Тогда революционное правительство объявило «Братьев-мусульман» врагами государства и начало против них репрессии, о чем публично 22 сентября заявил Тараки. Духовенство в свою очередь создало Национальный фронт спасения с центром в Исламабаде (Пакистан), возглавил который Бурхануддин Раббани. В этот центр вошло восемь радикальных исламских группировок. Восстания вспыхнули в Панджшерской долине, где властвовал Ахмат-шах Масуд, в Кандагаре и Герате. Правительство НДПА в борьбе с повстанцами применило отравляющие вещества и напалм, уничтожив несколько деревень. После этих варварских акций сопротивление левым вспыхнуло с утроенной силой. Повстанцам начали оказывать помощь оружием Пакистан, Саудовская Аравия, Египет и Израиль.

Однако внутри самой правящей партии назревал раскол. Противоречия между Хальком и Парчамом с приходом НДПА к власти обострились. Власть в партии все более захватывали халькисты, применив против парчамистов репрессии. 1 июня Амин с согласия Тараки провел чистку, в результате которой Кармаль, Наджибулла и ряд других чиновников были отстранены от власти и направлены послами в различные страны, в частности, Кармаль – в Чехословакию, а Наджибулла – в Иран. 17 августа был арестован министр обороны Кадыр и около 800 сержантов и офицеров армии. Амин хотел их всех физически уничтожить. Советский Союз через посла Пузанова пытался воздействовать на руководство ДРА, и на этот раз массовой казни удалось избежать. Амин начал раздувать культ личности Тараки. В начале декабря 1978 г. между Афганистаном и СССР был подписан договор о дружбе из 15 статей, опирающийся на договоры 1921 и 1931 гг. В статьях договора говорилось об экономической и культурной помощи. Статья 4 оговаривала и вопросы военной помощи для обеспечения целостности и безопасности страны. 28 декабря 1978 г. Амин через Пузанова потребовал 20 миллионов рублей, которые были переданы афганскому руководству. В феврале 1979 г. Председатель Совета Министров СССР А. Н. Косыгин предложил афганскому режиму расширенную помощь.

Между тем обстановка вокруг Афганистана становилась критической. В январе-феврале 1979 г. в Иране произошел переворот, шах Реза Пехлеви был свергнут с престола, а к власти пришел радикальный исламский фундаменталист аятолла Хомейни. В марте 1979 г. в Пакистане произошел переворот Зия-уль-Хака. Таким образом, соседние с ДРА страны обрели радикальные исламские правительства. Оба режима поддержали исламских повстанцев в Афганистане. В этих обстоятельствах Политбюро ЦК КПСС решило усилить военную помощь Афганистану. За партийно-политические отношения отвечал секретарь ЦК КПСС Пономарев, а за военные – командующий сухопутными войсками генерал армии Павловский.

15 марта 1979 г. началось восстание в Герате. 17-я дивизия афганской армии частично перешла на сторону восставших, а все офицеры-халькисты были убиты. К 17 марта власть в Герате фактически взяли партизаны. Погибли, в том числе, и несколько советских советников и члены их семей. Тараки и Амин в панике звонили в Москву, требуя ввода советских войск «для спасения революции».

С 17 по 19 марта 1979 г. шло заседание Политбюро по вопросам положения в ДРА. Лейтмотивом этого совещания стала фраза: «Мы ни при каких условиях не можем потерять Афганистан. Вот уже более 60 лет мы живем с ним в мире и добрососедстве. И если сейчас Афганистан мы потеряем, он отойдет от Советского Союза, то это нанесет сильный удар по нашей политике». На заседании 18 марта обсуждался вопрос о вводе войск в Афганистан, но было принято отрицательное решение. Председатель КГБ СССР Ю. В. Андропов и министр иностранных дел СССР А. А. Громыко высказались против данной акции, мотивируя это тем, что в ДРА нет пролетариата, слабо развита экономика и «страшное засилие религии», советские войска вынуждены будут воевать со всем народом и превратятся в агрессора, а политических выгод от этого не просматривается практически никаких. 19 марта на заседании Политбюро присутствовал Брежнев, одобривший принятые решения. Брежнев велел сообщить Тараки, что он должен ликвидировать кризис силами самих афганцев (РГАНИ. Ф. 89. Перечень 25. Док. 1).

Тараки принял это указание. Жесткими мерами с применением авиации за два дня мятеж был подавлен. Погибло, по различным сведениям, от 3 до 30 тысяч человек. 20 марта Тараки прибыл в Москву, где встретился с Косыгиным и членами Политбюро. Ему официально было сказано, что надо укреплять авторитет собственного руководства, а не надеяться на военную помощь СССР.

Между тем влияние Тараки все более падало, а власть в стране прибирал к рукам Амин. Оппозиция продолжала наступление. 25 марта правительственные войска оставили город Бала Муграб, бои шли в районе Джелалабада и в Кунарской долине. На сторону повстанцев стали переходить части афганской армии. Так, под Гардезом на сторону моджахедов перешел 59-й полк. К июлю 1979 г. Кабул контролировал лишь 5 провинций из 28. В Афганистан последовательно совершили визиты начальник Политуправления ВС СССР Епишев и командующий сухопутными войсками Павловский. Резко увеличивается число военных советников: к декабрю 1979 г. их стало более 5 тысяч. Только в 1979 г. ДРА было поставлено 200 танков Т-54, 900 – Т-55 и 100 – Т-62.

1 сентября 1979 г. Тараки вновь приехал в Москву после посещения Кубы. Состоялась встреча с Брежневым. Тараки было рекомендовано устранить Амина, об интригах которого стало известно по линии КГБ. Брежнев усиленно повторял, что партию раскалывать нельзя. 11 сентября Тараки вернулся в Кабул, где его на аэродроме встретил Амин. 16 сентября Тараки по приказанию Амина был отстранен со всех своих постов, обвинен в попытке покушения на последнего и задушен офицером президентской гвардии. Убийство Тараки было ударом по престижу Брежнева: ведь он поддерживал Тараки. Однако утром 17 сентября Брежнев и Косыгин поздравили телеграммой Амина как нового Генерального секретаря ЦК НДПА. Амин же начал физически уничтожать своих политических противников. К 27 октября насчитывалось более 11 тысяч казненных по его приказу людей.

Хотя Амин подчеркивал, что действует «по-сталински» (портрет Сталина висел в его кабинете), представители КГБ из Кабула сообщали, что Амин может «изменить» СССР с американцами, как до этого сделал в Египте Садат. К этому времени положение на Среднем Востоке резко обострилось: в ответ на захват в Иране американских дипломатов США начали стягивать силы в Персидский залив. Советский Генеральный штаб не исключал, что американцы попытаются захватить Афганистан и превратить его в свою базу. Под впечатлением этих фактов многие члены Политбюро стали менять свое первоначальное мнение о целесообразности ввода войск в ДРА. 3 ноября вернувшийся из Афганистана генерал армии Павловский заявил министру обороны Устинову, что без советской помощи кабульский режим не выживет, т. к. ряды оппозиции насчитывают уже более 100 тысяч человек и всё более растут. К декабрю 1979 г. Андропов, Громыко, Устинов, Суслов и Пономарев считали ввод советских войск в Афганистан полностью оправданным. Андропов направил Брежневу записку, в которой предупреждал о возможной «измене» Амина и писал, что в этом случае вся Средняя Азия и Казахстан окажутся под прицелом американских ракет.

На совещании у министра обороны представители Генерального штаба – маршал Огарков, генерал армии Ахромеев и генерал армии Варенников высказывались против ввода войск, так как, по их мнению, это только усилит оппозицию. Но Устинов и Андропов не согласились с этим мнением военных.

Началась подготовка к операции по устранению Амина и изменению политического режима в Афганистане. 10 декабря на аэродром в Баграме под Кабулом приземлился самолет, в котором находился будущий глава НДПА и ДРА Бабрак Кармаль и несколько его приближенных под охраной офицеров группы «А» КГБ СССР. Андропов предлагал использовать этих офицеров для устранения Амина. Устинов предложил «на всякий случай» ввести в Афганистан войска, чтобы нейтрализовать возможные действия США. Планирование акции вторжения было ускорено. Предполагалось разместить войска гарнизонами для охраны важнейших объектов и не искать боев с моджахедами. Численность советского экспедиционного корпуса оценивалась в 75 тысяч человек. 12 декабря 1979 г. Политбюро, на котором появился почти невменяемый Брежнев, единогласно проголосовало за план Андропова и Устинова о «вводе ограниченного контингента советских войск в ДРА».