В среде войск Тохтамыша началось недовольство. Сыновья полководцев, Темир-Кутлуг (сын Тимур-Мелека) и Кунче-оглан (сын Уруса), организовали мятеж с целью свержения Тохтамыша. Мятеж не удался. Мятежники бежали к Тимуру. В организации этого мятежа важную роль играл Едигей, связанный родственными узами с Темир-Кутлугом и вслед за ним бежавший к Тимуру. В ответ на разорение Тюркестана Тохтамышем Тимур организовал поход на Хорезм. Весной 1388 года войска Тимура, почти не встречая сопротивления, ворвались в пределы Хорезма. Города Хорезм и Ургенч были взяты без боев. Войска Тимура преследовали отступающего Тохтамыша до Кушкента и Кира, после чего вернулись назад.

Во время пребывания в Хорезме Тимур издал указ, по которому все жители города и области переселялись в Самарканд, а Ургенч подлежал разрушению. Хотя указ Тимура полностью не был выполнен, после этого погрома Хорезм потерял своё прежнее значение. На разрушение Хорезма Тохтамыш ответил новым походом в Тюркестан. Осенью 1388 года войско Тохтамыша перешло Сырдарью, разграбило город Яссы (современный г. Туркестан) и близлежащие районы. Но на этом его успехи закончились.

Тимур подтянул войско и перешёл в наступление. В феврале 1389 года войско Тимура переправилось через Сырдарью, атаковало войско Тохтамыша и преследовало его до Белака, расположенного в устье реки Сарык-Узень. В результате поражений 1387–1389 годов в войске Тохтамыша начало расти недовольство, что и заставило его повернуть на запад. Собственно, такой исход кампании был уже заранее предопределён. Встав во главе большой тюркской орды и подчинив себе обманом Московское княжество, Тохтамыш ничего серьёзного не сделал в плане укрепления войска. Поэтому оно представляло ополчение, состоявшее из разных по численности и боеспособности орд, которые возглавлялись царевичами, эмирами и беками.

Когда это войско пришло в Тюркестан. оно распалось на большое число вооружённых банд численностью от нескольких сот до нескольких тысяч человек, бросившихся грабить местное население. Естественно, при встрече с организованной силой эти банды-орды не могли оказать серьёзного сопротивления и часто бросались в паническое бегство. Подчинённость орд царевичам, эмирам и бекам, а не воинским начальникам имела ещё то отрицательное последствие, что каждый царевич, эмир и бек. опасаясь больших потерь, не спешил вступить в сражение, так как потери и поражения автоматически понижали его роль в войске.

Это со всей очевидностью показывает, что с усилением тюркской доминанты, организация войска и все его боевые традиции полностью деградировали. Вот почему Тохтамыш не смог эффективно противостоять Тимуру. Воспользовавшись отходом Тохтамыша, Тимур решил расправиться с давним своим противником — правителем Монголистана Камар ад-дином. В Семиречье Тимур двинул основную массу своих войск. И если говорить о совершении глупости и недальновидности, то это касается больше Камар ад-дина, нежели Тохтамыша. Последний, развязав кампанию против Тимура, привлёк Камар ад-дина для совместного выступления. В то же время Камар ад-дин, соглашаясь быть союзником Тохтамыша в этой войне, не подумал о возможностях Тимура и последствиях для Монголистана в случае поражения.

Войско Тимура развернуло стремительное наступление. Оно с ходу форсировало Или и Иль-Имиль, обогнуло Ала-Куль и достигло Тарбагатая — сердца Монголистана. Не останавливаясь, оно продвинулось до современных Кульджи и Чургучака. Авангард вышел к Чёрному Иртышу. После этого войско Тимура разделилось. Один отряд двинулся на восток, к озеру Баграш-Куль, и дошёл до Турфанского оазиса. Другой отряд перешёл через отроги Тянь-Шаня и взял Карашар. Встал вопрос: как быть? Тимур созвал совет всех военноначальников своего войска, а также проводников, знавших места и местоположение монголов.

На этом совете Тимур предложил обсудить вопрос, как ослабить противника так, чтобы из Монголистана больше не исходила серьёзная угроза. Было решено разделить войско на пять частей и продолжить преследование монголов. Все отряды, ушедшие преследовать монголов, по пути, где проходили, забирали у монголов скот, имущество, а их самих уводили в полон. После учинённого ими погрома, обременённые огромными обозами, они соединились у Карашара в долине Юлдуз. Здесь Тимур по заведённому порядку дал отдых войску, наградил отличившихся воинов, затем возвратился в Самарканд.

Но на этом война не закончилась. Камар ад-дин собрал верных соратников и освободил Семиречье. Тимур тут же отреагировал, направив против него сильное войско. Это войско в течение шести месяцев преследовало Камар ад-дина. После того как он переправился через Иртыш и скрылся в Тартарии (Рассении), войско Тимура возвратилось в Самарканд. В Тартарии (Рассении) он был схвачен и предан смерти, так как выступил против Тимура. Вот почему после 1391 года о Камар ад-дине никто ничего не слышал.

Разгром и опустошение Монголистана обеспечили тылы Тимура. Теперь он мог безбоязненно совершать дальние походы. Целью для очередного похода теперь была большая тюркская орда Тохтамыша, не столько потому, что Едигей подбивал его к совершению похода, сколько потому, что Тимур понимал, что не разгромив Тохтамыша, нельзя идти в Иран, так как Тохтамыш обязательно ударит в спину. Начиная войну с Тохтамышем, Тимур решил обеспечить внезапность хотя бы первой части похода. Войско Тимура выступило в феврале 1391 года, когда южная степь уже зазеленела.

Вместе с весенним теплом оно продвигалось на север, подкармливая лошадей свежей травой. Данный маршрут обеспечивал не только скрытность начала похода, но также облегчал проблему снабжения войска продовольствием и фуражом. Однако избежать утечки информации полностью всё же не удалось. Два воина Едигея бежали из лагеря Тимура и принесли первые известия о его движении в Сарай 6 апреля. Однако указать правильно маршрут они не смогли. Поэтому Тохтамыш, собрав войско, расположился в Крык-Куле, на правом берегу Урала (Яика), и послал за подкреплениями. Тохтамыш предполагал ударить по противнику во время его переправы.