. Митрополит Алексий, который в течение двадцати двух лет был Управляющим делами Московской Патриархии и хорошо представлял положение, в котором находилась Русская Православная Церковь, оставил Ленинград, чтобы отправиться в Троице-Сергиеву Лавру. Он еще не знал, что там быть ему избранным Патриархом Московским и всея Руси.

Патриарх так вспоминал это время: «Я не ехал на Собор с чувством, что могу вернуться Патриархом. За четыре года управления Петербургской митрополией я слишком сроднился с ней. Поэтому я ехал в Москву на Собор, имея перед глазами большие задачи, открывшиеся, наконец, для архипастырской и вообще церковной деятельности в Петербурге. Никакой, говоря светским языком, «предвыборной кампании» я не вел. Только после Архиерейского Собора, состоявшегося накануне открытия Поместного, где я получил больше всех голосов архиереев, я подумал: есть опасность, что чаша сия меня может и не миновать. Я говорю «опасность», потому что

будучи двадцать два года Управляющим делами Московской Патриархии при Святейших Патриархах Алексии I и Пимене, я прекрасно знал, насколько тяжел крест Патриаршего служения. Но я положился на волю Божию: «Если будет воля Господня на мое Патриаршество, то, видимо, Он даст и силы». Потому что говорит Господь: «Мои мысли – не ваши мысли, ни ваши пути – пути Мои. Но как небо выше земли, так пути Мои выше путей ваших, и мысли Мои выше мыслей ваших» (Ис. 55, 8–9)».

По свидетельству Патриарха Алексия II, Собор 1990 года был первым, в котором не было вмешательства со стороны Совета по делам религий. После оглашения окончательных результатов выборов местоблюститель митрополит Киевский Филарет спросил: «Владыко Алексий! Освященный Поместный Собор Русской Православной Церкви избрал тебя Патриархом Московским и всея Руси. Приемлешь ли ты это избрание?» Патриарх ответил: «Избрание меня освященным Поместным Собором Русской Православной Церкви Патриархом Московским и всея Руси со благодарением приемлю и нимало вопреки глаголю».

Это было первое каноническое назначение Предстоятеля Русской Православной Церкви с избрания святителя Тихона Патриархом на Поместном Соборе 1917–1918 годов.

Будучи избранным Поместным Собором Святейшим Патриархом, митрополит Алексий (Ридигер) отслужил благодарственный молебен, после которого обратился к соборянам со словом: «Я сознаю трудность и подвиг предстоящего мне служения. Жизнь моя, которая была от юности посвящена служению Церкви Христовой, подходит к вечеру, но освященный Собор возлагает на меня подвиг первосвятительского служения. Я приемлю это избрание, но прошу в эти первые минуты Высокопреосвященных и Преосвященных архипастырей, честной клир и всю боголюбивую паству всероссийскую своими молитвами помогать мне и укреплять меня в предстоящем служении.

Много вопросов встает сегодня перед Церковью, перед обществом и перед каждым из нас. И в их решении нужен соборный разум, нужно совместное решение и обсуждение их на соборах. Соборный принцип должен распространяться и на епархиальную, и на приходскую жизнь, только тогда мы решим те вопросы, которые стоят сегодня перед Церковью и обществом. Деятельность церковная сегодня расширяется. От Церкви, от каждого ее служителя ожидаются и дела милосердия, и благотворительности, и воспитание самых разных возрастных групп наших верующих. Мы должны служить примиряющей силой и тогда, когда нашей жизни станут сопутствовать разделения. Мы должны сделать все, чтобы способствовать укреплению единства Святой Православной Церкви. Я сознаю в этом свою человеческую немощь и уповаю на ваши святые молитвы и помощь в предстоящем мне служении».

Интронизация нового Патриарха состоялась в Патриаршем кафедральном Богоявленском соборе 10 июня 1990 года. После Божественной литургии Святейший Патриарх Алексий II принял из рук Экзарха Белоруссии митрополита Филарета куколь – белый патриарший головной убор – со словами: «Святейший Владыко! Прими и возложи на главу свою сей священный куколь Патриарха… Тебе, как Предстоятелю Церкви, как никому надлежит блюсти постоянное духовное любомудрие, уподобляясь ангельскому чину серафимов, пламенеющих любовью к Богу. Их изображение отныне будет прикрывать твою главу, отныне ты – Ангел всероссийской Церкви, отныне забота о чистоте веры православной, о чистоте жизни всероссийской паствы становится смыслом твоего служения».

После окончания торжественного богослужения Алексий II, взяв посох – другой символ патриаршего достоинства – и обращаясь ко всем собравшимся, сказал: «С чувством любви о Христе благодарю за участие в нашем церковном творчестве… Принимая от вас знаки патриаршего достоинства, я с особым благоговением опираюсь на священный жезл Предстоятеля Церкви Русской святителя Петра, Московского и всея России чудотворца… Мы рады видеть среди нас глав и представителей христианских Церквей нашей страны, воспринимая их соучастие как знак нашего общего стремления к единству во Христе и как свидетельство братства, объединяющего нас. В сей день, сознавая всю ответственность пред Богом и Его Церковью, со страхом и трепетом вступаю на Московский Первосвятительский престол, ибо сознаю, что не по делам и заслугам моим выпал мне сей жребий, но по воле промышляющего о нас Пастыреначальника Господа Иисуса Христа. Исповедуя свою немощь, возлагаю всю мою надежду на врачующую благодать Божию, даруемую нам в Духе Святом. Усердно молюсь и взываю ко Господу об укреплении духовных и телесных сил. Уповаю на покров и предстательство Пречистой Богоматери. Молитвенно обращаюсь также ко всем святым, нашим ходатаям перед Престолом славы Божией, а наипаче – к святым первопрестольным предшественникам моим, осеняющим Церковь нашу своими богоугодными молитвами… Вступая на предстоящее мне поприще во время, исполненное особых знамений, сознаю, что оно налагает на всех нас большую ответственность. Недавно мы вспоминали великие для нашей Церкви события: 1000-летие Крещения Руси и 400-летие установления Патриаршества в Русской Церкви. Теперь мы стоим на пороге третьего тысячелетия Пришествия в мир Спасителя нашего Господа Иисуса Христа. В вихре совершающихся в мире перемен особенно важной представляется нам опора на вечное и незыблемое. Свое служение мы будем осуществлять, основываясь на Священном Предании, сохраняя верность догматам веры и церковным канонам, руководствуясь соборным разумом Церкви.

Свою первоочередную задачу мы видим прежде всего в укреплении внутренней, духоносной жизни Церкви… Достижению поставленных целей будет способствовать также управление церковной жизнью согласно нашему новому Уставу, уделяющему большое внимание развитию соборности. Перед нами стоит великая задача широкого возрождения монашества, во все времена оказывавшего столь благотворное влияние на духовное и нравственное состояние всего общества. Во множестве восстанавливаются храмы, возвращаемые Церкви, и строятся новые. Этот радостный для нас процесс еще только развивается и потребует от всех нас многих трудов и материальных затрат. Памятуя о своей обязанности научать истине Христовой и крестить во имя Его, мы видим перед собой необозримое поле катехизаторской деятельности, включающей создание широкой сети воскресных школ для детей и для взрослых, обеспечение паствы и всего общества литературой, необходимой для христианского научения и духовного возрастания. С благодарением Богу мы отмечаем, что перед нами открываются новые пути и средства для развития свободного духовного просвещения в самых различных кругах нашего общества. Мы сознаем, что движение к этим целям потребует от нас увеличения числа духовных школ, углубления духовного образования будущих пастырей, развития столь славной в прошлом отечественной богословской науки.