Особенно жестоко расправились опричники с жителями Новгорода, обвинив их в измене. Во всех летописях отмечено это страшное событие, происшедшее в 1570 году. «Тот... день благодарен, коего дни ввергнут в воду пятьсот или шестьсот человек», - сообщает летописец. В другие дни погибали в день до полутора тысяч человек. Больше месяца происходила расправа с населением.

Митрополит Афанасий не вмешивался в дела государя и, прослужив два года, удалился на покой. Единственный человек, посмевший царю перечить в неправедном деле, был митрополит Филипп, который скоро был лишён сана и жизни.

Такое управление не могло не сказаться на экономическом развитии страны. Псковский летописец написал о том лихом времени: «Царь учиниша опричнину… И от того бысть запустение велие Руской земли».

На протяжении своего существования православная церковь поддерживала и защищала не только интересы правителей, но и свои собственные. Представители духовенства и сами были крупными владельцами земель и крестьян. Любые критические замечания в свой адрес они воспринимали с негодованием и относили их в разряд ересей. Судебная деятельность православных священников напоминала инквизиторскую деятельность Католической церкви. Была разработана система соответствующих органов: патриаршего суда и церковных соборов, находившихся в распоряжении епархиальных архиереев. Дела особой важности расследовал Синод. Как отмечает летопись, ещё при князе Владимире епископы благословляли князей на применение казни. «Ты поставлен от бога на казнь злым, а добрым на помилование», - учили Отцы Церкви.

Архиерей Лука Жидята, проживавший в XI веке в Новгороде, отличался особой жестокостью. «Сей мучитель, - повествует летописец, - резал головы и бороды, выжигал глаза, урезал язык, иных распинал и подвергал мучениям». Не щадил Лука и принадлежавших ему крестьян: «Холопу Дудику по его приказанию отрезали нос и обе руки», - продолжает летописец.

Иосиф Санин, игумен Волоколамского монастыря, прославился неутомимой борьбой с антицерковным движением. Он советовал: «грешника или еретика руками убить или молитвой едино есть», а казнить еретика - «руку освятить». Церковь отметила усердие Иосифа, и в 1591 году он был объявлен общерусским «святым».

Московский митрополит Даниил теоретически доказывал необходимость расправы с еретиками. В качестве аргументов он приводил высказывания Иоанна Златоуста, оправдывавшего казнь «по воле божьего человеколюбия», а также епископа Емесского Евсевия, учившего, что «убийство бога ради несть убийство». Даниил был первопроходцем в разработке теории «богонаученного коварства», основанной на посеве вражды и раздоров среди противников церкви.

Максим Грек посмел покритиковать феодально-крепостнический быт церковных вотчин, и тут же был осуждён Церковным собором как «хульник и Священного писания тлитель» и был сослан в оковах в Тверской Отрочь монастырь, где его заточили в каменный мешок.

Всех этих расправ с инакомыслием духовенству было недостаточно. По просьбе церковных иерархов на стоглавом соборе в 1551 году Иваном Грозным был издан указ «о великой царской опале на еретиков по градским законам, а от святителей духовным запрещением». Репрессии усилились. На церковном соборе в 1554 году был осуждён Матвей Башкин, как «безбожный еретик и отступник православной веры. Матвей был противником холопства, и считал его несовместимым с христианством. Судьи так не считали, и по приговору собора Башкина посадили в деревянную клетку и сожгли. По указу 1684 г. смертной казни через сожжение предавались еретики, которые «отшатнулись от церкви и чинят соблазн и мятеж», а также «перекрещенцы».

«Хулители веры, - заявлял Петр I, - наносят стыд государству и не должны быть терпимы, поелику подрывают основание законов». В «Воинских артикулах» было записано, что смертью наказывались также и те, кто не доносил на еретиков, ибо они считались «причастниками богохуления».

Митрополит Стефан Яворский, ближайший помощник Петра, составил сочинение «Камень веры», в котором он требовал уничтожения еретиков. «Иного на еретиков врачевания нет паче смерти», - утверждал священник.

Петербургский митрополит Гавриил по поручению Синода в 1767 году разработал методы борьбы с еретиками. Фантазия Митрополита разыгралась не на шутку. Он предлагал одевать преступника в позорную одежду и выставить на всеобщее обозрение. Затем нанести наказуемому тридцать ударов, выжечь калёным железом клеймо и сослать в каторгу, где использовать на работах «вместо скотов», - как подчёркивал Гавриил.

После утверждения на Руси христианства сразу начались ведовские процессы. Священники доказывали, что болезни посылаются богом за грехи, и настраивали прихожан не верить ни в медицину, ни в знахарей, а усиленно молиться. Народные травники преследовались. По Петровским Воинским артикулам 1716 года наказание получали «чернокнижники, ружья заговорители, суеверные и богохульные чародеи» за колдовство. За такие преступления обвиняемых нередко ждал костёр.

Православная Церковь с давних времён применяла монастырское заключение для преступников. Монахи выполняли функции тюремщиков. В Никоновской летописи рассказывается, что ещё в XI веке еретиков держали в погребах архиерейских домов. Особенно страшными для наказуемых были земляные тюрьмы - вырытые в земле ямы, в которые опускались деревянные срубы. Режим содержания в монастырских тюрьмах был намного тяжелее, чем в каторжных. Узников часто заковывали в кандалы, иногда приковывали к стене или громадной деревянной колоде. «Для познания истины» узников пытали. Епископ Георгий Конисский поведал о практиковавшихся в конце 17 века дознаниях и казнях: «Казни сии были — колесовать, четвертовать и на кол сажать, а самая легчайшая — вешать и головы рубить. Вины их изыскивались от признания их самих, к тому надежным средством служило препохвальное тогда таинство — пытки, которой догмат и поныне известен из сей пословицы русской — кнут не ангел, души не вынет, а правду скажет, и которая производилась со всей аккуратностью и по указанию Соборного уложения, сиречь степенями и по порядку, батожьем, кнутом и шиною, то есть разожженным железом, водимым с тихостью или медлительностью по телам человеческим, которые от того кипели, шкварились и вздымались. Прошедший одно испытание поступал во 2-ое, а кто не выйдет живым, тот считался за верное виновным и веден на казнь».

Популярной пыткой было поднятие подозреваемого на дыбу. Историк М. Снегирев так описал этот изощрённый по жестокости способ получения признаний: «поднятому на дыбу привязывали к ногам тяжелые колодки, на кои ставши, палач подпрыгивал и тем самым увеличивал мучение: кости, выходя из суставов своих, хрустели, ломались, иногда кожа лопалась, жилы вытягивались, рвались и тем причинялись несносные мучения. В таком положении били кнутом по обнаженной спине так, что кожа лоскутьями летела».

Из монастырской тюрьмы трудно было освободиться. Обычно узники получали отрицательную характеристику в такой интерпретации: «не может быть освобождён без явной опасности для общественного порядка», «заключение полезно, доколе не придёт в чувство христианского самосознания в преступлениях». М. Гернет. Указ. соч., т. 2, стр. 475. Чаще всего бренная жизнь узников заканчивалась в застенках монастырского заключения.