Весной 1927 года, когда митрополит Сергий (Страгородский) еще пребывал в заключении, к митрополиту Кириллу в вятскую тюрьму, где владыка находился с января по апрель 1927 года, явился ответственный за советскую церковную политику Е.А. Тучков и предложил владыке возглавить Церковь. Тучков сказал, что судьба заключенного владыки скоро изменится; он, Тучков, нисколько не сомневается, что разговаривает с будущим патриархом. Заговорил чекист и о легализации Церкви, поставив условием согласовывать с властью перемещение неугодных ей архиереев. В ответ владыка Кирилл заявил: «Евгений Александрович, вы не пушка, а я не бомба, которой вы хотите взорвать изнутри Русскую Церковь». После этих слов приговор ОСО при Коллегии ОГПУ СССР по ст. 58–10 (три года ссылки) был приведен в исполнение.

В 1929 году владыка Кирилл выступил против деятельности митрополита Сергия по перемещению с кафедр архиереев и запрещению в служении несогласных с его политикой достижения договоренностей с большевистским государством (которые значительная часть верующих считала предательскими). Выступил против создания при митрополите Сергии Временного патриаршего синода, считая, что это стало превышением его полномочий. В результате в 1930 году уволен от управления Казанской епархией и предан суду епископов. Право священнодействия с разрешения епархиальных архиереев за ним оставлялось, но лишь при условии поминовения местного православного архиерея.

Эволюцию взглядов митрополита Кирилла на «сергианство» можно проследить в его письмах и посланиях: если в 1929 году он пишет, что: «С моей стороны ничуть не утверждается и не заподозривается якобы безблагодатность совершаемых сергианами священнодействий и таинств…, но только подчеркивается нежелание и отказ участвовать в чужих грехах. в случае смертной опасности со спокойной совестью приму елеосвящение и последнее напутствие от священника сергиева поставления или подчиняющегося учрежденному им Синоду».

К 1934 году митрополит Кирилл уже пересматривает свое отношение к «сергианской» церкви и пишет о том, что: «… Это только по форме тайнодействия, а по существу узурпация тайнодействий, а потому кощунственны, безблагодатны, нецерковны, но таинства, совершаемые сергианами, правильно рукоположенными во священнослужении, не запрещенными, являются, несомненно, таинствами спасительными для тех, кои приемлют их с верою, в простоте, без рассуждений и сомнения в их действенности и даже не подозревающих чего-либо неладного в сергианском устроении Церкви. Но в то же время они служат в суд и осуждение самим совершителям и тем из приступающих к ним, кто хорошо понимает существующую в сергианстве неправду и своим непротивлением ей обнаруживает преступное равнодушие к поруганию Церкви. Вот почему православному епископу или священнику необходимо воздерживаться от общения с сергианами в молитве. То же необходимо для мирян, сознательно относящихся ко всем подробностям церковной жизни».

До самой смерти митрополит Кирилл находился в оппозиции к митрополиту Сергию, отказывался от совместного богослужения с его сторонниками, но при этом воздерживался от солидарности с наиболее радикальными оппозиционерами, которые считали совершаемые «сергианами» священнодействия и таинства безблагодатными.

В 1933 году о. Кирилл освобожден из сибирской ссылки и жил в городе Гжатске.

14 июля 1934 года вновь арестован, находился в Бутырском изоляторе в Москве. 2 декабря 1934 года решением Особого Совещания при НКВД СССР выслан в Казахстан на три года. Жил в поселке Яны-Курган, поддерживал отношения с представителями духовенства, негативно относившимися к деятельности митрополита Сергия. По некоторым данным, к концу жизни стал относиться к нему еще более критично.

24 июня 1937 года арестован по обвинению в руководстве «контрреволюционной организацией среди церковников» в Южно-Казахстанской области. На допросе 20 августа отверг обвинения, держался мужественно и достойно.

По решению Тройки УНКВД по Южно-Казахстанской области от 19 ноября 1937 года, его расстреляли под Чимкентом и предположительно похоронили в Лисьем овраге вместе с митрополитом Иосифом (Петровых).

Прославлен в лике святых новомучеников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания. Это решение собора было положительно расценено некоторыми епископами Русской Православной Церкви Заграницей, которая канонизировала владыку Кирилла еще в 1981 году.

В качестве синонима используется термин «Истинно-Православная Церковь» (ИПЦ) – собирательное именование (обычно как самоидентификация) тех представителей российского духовенства и общин, которые начиная с 1920-х годов отвергали подчинение юрисдикции Московского патриархата первоначально во главе с митрополитом Сергием (Страгородским), обвинив его в сотрудничестве с коммунистическими властями, и перешли на нелегальное положение. Среди основателей Катакомбной Церкви традиционно выделяют митрополита Иосифа (Петровых), архиепископов Феодора (Поздеевского) и Андрея (Ухтомского). Вокруг них сформировались, соответственно, движения «иосифлян», «даниловцев» и «андреевцев», состоявшие из части архиереев, духовенства и мирян, не признавших Декларацию митрополита Сергия 1927 года о лояльности церкви по отношению к советской власти. Московских истинно-православных часто называют «непоминающими» за отказ поминать на церковных службах митрополита Сергия. Также члены движения называли себя истинно-православными христианами, или «тихоновцами», по имени патриарха Тихона.

Вплоть до 1970-х годов словосочетание «Катакомбная церковь» не было широко распространено в движении, а бытовало лишь среди духовенства и интеллигенции, преимущественно ленинградских, а также в заграничной прессе.

В 1920-1950-х годах движение «истинно-православных христиан» носило очень широкий характер и насчитывало, по всей видимости, десятки тысяч людей. Социальную основу его составляло духовенство, монашество и крестьяне – единоличники, отказавшиеся вступать в колхозы и, как правило, подвергавшиеся раскулачиванию и ссылке в Сибирь.