Разное отношение верующих к поклонению иконам и священным реликвиям тоже провоцировало столкновения между ними. Византийский император Лев III (ок. 680–741) был инициатором преследования за иконоборничество. Несмотря на ожесточённую борьбу против таких проявлений веры, иконы и реликвии остались в Христианской Церкви и до наших дней. «Сколько их, этих ризниц, где вы увидите лоскутки платья Девы Марии, засохшие капли ее молока, перхоть с ее волос! И разве не в церкви Пюи-эн-Велэ до сих пор бережно сохраняется как святыня кусочек крайней плоти Ее Божественного сына? [...] Я мог бы привести вам еще двадцать подобных примеров. Покраснейте и попытайтесь исправиться!» - писал писатель-просветитель Вольтер.

К концу первого тысячелетия, согласно Откровению Иоанна Богослова, верующие христиане ожидали конца света и второго пришествия Христа. «Когда же окончится тысяча лет, сатана будет освобождён из темницы своей» / Откровения Иоанна 20:7/. «И кто не записан в книге жизни, тот был брошен в озеро огненное» /Откровения Иоанна 20:15/. И хотя Иоанн предсказал, что только сто сорок четыре тысячи человек спасётся из всех колен Израилевых /Откровения Иоанна. 7:4-8/, каждый верил, что именно он входит в их число. Толпы бродяг и странствующих проповедников скитались по Европе. Условия спасения выдвигались непростые: «И взглянул я, и вот Агнец стоит на горе Сионе, и с Ним, у которых имя Отца Его написано на челах. Это те, которые не осквернились с женами, ибо они девственники; это те, которые следуют за Агнцем, куда бы он ни пошел. Они искуплены из людей, как первенцы Богу и Агнцу» /Откровения Иоанна 14:2, 4/.

А в это время папа Григорий VII пытался поднять римский престол на прежнюю высоту и добиться беспрекословного подчинении государей Европы святому престолу Рима. Разными способами: грабежами, убийствами, поджогами добился папа принятия священниками обета безбрачия. «Цель оправдывает средства», - любил повторять этот церковный деятель.

Рим и Византия, несмотря на общую христианскую веру, постоянно конфликтовали между собой. Причины были и политические, и церковные. Восточная Церковь не желала подчиняться Западной. Разница в церковных обрядах и проведении богослужений тоже приводила к конфликтам. Церковные власти Востока и Запада не могли прийти к согласию даже в проведении больших христианских праздников – Пасхи и Рождества Христова. До сих пор эти праздники отмечаются у восточных и западных христиан в разное время. Раскол Христианской Церкви наметился ещё в V веке, а в 1054 году завершился. Христианство разделилось на две Церкви: западную – Католическую и восточную – Ортодоксальную, что в переводе с греческого означает «правильную» в противовес другой, якобы неправильной. Обоюдными анафемами было ознаменовано это событие. А. Мень с горечью размышляет об этом: «По-видимому, вина в равной степени лежала на обеих сторонах, точнее говоря, на Церкви в целом, - так её деятельность очень часто не имела ничего общего с евангельскими призывами».

На Руси ортодоксальную Церковь называли другими эпитетами: «божьей», «истинной», «христианской», «правой» и «непорочной»,

и только в XVI веке она стала называться - Православной.

Конфронтация Католической и Православной церквей иной раз доходит до абсурда. Так Рождество Христово православные священники отмечают на две недели позже католиков. То же самое происходит с христианской Пасхой. У католиков Христос воскрес, а у православных ему ещё предстояло распятие.

Второе тысячелетие было ознаменовано многочисленными крестовыми походами западноевропейских рыцарей против язычников и мусульман, а также против религиозных еретических течений. Огромный крест, пришитый на одежде рыцарей, был символом борьбы за дело Господнее. «Воины креста» не щадили ни стариков, ни женщин, ни детей. Наградой за такую службу было обещание прощения всех земных грехов. Папа Римский Урбан II оказался вдохновителем первого крестового похода по освобождению Святой Земли в 1095 году. «Воины креста» и здесь отличились крайней жестокостью. Сотни тысяч мусульман, иудеев и восточных христиан были безжалостно истреблены. Иерусалим с переменным успехом переходил от крестоносцев к мусульманам. И только в 1244 году Святой город был освобождён от ставленников католической церкви воинами египетского султана Наджмуддина Айюби. Крестоносцы не пожаловали и восточных христиан. В 1204 году Константинополь пал под их натиском. Многочисленные жертвы среди населения, разграбленные православные храмы, разрушенные памятники античного искусства явились результатами разгула крестоносцев. И только в 1261 году, благодаря поддержке турок, византийцы вернули себе Константинополь. Конфликт между двумя Церквями ещё более обострился.

Крестовые походы были также тесно связаны с инквизицией, мрачной страницей истории христианства. Фраза архиепископа герцога Нарбонского Арно Амори «Убивайте всех, Господь узнает своих» поражает своим цинизмом. Так напутствовал «духовник» воинов перед осадой Безье, где находились члены секты катаров.

Недовольство Христианской Церковью возрастало не только в среде простых людей, но и священников. Появлялись оппозиционные течения, из которых формировались секты. Папство требовало от епископов выявлять и судить «еретиков» и передавать их дела в суд так называемой «святой инквизиции». «Суды Божьи» позволяли определять невиновность подозреваемых пытками огнём, водой и другими болевыми приёмами. После «признания» осуждённых ждал костёр.

Деятельность инквизиторов поощрялась: годовым жалованием или частью конфискованного имущества. В качестве инструкций по выполнению своей «святой» работы, инквизиторы использовали слова из Ветхого Завета: «Если, - поучал бог своих последователей в Ветхом завете, - будет уговаривать тебя тайно брат твой, сын матери твоей, или сын твой, или дочь твоя, говоря: "пойдем и будем служить богам иным, которых не знал ты и отцы твои".., то не соглашайся с ним и не слушай его; и да не пощадит его глаз твой, не жалей его и не прикрывай его, но убей его; твоя рука прежде всех должна быть на нем, чтоб убить его, а потом руки всего народа» (Втор. 13:8-9).

Пользовались уважением у инквизиторов следующие пособия: «Практика инквизиции» Бернара Ги (1324) и «Молот ведьм» Я.Шпренгера и Г.Инститориса (1487). В 1598 г. сицилийский инквизитор испанец Луис Парамо с гордостью написал о своей деятельности: «Инквизиторы, следуют точно такой же процедуре, которую они переняли от самого бога. Иисус Христос был «первым инквизитором» Нового Завета. После Иисуса Христа св. Петр, св. Павел и другие апостолы занимали должность инквизиторов, которую они передали последующим папам и епископам».